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2005 Fiscal Year Annual Research Report

並列光トラップ技術に基づく光・分子協調コンピューティング

Research Project

Project/Area Number 15200023
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

谷田 純  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00183070)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 齋藤 誠治  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助教授 (90225714)
小倉 裕介  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 助手 (20346191)
Keywords光・分子協調コンピューティング / 並列光トラップ / VCSELアレイ / 局所DNA反応 / DNA分子群 / 2次計画問題 / 最大クリーク問題 / 集合演算
Research Abstract

本研究では,光分布制御による分子群操作に基づく光・分子協調コンピューティング技術の開発を目的とし,並列光トラップによるビーズ接合DNAに対する操作方法の確立,光によるDNA反応技術の開発,分子群集合演算アルゴリズムの開発と実装,並列情報処理への応用展開をめざした.本年度の研究により得られた成果・知見は以下のとおりである.
1.前年度までに開発した局所温度制御技術と光トラップを組み合わせ,適切なレーザー照射条件を設定することにより,基板上に結合したDNAをマイクロビーズ上に転送できることを実証した.本手法により,溶液全体の温度をサーマルサイクラーで制御したときに結合するDNAの80%以上の高効率で,ビーズにDNAを結合できることがわかった.また,ビーズ上へのDNA転送と解離を繰り返し実行できることを確認した.本操作はDNA情報の読み出しに対応付けられる.
2.前年度に考案した,2次0-1計画問題への変換により最大クリーク問題を解くアルゴリズムについて,すべての条件でヘアピンDNAによる自律計算が正しく実行されるよう符号化法を改良した.また,DNA実験により,計画問題の1次項と2次項が結合したDNAを合成できることを確認した.
3.光分布制御により並列アクセスが可能であり,かつ,回折限界を超えたナノスケールの解像度をもつ暗号化画像メモリを考案し,DNAの状態変化を利用した実装方法について検討した.また,光・分子協調コンピューティングに基づく情報処理システムの情報密度や処理時間,情報転送レートなどと,システムパラメータとの関係を数値的に評価し,システムの基本特性を明らかにした.

  • Research Products

    (12 results)

All 2006 2005

All Journal Article (12 results)

  • [Journal Article] Parallel translation of microscopic objects in three-dimensional traps by sequential change of emitting vertical-cavity surface-emitting lasers2006

    • Author(s)
      Y.Ogura et al.
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics (in print)

  • [Journal Article] Evaluation of fundamental characteristics of information systems based on photonic DNA computing2006

    • Author(s)
      Y.Ogura et al.
    • Journal Title

      Lecture Notes in Computer Science 3853

      Pages: 192-205

  • [Journal Article] Observation of astacking process of microparticles with multiple beams2005

    • Author(s)
      F.Sumiyama et al.
    • Journal Title

      Applied Optics 44・16

      Pages: 3271-3275

  • [Journal Article] Methods for Manipulating DNA Molecules in a Micrometer Scale Using Optical Technique2005

    • Author(s)
      Y.Ogura et al.
    • Journal Title

      Lecture Notes in Computer Science 3384

      Pages: 258-267

  • [Journal Article] Translation of DNA molecules based on optical control of DNA reactions for photonic DNA computing2005

    • Author(s)
      Y.Ogura et al.
    • Journal Title

      Proceedings of SPIE (Invited) 5931

      Pages: 110-120

  • [Journal Article] Toward photonic DNA computing : developing optical techniques for parallel manipulation of DNA2005

    • Author(s)
      Y.Ogura et al.
    • Journal Title

      Proceedings of SPIE (Invited) 5897

      Pages: 34-43

  • [Journal Article] Control of DNA molecules on a microscopic bead using optical techniques for photonic DNA memory2005

    • Author(s)
      Y.Ogura et al.
    • Journal Title

      Preliminary Proceedings of 11th International Meeting on DNA Computing

      Pages: 78-88

  • [Journal Article] Remark on an Algorithm for the Maximum Clique Problem via Molecular Computing2005

    • Author(s)
      R.Shogenji et al.
    • Journal Title

      Preliminary Proceedings of 11th International Meeting on DNA Computing

      Pages: 409

  • [Journal Article] Photonic DNA computing : concept and implementation2005

    • Author(s)
      J.Tanida et al.
    • Journal Title

      20th Congress of the International Commission for Optics on CD-ROM

      Pages: 0407-206

  • [Journal Article] An Algorithm for Discrete Quadratic Programming via Analysis of Adjacency Matrices and Molecular Computing2005

    • Author(s)
      S.Saito et al.
    • Journal Title

      Proceedings of the 5^<th> International Conference on Nonlinear Analysis and Convex Analysis

      Pages: 15

  • [Journal Article] 離散2次計画問題の分子計算アルゴリズム-Algorithm for Discrete Quadratic Programming via Molecular Computation-2005

    • Author(s)
      齋藤誠慈 他
    • Journal Title

      神戸学院経済学論集 37・1・2

      Pages: 27-38

  • [Journal Article] 最大クリーク問題に関するDNAコンピューティングと行列解析による最適化2005

    • Author(s)
      丸山健悟 他
    • Journal Title

      京都大学数理解析研究所講究録 (印刷中)

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Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

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