ミトコンドリアゲノム全塩基配列に基づく上位真骨類大分類群の再検討

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13640711
• Research Institution: Natural History Museum and Institute, Chiba
• Principal Investigator: 宮 正樹 千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)
• Keywords: 真骨類 / 系統 / 高次分類 / ミトコンドリア / ゲノム / 魚類 / 分子系統 / 大規模データ

Research Abstract

諸説入り乱れている上位真骨魚類(とくに棘鰭類内部)系統解明の第一段階として,どのような包括的単系統群が認められ,それらがどのような相互関係をもつのか,計48種の真骨魚類から得られたミトコンドリアゲノム全塩基配列データを用いて大域的な系統解析を行った.その結果,さまざまな統計値によって強く支持される頑健な系統樹が得られ,系統樹の最上位に位置するスズキ類を除く上位真骨類系統の概容が明らかになった.それとともに,いくつかの分類群(側棘鰭類・キンメダイ目・カンムリキンメダイ目)について系統学的問題が存在することが明らかになった.
そこで,この問題に対処すべくこれら3つの分類群と他の上位真骨類から新たに計54種をリストアップし,これらのミトコンドリアゲノム全塩基配列を決定した.計100種からなる形質行列を作成し,系統解析を行った.その結果,側棘鰭類についてはまったく系統学的実体がない分類群であることが判明し,ギンメダイ類・サケスズキ類・タラ類・マトウダイ類の計4つのグループからなる分類群として再定義する必要があることを示した.また,キンメダイ類とカンムリキンメダイ類は双方ともに側系統群であることが明らかになった.さらに,真骨類の最上位に位置する"スズキ類"には,かつて原始的な上位真骨類と考えられていたアシロ類とアンコウ類を加えて,再定義する必要があることが明らかになった.
以上の結果はすでにMiya et al.(2001,2003)に発表され(裏面参照),魚類高次系統学にこれまでにない大きなインパクトを与えた.

Research Products

• [Publications] Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida: "Complete mitochondrial DNA sequence of Conger myriaster (Teleostei : Anguillioformes) : Novel gene order for vertebrate mitochondrial genomes and the phylogenetic implications for anguilliform"Journal of Molecular Evolution. 52(4). 311-320 (2001)
• [Publications] Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida: "A mitogenomic perspective on the basal teleostean phylogeny : Resolving higher-level relationships with longer DNA sequences"Molecular Phylogenetics and Evolution. 20(2). 275-285 (2001)
• [Publications] Miya, M., A.Kawaguchi, M.Nishida: "Mitogenomic exploration of higher teleostean phylogenies : A case study for moderate-scale evolutionary genomics with 38 newly-determined complete mitochondrial DNA sequences"Molecular Biology and Evolution. 18(11). 1993-2009 (2001)
• [Publications] Inoue, J.G., M.Miya, K.Tsukamoto, M.Nishida: "Basal actinopterygian relationships : A mitogenomic perspective on the phylogeny of the "ancient fish""Molecular Phylogenetics and Evolution. 26(1). 110-120 (2003)
• [Publications] Miya, M., 12 coauthors: "Major Patterns of higher teleostean phylogenies : A new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences"Molecular Phylogenetics and Evolution. 26(1). 121-138 (2003)
• [Publications] Saitoh, K., M.Miya, J.G.Inoue, N.B.Ishiguro, M.Nishida: "Mitochondrial genomics of stariophysan fish : Perspectives on phylogeny and biogeography"Journal of Molecular Evolution. 56(1). 1-9 (2003)