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2016 Fiscal Year Annual Research Report

合成キラル金属ポルフィリンの反応機構と選択性の計算化学による研究

Research Project

Project/Area Number 14F04334
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

榊 茂好  京都大学, 福井謙一記念研究センター, 研究員 (20094013)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) WICKRAMARACHCHI CHAMIL  京都大学, 福井謙一記念研究センター, 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2014-04-25 – 2017-03-31
Keywords選択的酸化過程 / 鉄触媒 / QM/MM法 / 反応経路 / 生体触媒
Outline of Annual Research Achievements

生体酵素である、Prostaglandin endoperoxide H synthases (PGHSs)のバイオミメティック触媒である、ポルフィリン錯体("ツインコロネット"型錯体)によって触媒されるジエンの位置選択的および立体選択的酸素化のメカニズムを理論化学計算で調べることを目標とし、さらにPGHSsの反応機構を理解することを試みた。手法としては、two-layer ONIOM (QM/MM)法及びAFIR法を用いた。特に、溶液中で最も熱力学的に安定な反応前駆体、中間活性種の生成過程、位置選択的水素の引き抜き反応、そして、ジエンの酸化過程について、詳細に調べた。選択的過程については、遷移状態構造の系統的かつ効率的な探索をAFIR法を応用し実行した。また、この錯体は300原子を超える系であり、応用する分子力場の依存性が高いことが考えられる。そのため、我々は、様々な種類の分子力場(AMOEBA09[分極可能],MMM3, MMFF, OPLS-AA, CHARMM22)を適用し、反応経路などに違いを詳細に検討した。その結果、反応経路の概略および位置選択性の決定過程が解明された。
また、ノンヘム鉄(III)-スーパーオキソ系においては、中間体を含めた詳細な電子構造の解析とともに、2-ヒドロキシ2-アザマンタン、フェニルヒドラジンを基質とした、水素引き抜きの反応性について調べた。方法は、上述のtwo-layer ONIOM(QM/MM)法を使用した。その結果、反応機構の概略を解明した。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (6 results)

All 2016

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] A Theoretical study on the addition reactions of L4M(M = Rh, Ir) and L2M(M = Pd, Pt) to Li+@C602016

    • Author(s)
      M.-C. Yang, A. K. Sharma, W. M. C. Sameera, K. Morokuma, M.-D. Su
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. A

      Volume: 121 Pages: 2665-2673

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Artificial force induced reaction method for systematic determination of complex reaction mechanisms2016

    • Author(s)
      W. M. C. Sameera, A. K. Sharma, S. Maeda, K. Morokuma
    • Journal Title

      Chem. Rec.

      Volume: 16 Pages: 2349-2363

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Palladium-catalyzed regioselective ring-opening borylation of 2-arylaziridines with bis(pinacolato)diboron: experimental and computational studies2016

    • Author(s)
      Y. Takeda, A. Kuroda, W. M. C. Sameera, K. Morokuma, S. Minakata
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 7 Pages: 6141-6152

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Computational catalysis using the artificial force induced reaction (AFIR) method2016

    • Author(s)
      W. M. C. Sameera, S. Maeda, K. Morokuma
    • Journal Title

      Acc. Chem. Res.

      Volume: 49 Pages: 763-773

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Theoretical studies homogeneous catalysis2016

    • Author(s)
      W. M. C. Sammera
    • Organizer
      The International Symposium on Homogeneous Catalysis
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2016-07-10 – 2016-07-15
  • [Presentation] Theoretical studies of control and design of catalytic reactions using stimuli-responsive chemical species2016

    • Author(s)
      W. M. C. Sammera
    • Organizer
      Stimili-responsive chemical species for the reaction of functional molecules
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2016-05-20 – 2016-05-21

URL: 

Published: 2018-01-16  

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