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2004 Fiscal Year Annual Research Report

水田土壌生態系各部位に生息する微生物のphylogeny

Research Project

Project/Area Number 15380051
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

木村 眞人  名古屋大学, 大学院・生命農学研究科, 教授 (20092190)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 浅川 晋  名古屋大学, 大学院・生命農学研究科, 助教授 (50335014)
Keywordsメタン生成古細菌 / 真核生物 / 16S rDNA / 18s rDNA / 水田 / 稲わら / 稲わら堆肥 / 水稲根
Research Abstract

本研究は、水田土壌各部位の微生物群集をDNAの塩基配列から同定し、水田土壌生態系各部位に生息する微生物群集構造を体系的に明らかにすることであり、平成16年度は、水田土壌各部位から抽出したDNAをメタン生成古細菌の16S rDNA、真核生物の18SrDNAをターゲットとするプライマーを用いて増幅後、DGGEバンドパターンから群集構造を解析し、特徴的なDGGEバンドの塩基配列も決定した。その結果、土壌、稲わら、水稲根、稲わら堆肥、に生息するメタン生成古細菌の群集構造は、土壌環境(湛水、落水環境)、土壌埋設期間に関わらず、それぞれの部位ごとに特徴ある安定した群集構造を維持していることが明らかとなった。また、いずれの部位に生息するメタン生成古細菌もMethanomicrobiales, ricecluster Iに属していた。他方、堆肥化過程の稲わらの真核生物の群集構造は、堆肥化過程の高温期、中熟期、後熟期でそれぞれ異なり、稲わら資材は糸状菌のAscomycota、高温期は糸状菌Ascomycotaと原生動物Apicomplexa、中熟期は糸状菌のAscomycotaとBasidiomycota、原生動物Opalozoa, Ciliophora, Leptomyxida、線虫が、後熟期は糸状菌Ascomycota, Zygomyco1a, Oomycota、藻類Haptophyceae, Chrysophyceaeと線虫が多く見出された。また、水稲根に生息する真核生物は、根の発生時期によって異なり、生育初期に発生した根ではMastigophorea, Chlorophycota, Ciliophora、中期に発生した根ではOomycetes, Mastigophorea、後期の根ではAscomycotina, Mastigomycotainaが特徴的な真核生物であった。

  • Research Products

    (9 results)

All 2005 2004

All Journal Article (9 results)

  • [Journal Article] Succession and phylogenetic profile of eubacterial communities in rice straw incorporated into a rice field : estimation by PCR-DGGE analysis.2005

    • Author(s)
      Sugano, A., Tsuchimoto, H., Tun, C.C., Asakawa, S., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 51(1)

      Pages: 51-60

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] Effect of free-air CO_2 enrichment (FACE) on methanogenic archaeal communities inhabiting rice roots in a Japanese rice field.2005

    • Author(s)
      Hashimoto-Yasuda, T., Ikenaga, M., Asakawa, S., Han-Yong, K., Okada, M., Kobayashi, K., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 51(1)

      Pages: 91-100

  • [Journal Article] Community structure of eukaryotes in rice roots estimated by PCR-DGGE pattern and sequence analyses.2004

    • Author(s)
      Ikenaga, M., Asakawa, S., Muraoka, Y., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 50(4)

      Pages: 583-589

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [Journal Article] DGGE method for analyzing 16S rDNA of methanogenic archaeal community in paddy field soil.2004

    • Author(s)
      Watanabe, T., Asakawa, S., Nakamura, A., Nagaoka, k., Kimura, M.
    • Journal Title

      FEMS Microbiology Letter 232

      Pages: 153-163

  • [Journal Article] Analysis of communities of ammonia oxidizers, methanotrophs, and methonogens associated with microcruslaceans in the floodwater of rice field microcosm.2004

    • Author(s)
      Niswati, A., Murase, J., Asakawa, S., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 50(3)

      Pages: 447-455

  • [Journal Article] Succession and phylogenelic profile of methanogenic archaeal communities during the composting process of rice straw estimated by PCR-DGGE analysis.2004

    • Author(s)
      Cahyani, V.R., Matsuya, K., Asakawa, S., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 50(4)

      Pages: 555-563

  • [Journal Article] Succesion and phylogenetic profile of eukaryotic communities in the composting process of rice straw estimated by PCR-DGGE analysis.2004

    • Author(s)
      Cahyani, V.R., Matsuya, K.Asakawa, S., Kimura, M.
    • Journal Title

      Biology and Fertility of Soils 40

      Pages: 334-344

  • [Journal Article] 2004 : Methanogenic archaeal communities in rice roots grown in flooded soil pots : setimation by PCR-DGGE and sequence analyses.2004

    • Author(s)
      Ikenaga, M., Asakawa, S., Muraoka, Y., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 50(5)

      Pages: 701-711

  • [Journal Article] Microbial communities responsible for the decomposition of rice straw compost in a Japanese rice paddy field determined by phospholipid fatty acid (PLFA) analysis.2004

    • Author(s)
      Tanahashi, T., Murase, J., Matsuya, K., Asakawa, S., Kimura, M.
    • Journal Title

      Soil Science and Plant Nutrition 50(6)

      Pages: 1229-1236

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

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