2004 Fiscal Year Annual Research Report
癌関連遺伝子群の発現情報解析に基づいた消化器癌の新しいステージ分類の確立
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15209044
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| Research Institution | Kinki University |
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Principal Investigator |
塩崎 均 近畿大学, 医学部, 教授 (70144475)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥野 清隆 近畿大学, 医学部, 教授 (30169239)
今本 治彦 近畿大学, 医学部, 講師 (80351609)
肥田 仁一 近畿大学, 医学部, 講師 (20238306)
西村 訓弘 (株)ラボ, 主任研究員
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| Keywords | cDNAアレイ / 食道癌 / 大腸癌肝転移 / ニューラルネットワーク解析 |
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| Research Abstract |
腫瘍組織からmRNAを抽出し、それを鋳型にcDNAを合成、ビオチン標識したのPCR法により増幅する。これを用いて約1300種余りの既知の癌関連遺伝子を配置したナイロンメンブランフィルター上でハイブリダイゼーションを行い、化学発光させ、その発光強度をCCDカメラ型のイメージアナライザーで測定し、相対発現度を算出した。データの総合的な解析は共同研究者である多田光宏助教授(北海道大学遺伝子病制御研究所)が開発した解析ソフトウェア(GenLab)を用いている。大腸癌肝転移25例と肝転移のない大腸癌25例の遺伝子発現プロファイルを解析し、そのうち各20例ずつを学習症例として両群間で発現に有意差のある遺伝子を抽出し、ニューラルネットワークを用いて判別式の作成を試みた。これを用いて残りの各5例をテスト症例としてこの判別式の有用性を検定したところ100%の正解率が得られた。本年度はブラッシュアアップを図るため、さらに5例のテスト症例の検定を行ったところいずれも正しく判定され、本法の妥当性が支持された。
これらの知見をもとに食道癌におけるリンパ節転移予測の検討を開始した。ところが食道癌サンプルは大腸癌と異なり、極めてmRNAのクオリティーが悪く、以後の解析が不可能であった。最大の理由は開胸操作で食道を遊離し、その後の開腹操作で癌摘出となるため、その時間経過によりRNA変性を来すためと考えられた。そこで術前の生検サンプルを用いて種々の固定法を検討し、最小のサンプル数で良質なRNAを抽出する手法の開発を試みている。
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