2003 Fiscal Year Annual Research Report

個人識別・親子鑑定に有用なSNPのリアルタイムPCRによる検出法の開発

Research Project

Project/Area Number	14570378
Research Institution	TOHOKU UNIVERSITY
Principal Investigator	那谷雅之東北大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (70241627)
Keywords	MGBプローブ / TaqMan PCR法 / ABO式血液型 / genotying / 5'nuclease活性 / FAM / VIC
Research Abstract	本年度はMGBプローブを用いたTaqMan PCR法によるABO式血液型genotypingについて検討を行った。 TaqManプローブはPCR中、フォワードプライマーとリバースプライマーに挟まれたターゲット配列とアニールするが、伸長反応の際にTaq polymeraseの5'nuclease活性によって分解され、クエンチングされていた5'側の色素の蛍光強度が増加する。この蛍光はPCR産物の生成量に比例するため、template DNAがどちらのalleleであったかを判定できる。プローブの3'側にTm enhancerであるMinor Groove Binder(MGB)を結合することにより短い配列で高いTm値を得ることができる。 PCR-RFLP法及び融解曲線分析法によってABO式血液型遺伝子型が判明している試料を用いた。 ABO式血液型糖転移酵素cDNAの261番の欠失の有無、703番、796番及び930番における塩基置換^<3)>を識別するためのプライマー及びMGBプローブを設計、合成した。261番ではA=B型用プローブをFAMで、O型用プローブをVICで標識した。その他の3部位ではA=O型用をFAMで、B型用をVICで標識した。PCRはPRISM7700 Sequence Detector(Applied Biosystems)を使用して、リアルタイムで蛍光を検出しながら行った。 261番A=B型用プローブでは、OOと他の5種類の遺伝子型を区別することはできたが、OOでもサイクル数を重ねると軽度の蛍光の増加がみられた。261番O型用プローブでは蛍光強度のパターンはOをホモで持つOO,ヘテロのAO,BO,Oを持たないAA,AB,BBの3つのパターンに分かれたが、Oを持たないAA,AB,BBでもサイクル数を重ねると軽度の蛍光の増加がみられた。 703番、796番及び930番において、A=O型用プローブではBB以外の5種類の遺伝子型とBBを明瞭に識別することができた。また、B型用プローブではB遺伝子を持つBB,BO,ABとB遺伝子を持たないAA,AO,OOを明瞭に識別することができた。ただし、796番においてサイクル数を重ねるとB遺伝子を持たないAA,AO,OOでも軽度の蛍光の増加がみられる場合があった。

Research Products

(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Mimasaka S, Yajima Y, Hashiyada M, Nata M, Oba M, Funayama M: "A case of aortic dissection caused by blunt chest trauma"Forensic Science International. 132. 5-8 (2003)
[Publications] Hashiyada M, Itakura Y, Nagashima T, Nata M, Funayama M: "Polymorphism of 17 STRs by multiplex analysis in Japanese population"Forensic Science International. 133. 250-253 (2003)
[Publications] Sato K, Hashiyada M, Uehara S, Nata M, Okamura K: "CpG dinucleotide methylation patterns in the human androgen receptor gene and X-chromosome inactivation in peripheral blood leukocytes of phenotypically normal women"J Hum Genet. 48. 374-379 (2003)
[Publications] Yajima Y, Funayama M, Yamamoto Y, Hasiyada M, Nata M, Nishi K: "An Autopsy case of hydrogen sulfide poisoning in a fish feed processing factory"Res Pract Forens Med. 46. 199-202 (2003)
[Publications] Mimasaka M, Funayama M, Nata M: "A Sudden death during a saline drip in shizophrenic patient with polydipsia"Legal Med. (in press). (2004)
[Publications] Nata M, Hashiyada M, Mimasaka S, Yajima Y, Funayama M: "Utility of DNA analyses in personal identification of a dismembered corpse"Acta Crim Japon. (in press). (2004)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

個人識別・親子鑑定に有用なSNPのリアルタイムPCRによる検出法の開発

Principal Investigator

那谷 雅之 東北大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (70241627)

Research Products

[Publications] Mimasaka S, Yajima Y, Hashiyada M, Nata M, Oba M, Funayama M: "A case of aortic dissection caused by blunt chest trauma"Forensic Science International. 132. 5-8 (2003)

[Publications] Hashiyada M, Itakura Y, Nagashima T, Nata M, Funayama M: "Polymorphism of 17 STRs by multiplex analysis in Japanese population"Forensic Science International. 133. 250-253 (2003)

[Publications] Sato K, Hashiyada M, Uehara S, Nata M, Okamura K: "CpG dinucleotide methylation patterns in the human androgen receptor gene and X-chromosome inactivation in peripheral blood leukocytes of phenotypically normal women"J Hum Genet. 48. 374-379 (2003)

[Publications] Yajima Y, Funayama M, Yamamoto Y, Hasiyada M, Nata M, Nishi K: "An Autopsy case of hydrogen sulfide poisoning in a fish feed processing factory"Res Pract Forens Med. 46. 199-202 (2003)

[Publications] Mimasaka M, Funayama M, Nata M: "A Sudden death during a saline drip in shizophrenic patient with polydipsia"Legal Med. (in press). (2004)

[Publications] Nata M, Hashiyada M, Mimasaka S, Yajima Y, Funayama M: "Utility of DNA analyses in personal identification of a dismembered corpse"Acta Crim Japon. (in press). (2004)

那谷雅之東北大学, 大学院・医学系研究科, 助教授 (70241627)