2004 Fiscal Year Annual Research Report
体系的遺伝子多型の探索と連鎖不平衡解析に基づく骨粗鬆症の感受性遺伝子の同定と解析
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15390466
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University, Medical Research Institute. |
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Principal Investigator |
江面 陽一 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 講師 (50333456)
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| Keywords | 一塩基置換 / 連鎖不平衡 / 骨粗鬆症 / ハプロタイプ / 遺伝子多型 / SNP / 低比重リポ蛋白受容体関連蛋白 |
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| Research Abstract |
前年度に引き続き、我々が行ってきた骨粗鬆症における網羅的な単塩基多型(SNP)の相関解析から選ばれた、有意相関遺伝子座について連鎖不平衡の解析を行った。解析した7遺伝子座、低比重リポ蛋白受容体関連蛋白5遺伝子(LRP5)、プロオピオメラノコルチン遺伝子(POMC)、白血病阻止性因子受容体遺伝子(LIFR)、アデューシン1遺伝子(ADD1)、骨形成性蛋白8遺伝子(BMP8)、熱ショック70Kd蛋白-1A遺伝子(HSPA1A)、破骨細胞随伴受容体遺伝子(OSCAR)は、先に行ったSNP相関解析で骨密度との有意相関を示したマーカー多型をもつ遺伝子座であるが、これらの領域内で数個から40数個までの遺伝子多型マーカーを、公的データベースから抽出・選別し、遺伝子座領域における連鎖不平衡の状態を、EMアルゴリズムによるハプロタイプ予測と連鎖不平衡の指標となるD'およびr^2値の評価により判定した。遺伝子座によってはその領域を超えた隣接遺伝子座までの遺伝子多型を追加して解析し、それらの結果から連鎖不平衡の広がりをブロックとして判定するとともに、SNP相関解析の再現性の検定に役立つハプロタイプを決定する代表SNPを、各ブロックから選別した。BMP8遺伝子座においては、重複遺伝子の存在により、遺伝子多型の判定は困難であったが、8キロ塩基対に及ぶ遺伝子座DNAのPCR増幅によるジェノタイピング法を設定した。LRP5遺伝子座については140キロ塩基対におよぶ遺伝子座全長から40個以上のSNPを選んで解析し、二つの明瞭な連鎖不平衡ブロックを同定した。骨粗鬆症の発症素因の判定基準となる補正骨密度値との相関解析を独立2群で行うと、スクリーニングにおいて示された、各ブロック内に位置する異なる相関ミスセンス多型のうち、一方のブロック内ハプロタイプにおいてのみ、両対象群で共に有意な相関が示された。
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