2014 Fiscal Year Annual Research Report
高次元離散空間上の分布形状解析手法の開発、及びその情報生命科学における応用
| Project/Area Number |
13J06668
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
森 遼太 東京大学, 新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | バイオインフォマティクス / RNA二次構造 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
元々の研究計画に従えば、本年度についてはRNA 二次構造推定に関してより実用的な解析ソフトウェアの開発を行うとともに、情報生命科学の他の様々な問題に対して提案手法の応用を行う計画であった。
具体的には、1 研究内容の項目に記したような分布形状要約ソフトウェアを開発する-よく知られている各種RNA を用いて性能評価及び手法の洗練を行う、2 初年度に実装～評価を行う事を通じて得た経験を生かし、情報生命科学の他の重要問題へ展開してゆく-重要な問題や、特に威力を発揮しそうな問題から適用していく--配列アラインメント及び配列相同性探索問題の信頼性評価--モチーフ探索問題における準最適モチーフ探索やモチーフの分布による表現--クロマチン構造予測問題における信頼性評価及び準最適構造探索--その他この年において注目されている問題など、3 ウェブサーバーの構築を行い広く利用可能な環境を整える としていた。
このうち２．に関しては、初年度に取り組んだRNA二次構造予測問題について、より掘り下げるべき課題を発見したため、そちらを優先することにした。１．に関しては開発アルゴリズムをRNA二次構造予測問題へ適用した一般的アルゴリズムと、その具体的応用について研究成果をまとめ、報告を行った。(主に学会誌等への発表の1番、学会発表の4番)３．に関しては開発アルゴリズムをrtoolsの一部としてウェブ上で利用可能な形で公開を行った。(http://rtools.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi)
今年度においては、2に示したような他の生物学上の問題への適用を模索しつつ、引き続きRNA二次構造のより深い解析を行い、RNA二次構造の分布様態について、生物系の研究者が統合的に理解できるようなソフトウェアの提供を目指したい。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度取り組んだRNA二次構造予測問題に関連してより掘り下げるべき課題があったため現在はそちらを優先しているため、当初の計画にあったRNA以外の問題に対しての応用はやや遅れているが、ウェブサーバー構築などその他の点については概ね計画通り進んでいるため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
幾つか完成しているアルゴリズムがあるため、早急に実装・実験・対外発表を行う。
|
