2004 Fiscal Year Annual Research Report
プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け
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15300099
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
宮野 悟 東京大学, 医科学研究所, 教授 (50128104)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大海 忍 東京大学, 医科学研究所, 助教授 (20160046)
阿久津 達也 京都大学, 化学研究所, 教授 (90261859)
井元 清哉 東京大学, 医科学研究所, 助手 (10345027)
坂内 英夫 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20323644)
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| Keywords | タンパク質ネットワーク / 遺伝子ネットワーク / タンパク質相互作用情報 / タンパク質-RNA相互作用予測 / パスウェイモデリング / シミュレーション |
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| Research Abstract |
プロテオーム・インフォマティクスとでもいうべき,情報解析のための基盤技術の創出を目的として,タンパク質が関与するネットワークの推定法及びそのモデル化とシミュレーションの研究を行い,以下の成果を得た.
(1)ネットワークの推定法に関して,マイクロアレイ遺伝子発現データを用いてインタラクションと制御についての配列情報抽出法を開発した.また,タンパク質相互インタラクションデータとマイクロアレイ遺伝子発現データから,主成分解析法とBayesianネットワーク法を組み合わせることにより,タンパク質複合体及び遺伝子制御のネットワークを同時に推定する方法を開発し,パン酵母の細胞周期に関するマイクロアレイ遺伝子発現データとMIPSに登録されているタンパク質インタラクション情報を用いて,その有効性を示した.
(2)ハイブリッドペトリネットを拡張したアーキテクチャに基づいて開発されたネットワークの可視化とシミュレーションシステムを用いて,タンパク質等の分子が織り成しているインタラクションネットワークのモデル化を行いその評価及び解釈を行った.このために分裂酵母の細胞周期に関するネットワークを用いた.
(3)タンパク質間ネットワークを推定するために,その相互作用の強さを予測する方法を開発した.
(4)ニューラルネットワークによる学習方式を用いて,配列データと構造に関するデータからタンパク質とRNAとの相互作用を推定する方式を開発した.
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Research Products
(6 results)
