2002 Fiscal Year Annual Research Report
個々の分類群のアバンダンス分布に基づくアンモニア酸化細菌群集の動態解析手法の研究
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14380249
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
諏訪 裕一 独立行政法人産業技術総合研究所, 環境管理研究部門・生態系機能研究グループ, グループ長 (90154632)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
庄司 正 独立行政法人産業技術総合研究所, 環境管理研究部門・生態系機能研究グループ, 研究員 (70357234)
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| Keywords | 化学合成無機栄養アンモニア酸化細菌 / 群集構造解析 / リアルタイムPCR / 16SrDNA / ammonia monooxygenase |
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| Research Abstract |
生物学的硝化反応の初期段階を担う化学合成無機栄養アンモニア酸化細菌(AOB)は培養が困難であるため、群集構造に関する研究では分子生物学的方法が用いられることが多い。近年、PCRを用いた微生物群集構造解析においても定量的評価の可能性が検討されている。リアルタイムPCR法は、インターカレーターや蛍光プローブを用いてPCR増幅産物の蛍光強度をサーマルサイクラーと一体化した分光蛍光光度計でサイクルごとに検出する核酸定量法である。本研究では、環境中のアンモニア酸化細菌群集の動態解析を目的として、リアルタイムPCR法による定量分析の可能性を検討している。本年度は、アンモニア酸化細菌の動態解析に汎用されている標的部位のまったく異なる2種類のプライマーセットを用い、リアルタイムPCR法の適用を試み、その妥当性について検討した。
AOB菌株5株を純粋培養し、各菌株から抽出したDNAを供試した。Proteobacteria β-subdivision AOBの16SrDNAおよびamoA遺伝子を増幅する2種類のプライマーセットを用い、BIO-RAD社製iCycler iQ^<TM>リアルタイムPCR装置でPCRを行った。インターカレーターとしてSYBR Green Iを用いた。
供試したAOB5株由来のDNAはすべて相対蛍光強度が指数関数的に増加する範囲を持ち、検量線を作成することができた。検量線は菌株間での違いが顕著であり、検量線を作成する菌株の選択によって16SrDNAおよびamoA遺伝子の定量値を過大又は過小評価する可能性があることが示唆された。
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