2002 Fiscal Year Annual Research Report
酵母アッセイによる遺伝子型決定に基づく神経膠腫専用個性診断DNAアレイの開発
| Project/Area Number |
13557111
|
|---|
| Research Institution | HOKKAIDO UNIVERSITY |
|---|
Principal Investigator |
多田 光宏 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教授 (10241316)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
濱田 淳一 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教授 (50192703)
守内 哲也 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (20174394)
|
|---|
| Keywords | glioblastoma / cDNA aray / transcriptome / p53 mutation / feature subset selection / pattern classification / neural network / glioma |
|---|
| Research Abstract |
神経膠腫の個性診断のための低コストアレィを作製し,個々の遺伝子診断に代替する診断方法を確立することを目標とする.このため本年度は1)任意の遺伝子のストップコドン型変異の有無について迅速な遺伝子診断が可能な酵母Universal Stop Codon Assayを開発、それの誌上発表を行った(Am J Pathol).
2)1300遺伝子を厳選し、それをナイロンフィルター上に高密度スポットした、独自のアレイを開発、119種の癌細胞株のRNAサンプルにてそのアレイによる遺伝子発現プロフィールを検討し、良好な成績を得た。
3)U251MG, SF268,SF295,SF539,SNB-75,SNB-78の6種の神経膠腫細胞株において、P53,APC, PTEN遺伝子変異の有無を検討するとともに、上記DNAアレイにて遺伝子発現プロフィールを解析し、発現が他の癌細胞株と比べ、特異な上昇または下降を示す遺伝子85種を抽出した。
4)脳腫瘍を中心とする各種癌においてP53変異の化学療法感受性、放射線感受性におよぼす影響を検討、さらにdominant negative変異の意義を検討し誌上発表を行った。これらの結果から、設計作成されたDNAアレイは本研究計画遂行上、申し分ない特性を備えていることが明らかになった。
5)脳腫瘍の個性診断にはP53,PTEN遺伝子変異の検討に加え,上記アレイを用いた解析結果を特徴選択アルゴリズムおよびニューラルネットワークによりパターン識別することで識別率の高い判定が得られることが判明した.現在,臨床サンプルによる試験を実施中である.
|
-
[Publications] Tada M: "Inactivate the remaining p53 allele or the alternate p73? Preferential selection of he Arg72 polymorphism in cancers with recessive p53 mutants but not transdominant mutants"Carcinogenesis. 22. 515-517 (2001)
-
[Publications] Tsuiki H: "Mechanism of hyperploid cell formation induced by microtubule inhibiting drug in glioma cell lines"Oncogene. 20. 420-429 (2002)
-
[Publications] Ikeda J: "Restoration of endogenous wild type p53 activity in a glioblastorna cell line with intrinsic temperature-sensitive p53 induces growth arrest but not apoptosis"Int J Cancer. 94. 35-43 (2001)
-
[Publications] Kataoka A: "Development of a yeast stop codon assay readily and generally applicable to human genes"Am J Pathol. 159. 1239-1245 (2001)
-
[Publications] Matsumoto J: "Differential Mechanisms of Constitutive Akt/PKB Activation and Its Influence on Gene Expression in Pancreatic Cancer Cells"Jpn J Cancer Res. 93. 1317-1326 (2002)
-
[Publications] Miyazaki: "HOXD3 enhances motility and invasiveness through the TGF-beta-dependent and independent Pathways in A549 cells"Oncogene. 21. 798-808 (2002)
-
[Publications] 多田光宏: "脳神経外科医に必要な分子生物学"三輪書店,東京. 86-99 (2001)
