2003 Fiscal Year Annual Research Report

Volvoxの多細胞体制構築機構の解明を目指したMicroRNAの網羅的解析

Research Project

Project/Area Number	15030223
Research Institution	Kyoto University
Principal Investigator	井川善也京都大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (70281087)
Keywords	マイクロRNA / RNA / volvox / chlamydomonas
Research Abstract	上記の研究課題遂行のため、Volvoxおよび、同属の単細胞種であるchlamydomonasより低分子RNAを抽出する手法の確立を試みた。他の生物種からの抽出法を参考に、プロトコールを確立した。ついで、そのRNAにタグ配列を付加し、逆転写-PCRによってDNAに変換、増幅した後、プラスミドに組み込み、クローニングを行った。これらの、手法の確立によりVolvoxからのmicroRNA種の基本的な単離手法を確立した。ついで、これらのプラスミド・クローンに組み込まれたmicroRNA候補の塩基配列決定し、主としてchlamydomonasのゲノムプロジェクトによるデータベースを用いつつ、候補配列の選別を試み、その配列が実際にmicroRNAとして発現しているかをnorthern blotting法により検定した。その結果、chlamydomonasからはmicroRNAと思われる複数のクローンの発現が確認できたが、volvoxよりは現在、発現が確認されたクローンは得られていない。上記の研究によりVolvoxからのmicroRNA種からの基本的な単離手法は確立できたものの、Volvoxから発現が確認されたクローンは得られていない、などクローニングの効率に問題があることも明らかになった。そうした問題の解決を図るため、上記の研究と平行し、2003年6月3日より、同11月19日まで、スイス連邦連邦工科大学Hilvert教授研究室(スイス、チューリッヒ)に滞在し、主としてmicroRNAを効率的に単離、同定するためのRNA chemical ligation法の開発を行った。連結反応時の脱離基であるイミダゾールの脱離能と化学的安定性の相関を置換基を系統的に変化させ、反応効率上最適な置換基の同定を試みた。その結果、従来法より効率よくRNA chemical ligationをおこなう誘導体の候補を同定した。しかし、残念ながら、脱離能の高い誘導体は、化学的安定性に欠け、化学実験の設備のない申請者の研究室で用いることは困難と考えられたため、実用性の点で従来法を超える手法の実現にはいまだ至っていない。

Research Products
(6 results)

All Other

All Publications (6 results)

[Publications] Atsumi, S., Ikawa, Y., Shiraishi, H., Inoue, T.: "Selections for constituting new RNA-protein interactions in catalytic RNP"Nucleic Acids Research. 31. 661-669 (2003)
[Publications] Ikawa, Y., Inoue, T.: "Designed structural rearrangement of an active group I ribozyme"Journal of.Biochemistry (Tokyo). 133. 189-195 (2003)
[Publications] Ikawa, Y., Tsuda, K., Matsumura, S., Atsumi, S., Inoue, T.: "Putative intermediary stages for the molecular evolution from a ribozyme to a catalytic RNP"Nucleic Acids Research. 31. 1488-1496 (2003)
[Publications] Ikawa, Y., Sasaki, K., Tominaga, H., Inoue, T.: "P5 activator of a group IC ribozyme can replace P7.1/7.2 activator of a group IA ribozyme."Journal of.Biochemistry (Tokyo). 133. 665-670 (2003)
[Publications] Matsumura, S., Ikawa, Y., Inoue, T.: "Biochemical characterization of the kink-turn RNA motif."Nucleic Acids Research. 31. 5544-5551 (2003)
[Publications] Ohuchi, S.J., Ikawa, Y., Shiraishi, H., Inoue, T.: "Artificial modules for enhancing rate constants of a group I intron ribozyme without a P4-P6 core element."Journal of Biological Chemistry. 279. 540-546 (2004)

2003 Fiscal Year Annual Research Report

Volvoxの多細胞体制構築機構の解明を目指したMicroRNAの網羅的解析

Principal Investigator

井川 善也 京都大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (70281087)

Research Products

[Publications] Atsumi, S., Ikawa, Y., Shiraishi, H., Inoue, T.: "Selections for constituting new RNA-protein interactions in catalytic RNP"Nucleic Acids Research. 31. 661-669 (2003)

[Publications] Ikawa, Y., Inoue, T.: "Designed structural rearrangement of an active group I ribozyme"Journal of.Biochemistry (Tokyo). 133. 189-195 (2003)

[Publications] Ikawa, Y., Tsuda, K., Matsumura, S., Atsumi, S., Inoue, T.: "Putative intermediary stages for the molecular evolution from a ribozyme to a catalytic RNP"Nucleic Acids Research. 31. 1488-1496 (2003)

[Publications] Ikawa, Y., Sasaki, K., Tominaga, H., Inoue, T.: "P5 activator of a group IC ribozyme can replace P7.1/7.2 activator of a group IA ribozyme."Journal of.Biochemistry (Tokyo). 133. 665-670 (2003)

[Publications] Matsumura, S., Ikawa, Y., Inoue, T.: "Biochemical characterization of the kink-turn RNA motif."Nucleic Acids Research. 31. 5544-5551 (2003)

[Publications] Ohuchi, S.J., Ikawa, Y., Shiraishi, H., Inoue, T.: "Artificial modules for enhancing rate constants of a group I intron ribozyme without a P4-P6 core element."Journal of Biological Chemistry. 279. 540-546 (2004)

井川善也京都大学, 大学院・生命科学研究科, 助手 (70281087)