蛋白質フォールディングパターン認識及び立体構造予測における新規パラダィムの構築

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14580672
• Research Institution: Toyohashi University of Technology
• Principal Investigator: DELCARPIO C.A. 豊橋技術科学大学, 工学部, 講師 (20231053)
• Keywords: バイオインフォマティクス / 蛋白質立体構造予測 / フォールドパターン認識 / CASP5

Research Abstract

蛋白質1次元構造のみからタンパク質立体構造を予測するため新規な方法論の構築とシステムの開発を行い、2002年のCASP5に参加した。64個の全てのターゲットに対し本アルゴリズムを用いて蛋白質立体構造予測を行った。これまでのフォールドパターン認識能力とコンテストに送る一位候補としての正しい構造を予測するためにコンピュータシステムの改良を試みた。改良点は特に2の点に注目して行った。最初に、特定な蛋白質がスーパーファミリ内に存在するかどうか示すdominant factorの改善をおこなった。また、蛋白質のモデル立てる際threadingのアルゴリズムを新しく考案し。二番目に改善した点は、2次構造情報の活躍のため新しいアルゴリズムを考慮にいれたこととab-initio法に基く側さの一探索の方法。今回CASP5のコンテストに参加して、CASP4に比べて、いろいろな点が改善されたといえる。特に正しい結果のscoringの問題が多少改善されたが、しかしながら、コンテストに提出した5つの構造の多くの場合正解が含まれているしかし、その位置は2番目以下という問題まだ依然として残っており、今回のシステムが更なる改良を必要とすることがわかった。
CASP6において、これらの点に特に注目し、CASP5と同時にCAFASPのコンテストの結果など参考に入れながらその改良を考えている。

Research Products

• [Publications] Del Carpio C.A., Yoshimori A: "Fully Automated Protein Tertiary Structure Prediction Using Fourier Transform Spectral Methods"protein Structure Prediction : Bioinformatic Approach, University of California, IUL. Inc. 173-197 (2002)
• [Publications] Del Carpio C.A., Carbajal J.C: "Folding Pattern Recognition in Protein Using Spectral Analysis Methods"Genome Informatcs. 13. 163-172 (2002)