ゲノム整列化チップによる染色体異常の検出と小児がん関連遺伝子の探索

2002 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 14657184
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 林 泰秀 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (30238133)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 井田 孔明 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (60313128) ; 添田 栄一 理化学研究所, 基盤研究部, 副主任研究員 (00039330) ; 川口 裕之 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (00313130)
• Keywords: neuroblastoma / 1p36欠失 / KIF1B gene / DFF45 / 癌抑制遺伝子 / PEX14 / BACコンティグ / Charcot-Marie Tooth disease type2

Research Abstract

我々はこれまで米国からライブラリーを購入し、スクリーニングキットやBACとPACの染色体整列化法を開発し、ゲノム整列化チップの実用化をすすめてきた。今回は、小児がんの診断としての染色体異常の検出のためのマニュアルおよびチップ作製と、小児がん関連遺伝子の探索法に着手した。まず小児がん、遺伝病等の染色体異常、あるいは遺伝子発現の動的変化を細胞遺伝学的レベルで検索し、その構造変化を簡便、迅速に解明できるゲノム整列化チップについて検討した。小児白血病の細胞株35株と固形腫瘍の25株からゲノムDNAとmRNAを抽出し、標識して、検出感度を高めた特異性の高い診断マニュアル作成するために、まず1p36のバックコンティグより1Mbごとのマーカーを抽出し検討した。マーカーによってハイブリダイゼーションがうまくいかず、はシークエンスが異なることが予想され、ドラフトシークエンスやセレラ・ゲノミックス社による粗データのマッピングを参考にして再チェックし、ギャップシール等を行った。さらにパイロット実験として既に染色体1p35-36の整列化したBACの内、D1S244領域の200株を用い、キアゲンカラムで精製したDNAを手動のアレイアーでスポットし、プローブとして正常細胞、D1S244に欠損を持つ神経芽腫細胞株(NB-1)を使用した。ニック・トランスレーション法で高感度蛍光標識した。今後蛍光試薬で標識したDNAチップは、アフィメトリックス社のスキャナーで定量する予定である。小児がん関連遺伝子の探索とそのゲノムシークエンスの完成をめざす予定である。

Research Products

• [Publications] Taketani T: "The HOXD11 gene is fused to the NUP98 gene in acute myeloid leukemia with the t(2;11)(q31;p15)"Cancer Res. 62. 33-37 (2002)
• [Publications] Ono R: "SEPTIN6, a Human Homologue to Mouse Septin6, Is Fused to MLL in Infant Acute Myeloid Leukemia with Complex Chromosomal Abnormalities Involving 11q23 and Xq24"Cancer Res. 62. 333-337 (2002)
• [Publications] Uno K: "Aberrations of the hSNF5/INI1 gene are restricted to malignant rhabdoid tumors or atypical teratoid/rhabdoid tumors in pediatric solid tumors"Genes Chromosomes Cancer. 34. 33-41 (2002)
• [Publications] Taketani T: "The t(7;11)(p15;p15) in acute myeloid leukemia results in fusion of the NUP98 gene with a HOXA cluster gene, HOXA13, but not HOXA9"Genes Chromosomes Cancer. 34. 437-443 (2002)
• [Publications] Ono R: "LCX, leukemia-associated protein with a CXXC domain, is fused to MLL in acute myeloid leukemia with trilineage dysplasia having t(10;11)(q22;q23)"Cancer Res. 62. 4075-4080 (2002)
• [Publications] Taketani T: "Novel NUP98-HOXC11 Fusion Gene Resulted from a Chromosomal Break within Exon 1 of HOXC11 in Acute Myeloid Leukemia with t(11;12)(p15;q13)"Cancer Res. 62. 4571-4574 (2002)