2004 Fiscal Year Annual Research Report
海洋共生コンソーシアムからの有用性体分子のナノビーズスクリーニング及び解析
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15360437
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture and Technology |
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Principal Investigator |
竹山 春子 東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究部, 助教授 (60262234)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田中 剛 東京農工大学, 大学院・共生科学技術研究部, 講師 (20345333)
大河内 美奈 名古屋大学, 大学院・工学研究科, 講師 (70313301)
丸山 正 独立行政法人海洋研究開発機構, 海洋生態・環境研究部, 主任(研究職) (90373464)
大森 信 阿嘉島臨界研究所, 所長(研究職)
谷口 洋基 阿嘉島臨界研究所, 研究員
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| Keywords | 海洋共生コンソーシアム / カイメン / サンゴ / 共在・共生細菌 / ナノビーズ / スクリーニング / 有用物質 / 海洋生物 |
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| Research Abstract |
近年、海洋共生系は微生物の多様性、抗ガン剤・抗菌物質の新規性から新たなスクリーニング対象として注目されている。本研究では、海洋共生系としてサンゴ、カイメンに焦点を当て、そこに共在する微生物の多様性を評価しつつ、微量の生体情報を有効に活用する技術の開発を行うことを目的とした。特にゲノム情報の有効活用を積極的に行うための方法論に関しても検討した。
1)共生コンソーシアムのサンプリングと多様性解析
オレンジカイメンstylissa massaをサンプルとして用い、共在バクテリアのDNAライブラリーの構築を行い、得られたクローンに対する16SrDNA配列の解析によって多様性の解析を行った。未同定、難培養のα,γ-Proteobacteria、Cyanobacteriaと相同性を示す配列の存在が確認された。
2)超微量スクリーニングシステムの確立
微量抽出サンプルの抗菌、抗真菌活性を簡便にアッセイするために、キャピラリーを用いたアッセイ系の試作を行った。
3)難培養微生物の分子同定と全ゲノム情報の確保
Phi29 DNA polymeraseを用いたMDAの条件を検討の結果、モデル微生物でのゲノム増幅率の検討したところ、10^4倍DNAを取得することが可能であった。また、得られたゲノムDNAの長さは5kbp以上であった。しかしながらこの条件でのクローニングでは長鎖のDNAをクローニングすることは難しいことから処理の条件検討が必要である。
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