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2004 Fiscal Year Annual Research Report

分子プログラミング

Research Project

Project/Area Number 14085101
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

萩谷 昌己  東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 塩谷 光彦  東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (60187333)
都甲 潔  九州大学, 大学院・システム情報科学研究院, 教授 (50136529)
陶山 明  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (90163063)
横森 貴  早稲田大学, 教育学部, 教授 (60139722)
山村 雅幸  東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 教授 (00220442)
KeywordsDNAコンピュータ / 生態生命情報学 / 自己組織化 / ナノバイオ / バイオテクノロジー
Research Abstract

本研究領域は、分子レベルの情報処理機構を実現するために、生体分子及びその化学反応を設計する過程をプログラミングと捉え、その設計論を確立することを目指している。総括班は、班員間の研究交流の促進、専門分野からの助言、国内外に対する研究成果の発信、研究成果の評価などの活動を行っている。
今年度も、4月16日(東大本郷)、5月21日(東工大すずかけ台)、6月29日(東大駒場)、9月14日(早稲田大学)、11月12日(早稲田大学)、12月17日(東大駒揚)に定例の研究会を開催し、班員相互の交流を深めるとともに、関連する分野の研究者に講演を依頼し、関連分野との連携の可能性について検討した。
8月2-3日に北海道大学において夏季セミナーを開催した。総括班の塩谷光彦氏(東大化学)に「金属錯体の配列および動的機能のプログラミング-金属錯体型人工DNA,分子ボールベアリング,分子コンテナ-」と題する講演を依頼した。また、続く8月4日に北海道大学のDNAコンピューティング・ラボにおいて、DNAタイルの自己組織化を題材とする講習会を開催し、主として情報系の研究者に対して実験技術の実習を行った。さらに、続く8月5日、北海道工業大学で開催された計測自動制御学会大会のオーガナイズド・セッションにおいて、萩谷、陶山、村田、小林が講演を行った。
6月7-10日にMilano-Bicocca大学で開催された国際会議(DNA10)には、昨年にもまして、多くの班員が参加した。
10月4-5日に、ソウル大学にて日韓ワークショップを開催し、ソウル大学のZhang教授を中心とするグループとの間で研究交流を行った。この際に、日本からは5件、韓国からは3件の研究発表があった。
12月10-12日には、宮崎にて理論班(横森班と山下班)を中心とした研究会を開催した。この際に、林幸雄氏(JAIST)にスケールフリーネットワークに関する招待講演を依頼した。この他、7月10日(九大)、10月30日(早稲田大学)、3月12日(早稲田大学)にも、理論班の合同会議を行った。
3月11日に東大駒場において公開シンポジウムを開催し、中間評価について報告するとともに、今後の領域の方向付けに関するディスカッションを行った。また、林健志氏(九州大学)に「DNAの自己組織化能を利用したデザイナブル・アドレサブルナノ構造体の構築」と題する招待講演を依頼した。さらに、「人工遺伝暗号」に関する企画セミナーを開催し、芳坂貴弘氏(JAIST)らに招待講演を依頼した。

  • Research Products

    (6 results)

All 2004 2003 2002

All Journal Article (6 results)

  • [Journal Article] An Algorithm for Testing Structure Freeness of Biomolecular Sequences2004

    • Author(s)
      Satoshi Kobayashi, Takashi Yokomori, Yasubumi Sakakibara
    • Journal Title

      Lecture Notes in Computer Science Vol.2950

      Pages: 266-277

  • [Journal Article] Toward "Wet" Implementation of Genetic Algorithm for Protein Engineering2004

    • Author(s)
      K.Sakamoto, M.Yamamura, H.Someya
    • Journal Title

      DNA10, Tenth International Meeting on DNA Based Computers, Preliminary Proceedings

      Pages: 7-10

  • [Journal Article] Minimum Basin Algorithm : An Effective Analysis Technique for DNA Energy Landscapes2004

    • Author(s)
      Mitsuhiro Kubota, Masami Hagiya
    • Journal Title

      DNA10, Tenth International Meeting on DNA Based Computers, Preliminary Proceedings

      Pages: 202-213

  • [Journal Article] 整数線形計画法を用いたDNAコンピュータ制御コードの生成2004

    • Author(s)
      阿部正佳, 萩谷昌己
    • Journal Title

      情報処理学会論文誌プログラミング Vol.45, No.5 IG9(PR022)

      Pages: 1-13

  • [Journal Article] Branching DNA Machines Based on Transitions of Hairpin Structures2003

    • Author(s)
      Mitsuhiro Kubota, K.Ohtake, K.Komiya, K.Sakamoto, M.Hagiya
    • Journal Title

      Proceedings of the 2003 Congress on Evolutionary Computation (CEC'03)

      Pages: 2542-2548

  • [Journal Article] An Equilibrium Analysis of the Efficiency of an Autonomous Molecular Computer2002

    • Author(s)
      J.A.Rose, R.J.Deaton, M.Hagiya, A.Suyama
    • Journal Title

      Physical Review E Vol.65, No.2-1

      Pages: 1-13

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

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