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2004 Fiscal Year Annual Research Report

酵素の持つNi-Feヘテロ2核金属錯体における水素活性化機構の解明

Research Project

Project/Area Number 14380317
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 教授 (90183574)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 柴田 直樹  兵庫県立大学, 大学院・生命理学研究科, 助教授 (30295753)
Keywords[NiFe]ヒドロゲナーゼ / 超高分解能X線構造解析 / 硫酸還元菌 / CO結合型ヒドロゲナーゼ / 準動的X線結晶解析法 / クリーンエネルギー / 燃料電池 / 金属タンパク質
Research Abstract

生物が持つ水素の代謝能力の本質はヒドロゲナーゼという金属タンパク質である。ヒドロゲナーゼは水素の酸化・還元を触媒する機能を持つ。従って本酵素の工業的利用の可能性を探る研究は新規燃料電池の開発や石油に変わるクリーンエネルギー生成の道を拓くことにつながると期待できる。活性部位にNiおよびFeを持つ[NiFe]ヒドロゲナーゼはこれまでに多くの菌株について分光学的および結晶学的な構造化学的研究がなされ、金属活性部位周辺で起こる触媒反応についていろいろな奇妙な現象が報告されている。本研究では、Desulfovibrio vulgaris Miyazaki株由来の酵素について酸化型・還元型の構造化学をさらに進めた。
平成16年度は、ヒドロゲナーゼの酸化型が活性化されていく過程において活性部位の構造がどのように変化していくのかを調べた。通常、菌体から抽出して得られた酵素分子(酸化型酵素)はNi-A型という不活性-安定型分子とNi-B型という活性準備-不安定型の混合物である。本研究では、上記、Ni-A型とNi-B型の混合物の酵素溶液に50mMのNa_2Sを加えた後、それを空気に暴露することにより、純粋なNi-A型のみからなる酵素溶液を調製することに成功した。この過程におけるNi原子の電子状態の変化をEPR法により調べたところ、Na_2S添加後、空気に暴露する前にNi-A型とNi-B型の中間体を経ていることが明らかになった。また、このとき、酵素中の電子伝達ユニットである3個のFe-Sクラスターのうち、Fe_3S_4のクラスターのみが酸化-還元を繰り返していることがわかった。これは、Ni-Feの酵素活性部位において「Na_2S」と「O_2」による酸化-還元作用の繰り返しによりNi-Aが生成されていくことを示唆しており、本活性部位の反応機構を知る上で重要な知見であると考えられる。今後は、Ni-A型とNi-B型のそれぞれについて結晶化および結晶構造解析を行い、本活性部位の活性化機構を完全に解明していく予定である。

  • Research Products

    (7 results)

All 2005 2004

All Journal Article (6 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Correlation between the g Tensors and the Nonplanarity of Porphyrin Rings in Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F Cytochrome c_3, Studied by single Crystal EPR2005

    • Author(s)
      T.Saitoh, Y.Tachibana, Y.Higuchi, H.Hori, H.Akutsu
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn 77

      Pages: 357-363

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] X-ray induced reduction of the crystal of high-molecular weight cytochrome c revealed by microspectrophotometory2004

    • Author(s)
      M.Sato, N.Shibata, Y.Morimoto, Y.Takayama, K.Ozawa, H.Akutsu, Y.Higuchi, N.Yasuoka
    • Journal Title

      J.Synchrotron Rad. 11

      Pages: 113-116

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Hydration structures in proteins and neutron diffraction experiment on dissimilatory sulfite reductase D (DsrD)2004

    • Author(s)
      T.Chatake, A.Ostermann, K.Kurihara, F.G.Parak, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, I.Tanaka, N.Niimura
    • Journal Title

      J.Synchrotron Rad. 11

      Pages: 72-75

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Crystallization and MAD data collection of high-molecular weight cytochrome c from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F2004

    • Author(s)
      N.Shibata, K.Suto, E.Ichimura, K.Yoshimura, K.Muneo, S.Tomigami, Y.Morimoto, M.Ogata, T.Yagi, Y.Higuchi, N.Yasuoka
    • Journal Title

      Prot.Pep.Let 11-1

      Pages: 93-96

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Cloning and expression of the enolase gene from Desulfovibrio vulgaris (Miyazaki F)2004

    • Author(s)
      M.Kitamura, Y.Takayama, S.Kojima, K.Kohono, H.Ogata, Y.Higuchi, H.Inoue
    • Journal Title

      Biochim.Biophys.Acta 1676

      Pages: 172-181

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Crystallization and Preliminary X-ray Study of the two Inhibitor Complexes of the Catalytic Domain of Death-Associated Protein Kinase2004

    • Author(s)
      A.Yamakawa, H.Ogata, K.Morita, N.Shibata, N.Andou, H.Sanuki, K.Yamada, T.Hioki, T.Ishi, Y.Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. D60

      Pages: 764-766

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Book] 日本生物物理学会誌 44-5号2004

    • Author(s)
      北村昌也, 樋口芳樹
    • Total Pages
      206-211

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

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