2014 Fiscal Year Annual Research Report
チョウザメ類における種および雑種判別のためのＤＮＡマーカーの開発
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14F04751
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
荒井 克俊 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 教授 (00137902)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
HAVELKA Milos 北海道大学, 水産科学研究科(研究院), 外国人特別研究員
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| Project Period (FY) |
2014-04-25 – 2017-03-31
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| Keywords | チョウザメ / 交雑種 / 倍数体 / マイクロサテライト / ＰＣＲ / 種判別 / ゲノム / キャビア |
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| Outline of Annual Research Achievements |
材料とするコチョウザメAcipenser ruthenus、シロチョウザメA. transmontanus、オオチョウザメHuso huso、ベステル（オオチョウザメ雌×コチョウザメ雄交雑種）、およびベステル雌×シロチョウザメ交雑種（二倍体および三倍体）の合計約200個体のサンプルよりゲノムDNAを抽出精製した。そして、他の研究者により発表されている他のチョウザメ類のマイクロサテライトDNAマーカー座分析のための20プライマーセットを選び、PCR増幅の後、2.5％アガロース電気泳動を行うことにより、増幅の安定性、増幅断片サイズの確認を行った。次に、プライマーセットの一方の5’末端にM13Rテールを付加した。そして、VIC、PET、FAMおよびNEDを蛍光ラベルしたプライマーを増幅反応に加え、産物をABI 3130XL自動シーケンサに供することにより分析した。マーカー型(Genotype)はGeneMapper v.3.7を用いて解析した。以上の分析の結果、検討した20マーカー座のうち、14マーカー座が今回分析対象としたすべての純粋種と交雑種において、安定した増幅を示すことが明らかになった。そこで、これらの中から10マーカー座を選び、ベステル×シロチョウザメ交雑種各個体における純粋種由来のゲノム組成を明らかにするための実験およびその他チョウザメ類の種判別マーカーの開発を現在継続中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
南ボヘミア大学、北海道大学で飼育、保存しているチョウザメ純粋種、交雑種の多数個体から順調にDNAサンプルを抽出・精製でき、これらを材料として、既報のマイクロサテライトＤＮＡマーカー座プライマーセットの最適化を終了し、かつ、純粋種の遺伝的種判別、交雑種の母系、父系種由来ゲノム組成の検討に着手することができ、分析が進んでいること、学会での口頭発表を行うことができたことから「おおむね順調に進展している」と判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成26年度採取のサンプルを用いて、まず、マイクロサテライトDNAマーカーを用いた種判別と交雑種における母系、父系由来ゲノムの推定を完了させるとともに、ミトコンドリアDNAの塩基配列解析により、母系ゲノムの確認を行なう。同様のマイクロサテライトDNAマーカーとミトコンドリアDNA解析による種判別法を他のチョウザメ種にも拡張する。
次世代シーケンサを用いて網羅的にゲノム情報を得ることに着手し、単塩基型多型を検出し、このような多型の種判別への可能性を検討する。また、新規反復配列を得て、それらの種判別への応用を検討する。細胞培養による染色体標本作製が成功した場合は、反復配列をプローブとしたFISH法による母系種、父系種由来染色体識別を試みる。
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