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2007 Fiscal Year Annual Research Report

細胞内1分子計測法を用いた走化性情報処理システムの解析

Research Project

Project/Area Number 15109003
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

柳田 敏雄  Osaka University, 生命機能研究科, 教授 (30089883)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐甲 靖志  独立行政法人理化学研究所, 中央研究所, 主任研究員 (20215700)
岩根 敦子  大阪大学, 生命機能研究科, 准教授 (30252638)
Keywords走化性 / 1分子 / 細胞性粘菌 / 神経細胞 / ゆらぎ / 細胞内情報伝 / GPCR / 神経成長因子NGF
Research Abstract

ゆらぎの中で安定した応答を行なう仕組みの解明は、細胞内情報処理研究における重要な課題となっている。本研究では、神経細胞や粘菌細胞などにみられる走化性応答を主たる研究対象とし、我々が開発してきた細胞内1分子計測法を適用して、刺激の受容から細胞運動の制御にいたる情報伝達過程において、熱ゆらぎの影響を受けながらはたらく情報伝達分子の振る舞いを明らかにすることを目的とする。また、実験データーに基づいた確率的情報処理の理論モデルを構築する。これまでの研究により神経細胞の走化性については、ほぼ当初の研究計画を達成できたので、今年度は細胞性粘菌の走化性情報伝達系に研究を集中化し、主に3つの研究成果を得た。(1)走化性情報伝達システムを構成する受容体、G蛋白質、PI3K、PTEN、PHドメイン含有蛋白質等の細胞内1分子解析を行い、各分子の確率的特性(反応速度・拡散係数など)と細胞極性の関連について調べたところ、これらの分子の反応速度論的多状態性が明らかとなり、さらに、その特性が細胞の前後軸極性に沿って空間的に分離していることが分かった。(2)前年度までに構築したシグナル伝達の確率理論モデルを用いて上記の実験結果を解析したところ、情報伝達分子が反応速度論的多状態性を取ることにより、細胞の前後軸極性に沿ってシグナルのSN比が空間的に変調され、情報伝達効率が異なることが示唆された。細胞の前方部では微弱なシグナル変化に敏感に応答できるが、後方部では時間積算効果によりシグナルが時間平均化されることで応答性が低くなっている可能性が示唆された。(3)ランジュバン型方程式によって細胞の運動を数理的に記述し、勾配入力刺激下での方向性のある走性運動の特徴付けに成功した。さらに、こうした解析から、入力信号のゆらぎが細胞運動の効率を上げる効果をもつこと(ノイズ印加によるシグナル増強の可能性)を見い出した。

  • Research Products

    (49 results)

All 2008 2007

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (28 results) Book (8 results)

  • [Journal Article] Stochastic signal inputs for chemotactic response in Dictyostelium cells revealed by single molecule imaging techniques2007

    • Author(s)
      Miyanaga, Y., Matsuoka, S., Yanagida, T. and Ueda, M.
    • Journal Title

      Biosystems 88

      Pages: 251-260

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Input-output relationship in galvanotactic response of Dictyostelium cells2007

    • Author(s)
      Sato, M. J., Ueda, M., Takagi, H., Watanabe, T. M., Yanagida, T. and Ueda, M
    • Journal Title

      Biosystems 88

      Pages: 261-270

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Brownian motion, fluctuation and life2007

    • Author(s)
      Yanagida, T., Ueda, M., Murata, T., Esaki, S., and Ishii, Y
    • Journal Title

      Biosystems 88

      Pages: 228-242

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic polymorphism of actin as activation mechanism for cell motility2007

    • Author(s)
      Kozuka, J., Yokota, H., Arai, Y., Ishii, I. and Yanagida, T.
    • Journal Title

      Biosystems 88

      Pages: 273-282

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single molecule FRET for the Study on Structural Dynamics of Biomolecules2007

    • Author(s)
      Sugawa, M., Arai, Y., Iwane, A. H. Ishii, Y. and Yanagida, Y.
    • Journal Title

      Biosystems 88

      Pages: 243-250

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Stochastic signal processing and transduction in chemotactic response of eukaryotic cells2007

    • Author(s)
      Ueda, M. and Shibata, T.
    • Journal Title

      Biophys. J. 93

      Pages: 11-20

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of Multiple Bonds Between the Single Cell Adhesion Molecules, Nectin and Cadherin, Revealed by High Sensitive Force Measurements2007

    • Author(s)
      Tsukasaki, Y., Kitamura, K., Shimizu, K., Iwane, A. H., Takai, Y., and Yanagida, T.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol. 357

      Pages: 996-1006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rho small GTPase regulates the stability of individual focal adhesions: a FRET-based visualization of GDP/GTP exchange on small GTPases.2007

    • Author(s)
      Miyauchi, T., Yanagida, T., and Sako, Y.
    • Journal Title

      Biophysics 3

      Pages: 63-73

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA oligonucleotide-assisted genetic manipulation increases transformation and homologous recombination efficiencies: Evidence from gene targeting of Dictyostelium discoideum.2007

    • Author(s)
      Kuwayama, H., Yanagida, T., and Ueda, M.
    • Journal Title

      J. Biotech 133

      Pages: 418-423

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-molecule imaging of fluorescent proteins expressed in living cells2007

    • Author(s)
      Hibino, K., Hiroshima, M., Takahashi, M., and Sako, Y.
    • Journal Title

      Methods Mol. Biol 48(In press)

  • [Journal Article] 細胞に学ぶ確率的分子情報処理2007

    • Author(s)
      上田昌宏・柴田達夫
    • Journal Title

      物性研究 87

      Pages: 898-906

  • [Journal Article] 細胞性粘菌の運動解析-細胞状態の抽出に向けて-2007

    • Author(s)
      高木拓明・佐藤雅之
    • Journal Title

      物性研究 87

      Pages: 907-913

  • [Journal Article] 「細胞内情報伝達分子間相互作用の1分子可視化解析」『特集・分子イメージング』2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Journal Title

      顕微鏡 42

      Pages: 166-169

  • [Presentation] 分子数ノイズと細胞応答2007

    • Author(s)
      上田昌宏
    • Organizer
      日本発生生物学会・秋季シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      20071105-07
  • [Presentation] Fluctuation and Operation of Life2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      BIOCOMP 2007
    • Place of Presentation
      イタリア・ナポリ
    • Year and Date
      20070923-30
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Presentation] 1分子ナノサイエンス-生命機能とゆらぎ-2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      生化学若い研究者の会 夏の学校
    • Place of Presentation
      国立女性教育会館
    • Year and Date
      20070803-04
  • [Presentation] Single-molecule imaging analysis of stochastic signal transduction in chemotactic response of eukaryotic cells2007

    • Author(s)
      上田昌宏
    • Organizer
      第40回日本発生生物学会・第59回日本細胞生物学会大会シンポジウム『Control of Cell Shape and Motility: new approaches to understand its mechanistic basis』
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20070528-31
  • [Presentation] 1分子可視化技術で見る細胞内分子反応2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会 ランチョンセミナー(浜松ホトニクス)
    • Place of Presentation
      横浜パシフィコ
    • Year and Date
      2007-12-21
  • [Presentation] Biologically-inspired stochastic computation for noise-robust information processing2007

    • Author(s)
      上田昌宏
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会ワークショップ『生物学はナノテクノロジーに何を貢献できるか?』
    • Place of Presentation
      横浜パシフィコ
    • Year and Date
      2007-12-11
  • [Presentation] 1分子ナノバイオサイエンス:ゆらぎと生命機能2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      第10回Researchレジデントセミナー 武田薬品
    • Place of Presentation
      大阪・千里阪急ホテル
    • Year and Date
      2007-12-05
  • [Presentation] Single Molecule Nano-Bioscience: Role of the fluctuations on adaptive biological molecular machines.2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      10th Workshop on FCS and Related Methods
    • Place of Presentation
      北海道大学 Conference Hall
    • Year and Date
      2007-11-27
  • [Presentation] Single-molecule imaging of dynamics and kinetics of cell signaling proteins2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Organizer
      Special lecture, 10th workshop on Fluorescence Correlation Spectroscopy and related methods
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2007-11-27
  • [Presentation] 1分子ナノバイオサイエンス:ゆらぎと生命機能2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      Optics & Photonics Japan(日本光学会 年会)
    • Place of Presentation
      大阪大学コンベンションセン夕ー
    • Year and Date
      2007-11-26
  • [Presentation] Mechanism involved in Utilizing Fluctuations by Biosystems2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      The Third Yamada Symposium (YS3) From Chaos to Cosmos: Integration in Biological Systems
    • Place of Presentation
      湘南国際村センター
    • Year and Date
      2007-11-17
  • [Presentation] 1分子ナノバイオロジー:ゆらぎと生命機能2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      21世紀COEプログラム 「極限量子系とその対称性」シンポジウム2007
    • Place of Presentation
      東京大学 理学部 1号館小柴ホール
    • Year and Date
      2007-11-14
  • [Presentation] ナノバイオサイエンス:ノイズと生命機能2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      応用物理学会 有機分子・バイオエレクトロニクス分科会(M&BE)
    • Place of Presentation
      大阪大学 銀杏会館
    • Year and Date
      2007-11-12
  • [Presentation] ゆらぎと生命機能2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      分子計算とゆらぎの講演会
    • Place of Presentation
      情報通信研究機構 未来ICT研究センター
    • Year and Date
      2007-11-07
  • [Presentation] Single Molecule Nano-Bioscience:Learning nanotechnology from Biology2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      Kobe University Frontier Technology Forum -Nanote chnology and Biotechnology from Next-Generation Photonics
    • Place of Presentation
      神戸大学・瀧川記念会館
    • Year and Date
      2007-11-02
  • [Presentation] Sigle Molecule Nano-Bioscience-Role of the fluctuations in adaptive biological molecular machines2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      Hamano-Kobe International Symposium on Laser and Nano/Bio Sciences
    • Place of Presentation
      クラウンプラザ神戸
    • Year and Date
      2007-10-19
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Presentation] Function of life and fluctuation2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      Nishinomiya-Yukawa International & Interdisciplinary Symposium 2007
    • Place of Presentation
      コープイン京都
    • Year and Date
      2007-10-15
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Presentation] 細胞内情報伝達素過程の1分子解析2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Organizer
      生理学研究所研究会「細胞機能を制御するシグナリング機構の普遍性と特異性」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2007-10-04
  • [Presentation] 細胞内情報伝達蛋白質の1分子反応解析2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Organizer
      第56回高分子討論会「ナノとバイオの融合:高分子科学の視点から」
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2007-09-20
  • [Presentation] 生物から学ぶシステム2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      バイオに学ぶ高次自己組織化ナノテクノロジーシンポジウム
    • Place of Presentation
      品川プリンスホテル
    • Year and Date
      2007-09-12
  • [Presentation] 細胞内情報伝達ネットワークのアーキテクト2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Organizer
      バイオアーキテクトシンポジウム2007
    • Place of Presentation
      和光
    • Year and Date
      2007-09-11
  • [Presentation] Fluctuation and Noise in Biosciences2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      19th International Conference on Noise and Fluctuations
    • Place of Presentation
      国立青少年総合センター
    • Year and Date
      2007-09-10
  • [Presentation] Myoshin-V Makes Two Brownian 90° Rotations Per 36 Nm-Step2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • Place of Presentation
      早稲田大学国際会議場
    • Year and Date
      2007-09-07
  • [Presentation] 生体システムのメカニズムを使った人工機械開発の可能性2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      関西電力 第一回例会(講演会)
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2007-07-24
  • [Presentation] Single Molecule Nanobiology for Elucidating the Mechanism Involved in Utilizing Fluctuations by Biosystems2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      The 16th International Symposium on the Application of Ferroelectrics 2007
    • Place of Presentation
      奈良
    • Year and Date
      2007-05-30
    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Presentation] 細胞内情報処理反応の1分子計測2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Organizer
      第5回 理研・分子研合同シンポジウム エクストリームフォトニクス研究-バイオイメージング-
    • Place of Presentation
      和光
    • Year and Date
      2007-04-17
  • [Presentation] アクチンとミオシンの運動学2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      第7回 Cardiovascular Frontier Conference
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-04-14
  • [Presentation] 1分子イメージング2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Organizer
      第27回日本医学会総会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2007-04-06
  • [Book] 『バイオナノプロセス-溶液中でナノ構造を作るウェット・ナノテクノロジーの勧め-』, 分担執筆, 第IV編 第36章 細胞における確率的情報処理の解明に向けて,2008

    • Author(s)
      上田昌宏、高木拓明、新井由之
    • Publisher
      (株)シーエムシー出版(In press)
  • [Book] 『自己組織化ハンドブック』, 分担執筆, 第8節3項3.1走化性情報処理反応の細胞内自己組織化とゆらぎ,2008

    • Author(s)
      新井由之、松岡里実、上田昌宏
    • Publisher
      (株)エヌ・ティー・エス(In press)
  • [Book] Single molecule imaging of stochastic singaling events in living cells. In Single Molecule Manual. (eds. P.R. Selvin and T. Ha)2007

    • Author(s)
      Matsuoka, S., Miyanaga, Y., Yanagida, T. and Ueda, M.
    • Total Pages
      239-258
    • Publisher
      Cold Spring Harbor Laboratory Press.
  • [Book] 「細胞内シグナル伝達反応の1分子イメージング解析」, 季刊誌『生産と技術』2007

    • Author(s)
      宮永之寛・上田昌宏
    • Total Pages
      24-28
    • Publisher
      生産技術振興協会
  • [Book] 生体ゆらぎに学ぶ技術革新2007

    • Author(s)
      柳田敏雄
    • Total Pages
      23-29
    • Publisher
      現代化学
  • [Book] 1分子イメージングによる解析法「分子間相互作用ハンドブック」磯部俊明、中山敬一、伊藤隆司編2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Total Pages
      96-100
    • Publisher
      羊土社
  • [Book] 全反射顕微鏡と1分子計測「生細胞蛍光イメージング」原口徳子、木村宏、平岡泰編2007

    • Author(s)
      佐甲靖志
    • Total Pages
      206-220
    • Publisher
      共立出版
  • [Book] 全反射顕微鏡による1分子動態観察「生細胞蛍光イメージング」原口徳子、木村宏、平岡泰編2007

    • Author(s)
      日比野佳代・佐甲靖志
    • Total Pages
      291-294
    • Publisher
      共立出版

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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