2001 Fiscal Year Annual Research Report
属性の創造と探索によるDNAシグナル配列発見方式の研究
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13780290
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Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
丸山 修 九州大学, 大学院・数理学研究院, 助教授 (20282519)
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| Keywords | 属性創造 / 属性探索 / view / DNA / シグナル配列 / 発見方式 / multiple unordered motif / bit operation |
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| Research Abstract |
本研究の目的は,属性創造と属性空間の探索により,シグナル配列発見問題を解決することである.本年度は,シグナル配列の共起性に着目し,共起シグナル配列を捉えるviewの定式化(属性創造),高速view探索アルゴリズムの設計,そして,計算機実験によるviewの有効性の検証を行った.
属性創造:
具体的には,multiple unordered short motifs without any constraint on gap rangesという共起シグナル配列を捉えるview(データの見方)を定式化した.これは,複数のsingle motif M1,M2,…,Mnからなる集合Mとして定義されており,入力配列に対して,その配列上にM1,M2,…,Mnのすべてのmotifが出現するならば「真」をそうでないならば「偽」を返す.ただし,motif間のギャップに関する制約条件はなにも設けないものとしている.このviewの目的は,従来のsingle morif探索では発見が困難なmotifを,共起性に着目することにより見つけ出すことである.
属性空間の探索:
以上のviewを探索する高速アルゴリズムを開発した.とくに,single motifのモデルを分子生物学の分野で広く使われているIUPACコードとした場合,アルゴリズムは,ほぼbit operationで構成可能となり,実用レベルで非常に高速なものとなった.
計算機実験:
九州大学久原研究室が作成した遺伝子発現データをもとに,共通の転写因子に影響を受けていると予想される遺伝子の集合を作成し,これら遺伝子集合に対してその遺伝子の上流領域上でmultiple unordered short motifs without any constraint on gap rangesの探索を行なった.その結果,いくつかの生物学的に興味深い結果を得ることに成功した.
なお,以上の結果を,国際会議4th Conference on Computational Biology and Genome informatics 2002で発表の予定である.
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Research Products
(1 results)
