p53 mutation chipによるがん転移の早期発見の試み

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 13877031
• Research Institution: Jikei University School of Medicine
• Principal Investigator: 菊地 泰 東京慈恵会医科大学, 医学部, 講師 (40169834)
• Keywords: DNA chip / 悪性腫瘍 / 転移 / p53 / mutation

Research Abstract

本研究はがん転移を早期に発見する手法を開発する目的で始められたが、その鍵になる技術であるDNA chipは比較的不安定であることが知られるようになってきた。そのためこの技術を安定なものとして確立することが必要である。物理化学的な安定性は国内某メーカーに協力を求め、chip作成を依頼している。生物化学的な安定性とも言うべきoligonucleotideの配列によるhybridization効率の差について検討を加えた。配列決定にはタブル法を用いる予定であったが、使用料が高価(一配列9万円)であったため断念した。DNASISやOLIGOを用いてIL-10およびBeta-actinとGAPDHの配列を設計した。種々の技術的な解決は図らなければならない問題があり、今回の報告書にはIL-10の結果は間に合わなかった。Beta-actinでは2種類のprobeを用いている。長さはいずれも25bpでGC contentsは同じであるが、一方は16のスポット全てで検出されるに対し、もう一方は全てのスポットで検出限界以下となっている。どちらも3'よりに設計されているが検出されない方がよりpolyp Aに近く、first strand作成による誤差とは考えられない。IL-10では長さも異なる12種類のprobeを用いており、差の解明に希望をつないでいるが、さらなるprobeを作成し検討する必要があると考えられる。一方物理化学的な安定性と言うべき各スポット間のデータのばらつきも認められている。検出できたBeta-actinの一方とGAPDHでは平均±標準偏差の2倍に収まってはいるが、平均値の1/10程度のものから1.5倍程度のものまであり、こちらの改善についてもメーカー側と協議したいと考えている。計画通りに年度内に達成できなかったが是非とも継続して有力な技術にしたいと考えている。