テロメア四重鎖を構造モチーフとする核酸アプタマーの構造と安定性の研究

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13780465
• Research Institution: Kyoto Institute of Technology
• Principal Investigator: 金折 賢二 京都工芸繊維大学, 繊維学部, 助教授 (30273543)
• Keywords: テロメア / 四重鎖構造 / 核酸アプタマー / i-motif / Gカルテット / 核磁気共鳴法

Research Abstract

核酸アプタマーとは、特異な高次構造をもつRNAやDNAオリゴマーのことであり、様々な機能を持つことが知られている。この核酸アプタマーの代表的な構造モチーフにテロメアDNAオリゴマーが形成する四重鎖構造がある。そのテロメアDNAオリゴマーが形成する四重鎖は、グアノシン(G)またはシチジン(C)残基に富んでおり、それぞれ、Gカルテット、i-motifと呼ばれる。本研究の目的は、このGカルテットやi-motifの構造と安定性を評価し、四重鎖を構造モチーフとする核酸アプタマーの分子設計指針を確立することである。本年度に得られた知見は以下の通りである。テロメアーゼの標的配列であり、核酸アプタマーのリード配列であるd(TTTTGGGG)nを合成・精製し、相補鎖を含めたGカルテットの構造と安定性について核磁気共鳴分光法を用いて研究を進めた。その精密な構造について多次元NMR法を用いて解析した結果、従来のトポロジーとは異なるGカルテット構造が形成することを見出し、テロメアの構造と機能に関する重要な知見が得られた。また、応用研究への展開を考慮して、核酸アプタマーへホスホロチオエート基を導入する研究もおこなった。HIVウィルスの増殖を抑制することが知られているCの連続した配列が形成するi-motif構造へホスホロチオエート基を導入し、その構造と安定性を円二色性分光法によって評価した。ホスホロチオエート基の立体異性によってi-motifの融解温度は変化することを見いだした。核磁気共鳴法で構造解析した結果、i-motifを形成するC残基の糖のコンフォメーションがC3'-endoから変化していることを見出し、Cアプタマーの構造と安定性の相関が得られた。

Research Products

• [Publications] Kenji Kanaori: "Structural change of G-quartet by 5'-elongation of telomere DNA oligomer"Nucleic Acids Research Supplement. 2. 293-294 (2002)
• [Publications] Toshinori Suzuki: "Formation of a fairly stable diazoate intermediate of 5-methyl-2'-deoxycytidine by HNO_2 and NO, and its implication to a novel mutation mechanism in CpG site"Bioorg. Med. Chem.. 10. 1063-1067 (2002)
• [Publications] Masayuki Oda: "Functional Tolerance of Streptmyces Subtilisin Inhibitor toward conformational and stability changes by single-point mutations in the hydrophobic core"J. Biochem.. 132. 991-995 (2002)
• [Publications] Takashi Yonetani: "Global allostery model of hemoglobin"J. Biol. Chem.. 37. 34508-34502 (2002)
• [Publications] Nguyen Tien Huy: "Effect of antifungal azoles on the heme detoxification system of malarial parasite"J. Biochem.. 131. 437-444 (2002)