2006 Fiscal Year Annual Research Report
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14085101
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
萩谷 昌己 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (30156252)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
有川 節夫 九州大学, 理事(研究職)教授 (40037221)
小林 重信 東京工業大学, 大学院・総合理工学研究科, 教授 (40016697)
米澤 明憲 東京大学, 大学院・情報理工学系研究科, 教授 (00133116)
佐藤 雅彦 京都大学, 大学院・情報学研究科, 教授 (20027387)
小長谷 明彦 独立行政法人理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, プロジェクトディレクター (00301200)
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| Keywords | DNAコンピュータ / 生体生命情報学 / 自己組織化 / ナノバイオ / バイオテクノロジー |
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| Research Abstract |
分子コンピューティングは、特にDNA等の生体分子が潜在的に持っている計算能力を引き出し、計算機能を有する分子システムを構築することを目標としている。本特定領域「分子プログラミング」は、従来の分子コンピューティング研究を発展させるとともに、分子コンピューティングを実現するためのシステマティックな設計論を確立することを目指している。総括班は領域全体の統括と先導をその役割としているが、特に本年度は、設計論の応用分野として、計算論的ナノテクノロジー(DNAに基づくナノシステム)と合成生物学(構成的生物学)の二つの分野を積極的に推進した。また、分子コンピューティングを含む新しい計算モデルに関して検討を行う場を設けた。後者に関連して、情報処理学会に新設されたナチュラルコンピューティング研究グループの活動を支援した。前者に関しては、本領域の研究室に所属する大学生・大学院生が合成生物学における国際学生コンテスト(iGEM)へ参加する際の支援を行った。また、夏季セミナーを東工大で開催し、人工遺伝子回路をテーマとした実験講習を行うとともに、合成生物学に関する数件の特別講演を企画した(2006年8月7-9日)。また、DNAに基づくナノシステムに関連して、企画講演会「ボトムアップナノテクと材料科学」を開催した(2006年9月29日)。領域の全体的な活動としては、年度末に、5年間にわたる領域の研究成果報告を発表する公開シンポジウムを開催した(2007年3月23日)。また、情報処理学会のバイオ情報研究会において領域の研究を紹介するセッションをオーガナイズした。iGEMを含む国際的交流も従来にも増して活発に行ったが、特に武漢の華中科術大学で行われた国際会議においてDNAコンピューティングのセッションをオーガナイズした(2007年9月18-22日)。
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[Journal Article] Site-specific functionalization of proteins by organopalladium reactions2007
Author(s)
Kodama, K., Fukuzawa, S., Nakayama, H., Sakamoto, K., Kigawa, T., Yabuki, T., Matsuda, N., Shirouzu, M., Takio, K., Yokoyama, S., Tachibana, K.
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Journal Title
Chembiochem 8
Pages: 232-238
Peer Reviewed
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[Journal Article] Unravel Four Hairpins!2006
Author(s)
Atsushi Kemada, Masahito Yamamoto, Azuma Ohuchi, Satsuki Yaegashi, Masami Hagiya
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Journal Title
The Twelfth International Meeting on DNA Computing, DNA12, Preliminary Proceedings
Pages: 65-74
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[Journal Article] Cation-π interaction in triterpene biosynthesis revealed by incorporating unnatural amino acids into the catalytic site of a squalene cyclase2006
Author(s)
Noriko Morikubo, Yoriyuki Fukuda, Kazumasa Ohtake, Naoko, Shinya, Daisuke Kiga, Kensaku Sakamoto, Miwako Asanuma, Hiroshi Hirota, Shigeyuki Yokoyama, Tsutomu Hoshino
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Journal Title
J. Am. Chem. Soc 128
Pages: 13184-13194
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[Journal Article] A New Protein Engineering Approach Combining Chemistry and Biology, Part I; Site-Specific Incorporation of 4-Iodo-L-phenylalanine in vitro by Using Misacylated Suppressor tRNA (Phe)2006
Author(s)
Kodama K, Fukuzawa S, Sakamoto K, Nakayama H, Kigawa T, Yabuki T, Matsuda N, Shirouzu M, Takio K, Tachibana K, Yokoyama S
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Journal Title
Chembiochem 7
Pages: 1577-1581
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[Journal Article] Translation of 'rare' Codons in a Cell-free Protein Synthesis System from Escherichia coli2006
Author(s)
Chumpolkulwong N, Sakamoto K, Hayashi A, Iraha F, Shinya N, Matsuda N, Kiga D, Urushibata A, Shirouzu M, Oki K, Kigawa T, Yokoyama S
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Journal Title
J Struct Funct Genomics 7
Pages: 31-36
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