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2005 Fiscal Year Annual Research Report

イネ萎縮ウイルスの全立体構造決定

Research Project

Project/Area Number 14380319
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

中川 敦史  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (20188890)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山下 栄樹  大阪大学, 蛋白質研究所, 助手 (00294132)
Keywords生体超分子複合体 / シンクロトロン放射光 / X線結晶構造解析 / ウイルス / ウイルスの構造構築 / ウイルスの感染機構 / ウイルスの自己複製機構
Research Abstract

昨年度に引き続いてRDV粒子の高分解能の回折強度データ収集を進めた。高輝度なX線光源であるSPring-8のアンジュレータビームラインBL44XUの利用を目指して,結晶化条件の再検討とクライオ条件の最適化を進めた結果,最高で3.2Å分解能の回折データを得ることのできる条件の決定に成功した.この条件で,従来100個以上の結晶を必要としていた回折強度データ収集を1個あるいは数個の結晶で行うことができるようになった.これにより,結晶間あるいはサンプル間での同一性のみだれによる構造のあいまいさを除くことができる.この条件で得られた8Å分解能のデータを用いて構造解析を進めた結果,これまでX線回折法で得られたものに比べて粒子内部の詳細な構造を反映した電子密度図を得ることができた.これはこれまでの研究で得られたクライオ電子顕微鏡法による密度図とよく一致するものである.この成果は,日本生物物理学会年会(東浦他,札幌2005.11)および日本結晶学会年会(東浦他,姫路2005.12)において発表した.これと並行して,P2タンパク質を含む完全なウイルス粒子の精製を行い,結晶化条件の検討を行った.
また,JAXA高品質蛋白質結晶生成プロジェクトにより微小重力環境下で結晶化を行ったところ,非常にきれいな外形の結晶が得られることが確認され,微小重力環境がRDVの結晶化にとって良い条件となることを示した.
この他,イネ萎縮ウイルスの構造解析用いた,既知の情報を使わずに構造解析を行うab inito法による位相決定法を詳細に検討し,その他のウイルスにも適用できることを示し,Acta Cryst.Sect.D誌に報告した(Taka et al.,2005).

  • Research Products

    (13 results)

All 2006 2005

All Journal Article (11 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of rat SHPS-12006

    • Author(s)
      Aki Nagata
    • Journal Title

      Acta Crystallographica sect.F 62

      Pages: 189-191

  • [Journal Article] Expression and molecular characterization of spherical particles derived from the genome of the hyperthermophilic euryarchaeote, Pyrococcus furiosus2005

    • Author(s)
      Kazunori Namba
    • Journal Title

      Journal of Biochemistry 138

      Pages: 193-199

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] The crystal structures of semi-synthetic aequorins2005

    • Author(s)
      Sachiko Toma
    • Journal Title

      Protein Science 14

      Pages: 409-416

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Ab initio crystal structure determination of spherical viruses that exhibit a centrosymmetric location in the unit cell2005

    • Author(s)
      Junichiro Taka
    • Journal Title

      Acta Crystallographica sect.D 61

      Pages: 1099-1106

  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a chitin-binding domain of hyperthermophilic chitinase from Pyrococcus furiosus2005

    • Author(s)
      Tsutomu Nakamura
    • Journal Title

      Acta Crystallographica sect.F 61

      Pages: 476-478

  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of hyperthermophilic L-threonine dehydrogenase from the archaeon Pyrococcus furiosus2005

    • Author(s)
      Noriko Higashi
    • Journal Title

      Acta Crystallographica sect.F 61

      Pages: 432-434

  • [Journal Article] Crystal Structure of Lipoate-Protein Ligase A from Escherichia coli : Determination of the Lipoic Acid-Binding Site2005

    • Author(s)
      Kazuko Fujiwara
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry 280

      Pages: 33645-33651

  • [Journal Article] Crystal Structure of Human T-protein of Glycine Cleavage System at 2.0Å Resolution and its Implication for Understanding Non-ketotic Hyperglycinemia2005

    • Author(s)
      Kazuko Okamura-Ikeda
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology 35

      Pages: 1146-41159

  • [Journal Article] Using cryoloops for X-ray data collection from protein crystals at room temperature : A simple applicable method2005

    • Author(s)
      Shu Jie Li
    • Journal Title

      Journal of Crystal Growth 251

      Pages: 592-595

  • [Journal Article] A solubility and B-factor minimum of hen egg-white lysozyme crystals at 0.5 M concentration NiCl22005

    • Author(s)
      Shu Jie Li
    • Journal Title

      Journal of Crystal Growth 276

      Pages: 222-229

  • [Journal Article] Preliminary crystallographic analysis of the antibiotic discharge outer membrane lipoprotein OprM of Pseudomonas aeruginosa with an exceptionally long unit cell and complex lattice structure2005

    • Author(s)
      Hiroyuki Akama
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F 61

      Pages: 131-133

  • [Book] タンパク質のかたちから生命の謎を解く 生物マシーナリー構造生物学の最前線2005

    • Author(s)
      中川敦史
    • Total Pages
      232
    • Publisher
      クバプロ
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Book] 生命秩序を担う生体超分子2005

    • Author(s)
      大村敏博
    • Total Pages
      1404
    • Publisher
      共立出版

URL: 

Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

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