2003 Fiscal Year Annual Research Report

放線菌の線状ゲノムのダイナミックな構造変化の解析

Research Project

Project/Area Number	15013242
Research Institution	Hiroshima University
Principal Investigator	木梨陽康広島大学, 大学院・先端物質科学研究科, 教授 (80224997)
Keywords	放線菌 / 線状染色体 / 線状プラスミド / アーム置換 / パリンドローム / 染色体逆位 / トランスポゾン / キメラ染色体
Research Abstract	(1)Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析今年はこれまでの成果の多くを報文としてまとめることができた。すなわちMM9株においては、線状染色体の左右のアーム置換によって異常に長い末端逆位配列(terminal inverted repeats, TIRs)が形成されたことをJ.Bacteriol.に発表した。また301-22株においては、こうしてできたlong TIRsが更に欠失し、欠失末端同士がTIR内で結合して巨大パリンドローム構造(closed racket frame structure)が形成されたことを同じくJ.Bacteriol.(印刷中)に発表した。しかし、パリンドロームの先端部のクローン化が困難であることから、その塩基配列はまだ決定できていない。 402-2株の染色体逆位については、2つの逆位部位及びそれに対応する親株DNAの詳細な比較によって、逆位に比較的大きなトランスポゾン様配列(約7kb)が関与していることが明らかになった。親株ではこの配列が1コピーあるのに対して、402-2株では2コピーある。それゆえ、402-2株では2コピー目のトランスポゾンが染色体に逆向きに挿入され、初めのコピーと相同組み換えを起こして2Mbにも及ぶ染色体逆位が起こったことが推定された。 (2)S.coelicolor A3(2)の線状染色体とSCP1の相互作用の解析 2106株においては、線状染色体と線状プラスミドSCP1が一点交差して2つのキメラ染色体が形成されたことを報文にまとめた(投稿中)。S.coelicolor A3(2)染色体と線状プラスミドSCP1の全塩基配列が明らかになったので、それを利用してJCM4979株のSCP1プラスミドラダーの構造をほぼ推定することができた。これをhybridizationとsdquencingによって更に確認する予定である。SCP1の末端蛋白ついては、その単離とTOF-MSによる解析を試みたが、まだ同定するには至っていない。

Research Products

(7 results)

All Other

All Publications (7 results)

[Publications] Uchida, T., et al.: "Chromosomal arm replacement in Streptomyces griseus"J.Bacteriol.. 185. 1120-1124 (2003)
[Publications] Yamasaki, M. et al.: "Limited regions of homology between linear and circular plasmids encoding methylenomycin biosynthesis in two independently isolated streptomycetes"Microbiology. 149. 1351-1356 (2003)
[Publications] Inoue, S., et al.: "Chromosomal circularization in Streptomyces griseus by nonhomologous recombinaton of deletion ends"Biosci.Biotechnol.Biochem.. 67. 1101-1108 (2003)
[Publications] Mochizuki, S., et al.: "The large linear plasmid pSLA2-L of Streptomyces rochei has an unusually condensed gene organization for secondary metabolism"Mol.Microbiol.. 48. 1501-1510 (2003)
[Publications] 内田哲也, 他: "Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析"応用微生物学研究. 1. 76-84 (2003)
[Publications] Bentley, S.D., et al.: "SCP1, a 356,023 base pair linear plasmid adapted to the ecology and developmental biology of its host, Streptomyces coelicolor A3(2)"Mol.Microbiol.. 51. 1615-1628 (2003)
[Publications] Uchida, T. et al.: "Circularized chromosome with a large palindromic structure in Streptomyces griseus mutants"J.Bacteriol.. 186(in press). (2004)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

放線菌の線状ゲノムのダイナミックな構造変化の解析

Principal Investigator

木梨 陽康 広島大学, 大学院・先端物質科学研究科, 教授 (80224997)

Research Products

[Publications] Uchida, T., et al.: "Chromosomal arm replacement in Streptomyces griseus"J.Bacteriol.. 185. 1120-1124 (2003)

[Publications] Yamasaki, M. et al.: "Limited regions of homology between linear and circular plasmids encoding methylenomycin biosynthesis in two independently isolated streptomycetes"Microbiology. 149. 1351-1356 (2003)

[Publications] Inoue, S., et al.: "Chromosomal circularization in Streptomyces griseus by nonhomologous recombinaton of deletion ends"Biosci.Biotechnol.Biochem.. 67. 1101-1108 (2003)

[Publications] Mochizuki, S., et al.: "The large linear plasmid pSLA2-L of Streptomyces rochei has an unusually condensed gene organization for secondary metabolism"Mol.Microbiol.. 48. 1501-1510 (2003)

[Publications] 内田哲也, 他: "Streptomyces griseusの線状染色体のダイナミックな構造変化の解析"応用微生物学研究. 1. 76-84 (2003)

[Publications] Bentley, S.D., et al.: "SCP1, a 356,023 base pair linear plasmid adapted to the ecology and developmental biology of its host, Streptomyces coelicolor A3(2)"Mol.Microbiol.. 51. 1615-1628 (2003)

[Publications] Uchida, T. et al.: "Circularized chromosome with a large palindromic structure in Streptomyces griseus mutants"J.Bacteriol.. 186(in press). (2004)

木梨陽康広島大学, 大学院・先端物質科学研究科, 教授 (80224997)