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2006 Fiscal Year Annual Research Report

生命秩序の膜インターフェイスを制御するソフトな分子間相互作用

Research Project

Project/Area Number 15083101
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

阿久津 秀雄  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (60029965)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 嶋田 一夫  東京大学, 大学院薬学系研究科, 教授 (70196476)
芳賀 達也  学習院大学, 理学部, 教授 (30011646)
神田 大輔  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80186618)
白川 昌宏  京都大学, 大学院工学研究科, 教授 (00202119)
Keywords膜インターフェイス / 生命秩序 / ソフトな相互作用 / 分子間相互作用 / シグナル伝達 / 物質輸送
Research Abstract

本年度の特徴的な研究を以下に上げる。研究項目A01では、ムスカリン受容体M_4のアゴニスト依存性細胞内移行とアゴニスト除去による細胞表面へのリサイクリングを調べた。また、G蛋白質活性化ペプチドマストパランXの膜結合構造を固体NMRによって精密に決定するとともに、それとリン脂質膜の相互作用構造を決定する方法論を開発し、その結合面、膜に入り込んでいる深さを明らかにした。研究項目A02では好熱菌H^+-ATP合成酵素サブユニットc単体の溶液構造決定に引き続き、大腸菌サブユニットcの固体構造を固体NMRで解析した。Na^+駆動V-ATPase K-ringについては結晶構造に引き続き、このタンパク質にLi^+が結合した構造を2.8オングストロームの分解能で決定した。また、筋小胞体カルシウムポンプのカルシウム結合、非結合状態について誘電体理論に基づく静電エネルギー計算、分子動力学計算を行い、カルシウムの結合部位の構造は非常に安定であること、非結合状態では対抗輸送させるプロトンと膜貫通部位に存在する水分子が立体構造の安定化に重要な働きをしていることを明らかにした。研究項目A03では、細胞接着因子CD44のヒアルロン酸結合ドメインの3次構造をNMRで決定し、交差飽和法によりヒアルロン酸結合界面を同定した。また、共進化情報を利用したタンパク質間相互作用の予測法、立体構造情報を組み合わせてGPCRがオリゴマーとして働く際の、インタフェイスを予測するための、新規手法の閑発に取り組んだ。平成18年7月3-4日に班会議、7月5日に公開シンポジウムを開催した。7月14-15日には若手のワークショップを開催した。本特定領域研究は昨年9月に中間評価を受け、A-の評価と努力すべき点を指摘されたので、その内容を班員に徹底した。

  • Research Products

    (17 results)

All 2007 2006

All Journal Article (17 results)

  • [Journal Article] Probabilistic alignment detects remote homology in a pair of protein sequences without using additional information of homologous sequences2007

    • Author(s)
      R.Koike
    • Journal Title

      Proteins : Structure, Function and Bioinformatics 66

      Pages: 655-663

  • [Journal Article] Stoichiometricf complex formation by proliferating cell nuclear antigen (PCNA) and its interacting protein : purification and crystallization of the DNA polymerase and PCNA monomer mutant complex from Pryrococcus furiosus2006

    • Author(s)
      H.Nishida
    • Journal Title

      Acta Crystallograph. Sect. F Struct. Biol.Cryst. Commuun. 62

      Pages: 253-256

  • [Journal Article] NMR solution structure of the tandem Src homology 3 domains of p47phox complexed with a p22phox-derived praline-rich peptide2006

    • Author(s)
      K.Ogura
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 281

      Pages: 3660-3668

  • [Journal Article] Single-molecule analysis of epidermal growth factor binding on the surface of living cells2006

    • Author(s)
      Y.Teramura
    • Journal Title

      EMBO J. 25

      Pages: 4215-4222

  • [Journal Article] Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thermophilus2006

    • Author(s)
      T.Tsukazaki
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. F 62

      Pages: 376-380

  • [Journal Article] Suppression of the ligand-mediated down-regulation of epidermal growth factor receptor by Ymer, a novel tyrosine-phosphorylated and ubiquitinated protein2006

    • Author(s)
      K.Tashiro
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 281

      Pages: 34612-24622

  • [Journal Article] Structure oftightly membrane-cound mastoparan-X, a G-protein-activating peptide, determined by solid-state NMR2006

    • Author(s)
      Y.Todokoro
    • Journal Title

      Biophys. J. 91

      Pages: 1368-1379

  • [Journal Article] Detection of peptide-phospholipid interaction sites in bilayer membranes by ^<13>C NMR spectroscopy : Observation of ^2H/^<31>P-selective ^1H-depolarization under magic-angle spinning2006

    • Author(s)
      E.Harada
    • Journal Title

      J. AMer. Chem. Soc. 128

      Pages: 10654-10655

  • [Journal Article] Structure of the CNR/Protocadherin-alpha first cadherin domain reveals diversity across cadherin families2006

    • Author(s)
      H.Morishita
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 281

      Pages: 33650-33663

  • [Journal Article] Signal assignment and secondary structure analysis of a uniformly [^<13>C, ^<15>N]-labeled membrane protein, H^+-ATP synthase subunit c, by magic-angle spinning solid-state NMR2006

    • Author(s)
      M.Kobayashi
    • Journal Title

      J. Biomol. NMR 36

      Pages: 279-293

  • [Journal Article] Structure of the light-harvesting bacteriochlorophull c assembly in chlorosomes from Chlorobium limicola determined by solid-state NMR2006

    • Author(s)
      A.Egawa
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104

      Pages: 790-795

  • [Journal Article] Structural basis for recognition of the nonclassical MHC molecule HLA-G by the leukocyte Ig-like receptor B2(LILRB2/LIR2/ILT4/CD85d)2006

    • Author(s)
      M.SHiroichi
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103

      Pages: 16412-16417

  • [Journal Article] Structural Changes in the Cytoplasmic Domain of Phospholamban by Phosphorylation at Ser16 : A Molecular Dynamic Study2006

    • Author(s)
      Y.Sugita
    • Journal Title

      Biochemistry 45

      Pages: 11752-11761

  • [Journal Article] Solution structure of thecytoplasmic region of Na^+H^+ exchanger 1 complexed with essentialcofactor calcineurin B homologous protein 12006

    • Author(s)
      M.Mishima
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 282

      Pages: 2741-2751

  • [Journal Article] Inhibitors of amyloid toxicity based on β-sheet packing of Aβ40 and Aβ422006

    • Author(s)
      T.Sato
    • Journal Title

      Biochemistry 45

      Pages: 5503-5516

  • [Journal Article] Membrane interactive a helices in GPCRs as a novel drug target2006

    • Author(s)
      W.Nemoto
    • Journal Title

      Curr. Protein Pept. Sci. 7

      Pages: 561-575

  • [Journal Article] Remarkable reduction of rf power by ATANSEMA and DATANSERMA separated local field in solid-state NMR spectroscopy2006

    • Author(s)
      K.Nishimura
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett. 419

      Pages: 120-124

URL: 

Published: 2008-05-08   Modified: 2016-04-21  

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