2003 Fiscal Year Annual Research Report

フローアレイを用いた多数SNPs(1塩基多型)同時タイピングシステムの開発

Research Project

Project/Area Number	14370071
Research Institution	Yamaguchi University
Principal Investigator	佐々木功典山口大学, 医学部, 教授 (80116722)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	小賀厚徳山口大学, 医学部, 助手 (90243633) 河内茂人山口大学, 医学部, 講師 (80284511)
Keywords	SNP / フローサイトメトリー / DNA / ゲノム / フローアレイ / 蛍光
Research Abstract	テーラーメイド医療やゲノム創薬に欠かせない情報としてSingle nucleotide polymorphisms(SNPs)が注目されており、その検出法も様々なものが考案されている。しかし、それらの多くは手技が煩雑であったり、高価であったり、特殊機器が必要であったりという問題点もある。我々は近年、注目されてきているフローアレイ技術をこのSNPs検出に応用できないかと研究を重ねてきた。本研究は複数のSNPsをhigh-throughputかつ簡便にsingle laser搭載のフローサイトメーターで解析しようとするものである。簡単に説明すると短い合成DNAを固定させた直径5μmから15μm程度のビーズを用いて、合成DNA中、ゲノムDNA中の1箇所のSNPsを検出することに成功している。具体的にはビーズ上に固定したオリゴヌクレオチドプローブと蛍光標識されたサンプルDNAをハイブリダイズさせる。このときサンプルDNAがビーズ上のプローブDNAと完全に相補的であれば、両者は結合し、ビーズが蛍光を発するが、相補的でなければビーズは蛍光を発さない。この蛍光量の差をフローサイトメーターで計測しSNPsのタイピングを行う。昨年度までに成功していた合成DNAによる3箇所のSNPs検出に加えて、今年度はゲノムDNAでも2箇所のSNPsタイピングに成功した。この成果は今年5月に開かれる第22回国際細胞解析学会(フランス)での発表を予定している。本研究においてフローサイトメーターをもちいたSNPタイピング法の基礎は確立できたと考えており、今後この方法をDNAのみならずタンパク解析などにも応用していきたい。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Ikemoto K.: "Multicolor FISH and cytometric analyses allow classification of urothelial carcinomas into two subtypes, low- and high-grade tumors"Int J Oncol.. (In press).
[Publications] Furuya T.: "A novel technology allowing immunohistochemical staining of a tissue section with 50 different antibodies in a single experiment"J Histochem Cytochem. 52・2. 205-210 (2004)
[Publications] Ueno T.: "Prediction of nodal metastasis by comparative genomic hybridization in biopsy specimens from patients with superficial esophageal squamous cell carcinoma"Clin Cancer Res.. 9・14. 5137-5141 (2004)
[Publications] Arai H.: "Detection of amplified oncogenes by genome DNA microarrays in human primary esophageal squamous cell carcinoma : comparison with conventional comparative genomic hybridization analysis"Cancer Genet Cytogenet.. 146・1. 16-21 (2003)
[Publications] Takita M.: "An analysis of changes in the expression of cyclins A and B1 by the cell array system during the cell cycle : comparison between cell synchronization methods"Cytometory. 55A・1. 24-29 (2003)
[Publications] Kawasaki K.: "11q23-24 loss is associated with chromosomal instability in endometrial cancer"Int J Mol Med.. 12・5. 727-731 (2003)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

フローアレイを用いた多数SNPs(1塩基多型)同時タイピングシステムの開発

Principal Investigator

佐々木 功典 山口大学, 医学部, 教授 (80116722)

Research Products

[Publications] Ikemoto K.: "Multicolor FISH and cytometric analyses allow classification of urothelial carcinomas into two subtypes, low- and high-grade tumors"Int J Oncol.. (In press).

[Publications] Furuya T.: "A novel technology allowing immunohistochemical staining of a tissue section with 50 different antibodies in a single experiment"J Histochem Cytochem. 52・2. 205-210 (2004)

[Publications] Ueno T.: "Prediction of nodal metastasis by comparative genomic hybridization in biopsy specimens from patients with superficial esophageal squamous cell carcinoma"Clin Cancer Res.. 9・14. 5137-5141 (2004)

[Publications] Arai H.: "Detection of amplified oncogenes by genome DNA microarrays in human primary esophageal squamous cell carcinoma : comparison with conventional comparative genomic hybridization analysis"Cancer Genet Cytogenet.. 146・1. 16-21 (2003)

[Publications] Takita M.: "An analysis of changes in the expression of cyclins A and B1 by the cell array system during the cell cycle : comparison between cell synchronization methods"Cytometory. 55A・1. 24-29 (2003)

[Publications] Kawasaki K.: "11q23-24 loss is associated with chromosomal instability in endometrial cancer"Int J Mol Med.. 12・5. 727-731 (2003)

佐々木功典山口大学, 医学部, 教授 (80116722)