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2004 Fiscal Year Annual Research Report

網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現-

Research Project

Project/Area Number 15310136
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

白髭 克彦  東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 助教授 (90273854)

KeywordsDNAチップ / 染色体動態 / 複製制御 / レプリコン構造 / ゲノム解析
Research Abstract

新たに、分裂酵母染色体についてもChIP-chip法により染色体上のタンパクの配置を解析可能なシステムを構築した。約10個の蛋白について、ChIP-chip法によるDNAChipのハイブリダイゼーションデータから、分裂酵母染色体の二番、三番についてタンパクの配置を網羅的に同定可能なシステムを構築した。このシステムを用い、分裂酵母染色体の複製プロアイルをBrdUの取り込みと、3種類の複製タンパクの動態変化により明らかにした(阪大、升方らとの共同研究)。また、姉妹染色体分体間の接着を確立するタンパク、染色体凝集タンパクの系統的な配置解析を行った。解析結果からは、巨大な分裂酵母染色体に於いては、出芽酵母染色体で見られたような複製の時間的制御がむしろ失われており、多数の複製開始点が短時間で複製を終了させるために配置されているというレプリコン構成の実態が明らかとなった。
分裂酵母染色体はゲノムの複雑さからみても(配列のエントロピーが小さい)、出芽酵母に比べより複雑であり、データ処理においても、繰り返し配列によるノイズシグナルが検出され、その評価が問題となった。今回のシステムでは、これらノイズを生み出すプローブ配列について特定し、計算から除外することで対処したが、重複度(繰り返しの数)も計算に含め、配列毎により柔軟に対応することも考慮に入れ、さらにシステムの開発を進めている。こういった分裂酵母特有の問題に対処することで、より複雑な高等真核生物のアレイデータ解析に向けたシステム作りを推進出来るはずである。

  • Research Products

    (8 results)

All 2005 2004 2003

All Journal Article (8 results)

  • [Journal Article] Glucose-dependent cell size is regulated by a G protein-coupled receptor system in yeast Saccharomyces cerevisiae.2005

    • Author(s)
      H.Tamaki, C.W.Yun, T.Mizutani, T.Tsuzuki, Y.Takagi, M.Shinozaki, Y.Kodama, K.Shirahige, H.Kumagai
    • Journal Title

      Genes Cells. 10

      Pages: 193-206

  • [Journal Article] RSC Nucleosome-remodeling complex plays prominent roles in transcriptional regulation throughout budding yeast gametogenesis.2004

    • Author(s)
      H.Koyama, T.A.Nagao, T.Inai, K.Miyahara, Y.Hayasida, K.Shirahige, E.Tsuchiya
    • Journal Title

      Biosci Biotechnol Biochem. 68

      Pages: 909-919

  • [Journal Article] Reciprocal association of the budding yeast ATM-related proteins Tell and Mec1 with telomeres in vivo.2004

    • Author(s)
      H.Takata, Y.Kanoh, N.Gunge, K.Shirahige, Akira Matsuura
    • Journal Title

      Mol.Cell 14

      Pages: 515-522

  • [Journal Article] Cohesin relocation from sites of chromosomal loading to places of convergent transcriptions.2004

    • Author(s)
      A.Lengronne, Y.Katou, S.Mori, S.Yokobayashi, G.Kelly, T.Itoh, Y.Watanabe, K.Shirahige*, F.Uhlmann* (*equally contributed author)
    • Journal Title

      Nature 430

      Pages: 573-578

  • [Journal Article] Yeast Pho85 kinase is required for proper gene expression during the diauxic shift.2004

    • Author(s)
      M.Nishizawa, Y.Katou, K.Shirahige, A.Toh-E
    • Journal Title

      Yeast 21

      Pages: 903-918

  • [Journal Article] Postreplicative recruitment of Cohesin to double-strand breaks is required for DNA repair.2004

    • Author(s)
      L.Strom, H.B.Lindroos, K.Shirahige, C.Sjogren
    • Journal Title

      Mol.Cell 16

      Pages: 1003-1015

  • [Journal Article] Spo13 Facilitates Monopolin Recruitment to Kinetochores and Regulates Maintenance of Centromeric Cohesion during Yeast Meiosis.2004

    • Author(s)
      V.L.Katis, J.Matos, S.Mori, K.Shirahige, W.Zachariae, K.Nasmyth
    • Journal Title

      Curr Biol. 14

      Pages: 2183-2196

  • [Journal Article] S-phase checkpoint proteins Tof1 and Mrc1 form a stable replication pausing complex.2003

    • Author(s)
      Y.Katou, Y.Kanoh, M.Bando, H.Noguchi, H.Tanaka, T.Ashikari, K.Sugimoto, K.Shirahige
    • Journal Title

      Nature 424

      Pages: 1078-1083

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

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