ATAC-PCR法による定量的遺伝子発現網羅解析の消化器癌臨床への応用

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14571138
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 山本 浩文 大阪大学, 医学系研究科, 助手 (30322184)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 門田 守人 大阪大学, 医学系研究科, 教授 (00127309) ; 池田 正孝 大阪大学, 医学系研究科, 助手 (80335356) ; 関本 貢嗣 大阪大学, 医学系研究科, 講師 (10273658)
• Keywords: 網羅的遺伝子解析 / 食道癌 / リンパ節転移 / 転移予測

Research Abstract

本年度はATAC-PCR(一種のPCR array)により食道癌の網羅的遺伝子発現解析を行い食道癌リンパ節転移予測の試みを行った。ATAC-PCRは通常のmicroarrayより高感度に遺伝子発現解析が行える。[方法]前治療なしで外科的に切除された食道癌(扁平上皮癌)78症例(N1 56例、N0 22例)を対象に、食道癌cDNAライブラリーをもとにして得られた1536遺伝子と癌関連遺伝子として報告のある368個の計1904遺伝子についprimerを設計しPCR-Arrayから発現情報を得た。Data processingの後に解析対象として残った1392遺伝子についてSupervised learningの手法の一つであるPerrnutation testによりN1、N0群間で発現量に有意な差のある遺伝子を選びだし、その後Signal to Noise(SN)を用い遺伝子のrankingを行った。さらにrankingされた遺伝子を用いてleave-One-Out法によるCross validationを行いPredictor geneの決定と予測能の評価を行った。[結果]10万回のPermutation testにより2群間で有意に発現に差のある118個の遺伝子を抽出できた。Weighted votingによるleave-one-out法ではリンパ節転移の予測について90%を越える高い正診率が得られた。[結論]ATAC-PCRによって得られた発現情報をもとにSupeivised learningの手法をもちいた解析の結果、高いaccuracyをもって食道癌リンパ節転移の予測が可能であった。