2002 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子発現と塩基多型に基づくオオムギ系統進化の推定
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14011234
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
佐藤 和広 岡山大学, 資源生物科学研究所, 助教授 (60215770)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
笹沼 恒男 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 助手 (70347350)
最相 大輔 岡山大学, 資源生物科学研究所, 助手 (90325126)
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| Keywords | オオムギ / ゲノム解析 / cDNA / EST / SNP / DNAアレイ / 遺伝地図 |
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| Research Abstract |
・約93,000のESTからUnigeneを作成し,DNAアレイに利用するクローンを選抜して,blast検索結果に基づいて一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.また,植物RNAの自動抽出システムの開発に目処がついた.
・本研究で開発したオオムギcDNA情報を網羅したデータベースを構築し公開した(http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/).
・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でESTデータベースを開発した(http://harvest.ucr.edu/).また,この結果に基づいて米国NSF予算でAffymetrix杜からカスタムオリゴアレイを開発済みで,2003年6月頃から販売予定である.
・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,約1,300のUnigeneに存在する約4,000個のSNPを検出し,少なくとも500Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,これらのSNPを特許申請した.
・Unigene由来のプライマーを設計し,100以上のESTを連鎖地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR増幅も確認し,Triticeae(コムギ連)の比較ゲノム解析の準備を進めている.さらに,これらの情報に基づいて,SNPを利用したオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で進めている.
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[Publications] H.Raman, J.S.Moroni, K.Sato, B.J.Read, B.J.Scott: "Identification of AFLP and microsatellite markers linked with an aluminium tolerance gene in barley (Hordeum vulgare L)"Theor Appl Genet. 105. 458-464 (2002)
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[Publications] J.Ma, A.Higashitani, K.Sato, K.Takeda: "Genotypic variation in Si concentration of barley grain"Plant and Soil. (印刷中). (2003)
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[Publications] K.Hori, T.Kobayashi, A.Shimizu, K.Sato, K.Takeda, S.Kawasaki: "Efficient construction of high-density linkage map and its application to QTL analysis in barley"Theor Appl Genet. (印刷中). (2003)
