DNAマイクロアレイを用いた癌化学療法の個別最適化に関する研究

2001 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13470111
• Research Institution: Tohoku University
• Principal Investigator: 金丸 龍之介 東北大学, 加齢医学研究所, 教授 (70152783)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 加藤 誠之 東北大学, 加齢医学研究所, 助手 (60333887) ; 鈴木 貴夫 東北大学, 医学部・附属病院, 助手 (90292276)
• Keywords: DNAマイクロアレイ / 癌化学療法 / オーダーメイド治療

Research Abstract

cDNAマイクロアレイ作成のため、cDNAライブラリー(ヒト・胎児、脳、胃、胎盤)から、独立したクローンを各ライブラリーに対して、各々3840クローン、計11520クローンのプラスミドを大腸菌内で増幅し、自動核酸抽出装置にて精製した。
プラスミド内部の配列に対するプライマ一対を作成依頼し、このプライマ一対にてライブラリープラスミドの各臓器由来DNA断片をPCR反応により増幅した。その結果89.4%のPCR反応で増幅が行われたことを、PCR産物のアガロースゲル電気泳動で確認した。PCR産物の平均鎖長は1.36kbであった。PCR産物はエタノール沈殿にて精製し、マイクロアレイをスポッティングするまで-20℃にて保存中である。
上記の一部を使用し、ハイブリダイゼーション反応等の条件設定のためのテスト用マイクロアレイを、本年度導入した、MicroGridIIcompact (BioRobotics社製)を用いて作成した。相補的DNA鎖を蛍光ラベルしハイブリダイゼーション反応を行ったところ、ハイブリダイゼーション効率が同一のマイクロアレイ上で大きく異なることが判明し、今後の実験結果のデータ処理を有効に行うために、ハイブリダイゼーション効率を安定化させるため、ハイブリダイゼーションの際に反応液を混合するための装置を、東北大学工学部・機械工学科、祖山均助教授との共同研究で作成した。
今後、同装置を使用し、臨床検体から化学療法感受性に関与する遺伝子のハイスループットスクリーニングを行う予定である