反復配列によるカンキツの系統診断と核型解析

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13760031
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 松山 知樹 理化学研究所, 植物機能研究室, 研究員 (30291090)
• Keywords: citrus / heterochromatin / DNA fingerprinting / Repeated sequences / RFLP / chromosome

Research Abstract

本研究は以下の2点を目的として行われた。(1)カンキツゲノム特有のヘテロクロマチン領域を染色体上で検出し、核型解析を行う。(2)主にヘテロクマチン領域を中心とするDNAマーカーを単離し、カンキツの系統診断・分子育種のベースラインデータを供給する。これまでの申請者の報告により、ヘテロクロマチンの多くが染色体端部に位置し、その数と位置にvariationがあることを示した。このヘテロクロマチン領域に存在するDNAマーカーを得るためにRAPD (Randam Amplified Polymorphic DNA)ライブラリーから3種類の反復配列を単離し、characterizationを行った。これまでのところ他の生物種のゲノムから見出されているものとの相同性はなく、ミカン亜科での特異的な増幅と高多型性が確認されている(Matsuyama et al.2001)。昨年に続きこれらの染色体核盤へのin situ hybridizationを行ったところ、有為な強度のシグナルは検出されなかった。これは、3つのクローンと高い相同性を有する配列のコピー数では十分なシグナル強度を得られないことに起因する。マイクロダイセクションによる端部領域のライブラリー化も試みたが現段階では十分なクオリティーのものはできていない。ヘテロクロマチン領域が染色体端部にあることからテロメア特異的配列(TRS: (TTTAGGG) n)を利用した端部領域解析を行った。その結果、ヘテロクロマチンを構成する配列ではないものの、先のコア配列に囲まれた散在性の反復配列が得られた。さらに有効なマーカーを得るためにRLGS (Restriction Landmark Genomic Scanning)解析を試み、細胞融合により変異を起こした易変性の反復配列スポットを検出した。これらの配列もカンキツの系統診断等を行って行く上で有効な情報となる。

Research Products

• [Publications] Matsuyama, T., M.Omura, T.Akihama: "Distribution of Rutanceae-specific Repeated Sequences Isolated from Citrus Genomes"Annals of Botany. Vol.87 No.6. 845-849 (2001)