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2005 Fiscal Year Annual Research Report

水分子-蛋白質の動的相互作用のダイナミクス解明

Research Project

Project/Area Number 15076204
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺嶋 正秀  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授 (00188674)

Keywords拡散 / 時間分解 / 光感受蛋白質 / ダイナミクス / 光反応
Research Abstract

蛋白質と周囲の水分子との相互作用、特に反応途中における相互作用のダイナミクスを時間分解で明らかにするための研究を行った。また、蛋白質の反応を物理化学的に研究するため、新しい検出手法の開発を行い、本年度は以下のような成果を得た。
1、拡散係数は、水分子との分子間相互作用の情報を含む有用な物理量である。先年度に開発したこの物理量の時間変化を測定する手法を用い、蛋白質の折りたたみ過程の遷移状態における分子間相互作用の時間変化を検討した。チトクロムcの折りたたみ過程の拡散係数変化と局所的構造変化速度定数には、1桁以上の違いが見られ、まず水素結合ネットワークの組み換えがおこり、α-ヘリックスの主な部分が完成すると説明された。また、蛋白質ダイナミクスを引き起こす共通で基本的な遷移状態が存在する可能性を示した。
2、光感受性蛋白質の光吸収では観測されない構造変化を、拡散係数変化ダイナミクスとして検出した。光感受性蛋白質としてフォトトロピンを用い、そのダイナミクスを調べた結果、分子構造の変化の度合いは、リンカー部分の付随したサンプルの方が大きいということが分かった。さらに、この拡散係数が時間とともに変化している様子を捉えることに成功し、光励起後2msで拡散係数変化を伴う構造変化が、リンカー部分で起こっているがわかった。これはαヘリックスが壊れる過程に対応していると解釈した。
3、光照射を受けた場所でのダイナミクスを明らかにする新しい時間分解分光手法を開発した。ガラス内部にポンプ光を集光した後のプローブ光の空間形状をCCDカメラで測定し、この形状より屈折率分布を求めることで、中心の屈折率が急激に小さくなり、外部へと進行していく音波の発生を示すことができた。

  • Research Products

    (6 results)

All 2005

All Journal Article (6 results)

  • [Journal Article] Initial temporal and spatial changes of the refractive index induced by focused femtosecond pulsed laser irradiation inside a glass2005

    • Author(s)
      M.Sakakura
    • Journal Title

      Phy.Rev.B, 71・024113

      Pages: 1-12

  • [Journal Article] Hydrogen bonding dynamics during protein folding of reduced cytochrome c : temperature and denaturant concentration dependence2005

    • Author(s)
      S.Nishida
    • Journal Title

      Biophys.J. 89

      Pages: 2004-2010

  • [Journal Article] Conformational dynamics of Phototropin 2LOV2 domain with the linker upon photoexcitation2005

    • Author(s)
      T.Eitoku
    • Journal Title

      J.Am.Chem.Soc. 127

      Pages: 13238-13244

  • [Journal Article] Confocal micro-photoluminescence of InGaN-based light emitting diodes2005

    • Author(s)
      K.Okamoto
    • Journal Title

      J.Appl.Phys. 98・064503

      Pages: 1-7

  • [Journal Article] A biosensor in time-domain based on the diffusion coefficient measurement : Intermolecular interaction of an intermediate of Photoactive Yellow Protein2005

    • Author(s)
      J.S.Khan
    • Journal Title

      Anal.Chem. 77

      Pages: 6625-6629

  • [Journal Article] Diffusion coefficient and the secondary structure of poly-L-glutamic acid in aqueous solution2005

    • Author(s)
      K.Inoue
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B. 109

      Pages: 22623-22628

URL: 

Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

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