神経芽腫担癌患児の血清中遊離DNAを用いた細胞遺伝子学的悪性度推定法の開発

2003 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15659248
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 細井 創 京都府立医科大学, 医学研究科, 講師 (20238744)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 家原 知子 京都府立医科大学, 医学研究科, 助手 (20285266) ; 杉本 徹 京都府立医科大学, 医学研究科, 教授 (90117888)
• Keywords: 神経芽腫 / MYCN増幅 / 血清遊離DNA / Real-time PCR

Research Abstract

「目的」神経芽腫患児の血清中遊離DNAを用い、腫瘍のMYCN増幅、1p LOH、および17q gainの有無を推定する方法を開発し、信頼度、実用性を検討する。平成15年度はMYCN増幅が検出可能か検討した。
「方法」血清中遊離DNAの抽出はQIAmp blood kit(Qiagen)を用い、血清200ulから抽出した。目的とするMYCN(2P24.1)、および内部標準とする2番染色体上の既知遺伝子NAGK(2P12)に対する特異的PCR primer、および特異的Probeをデザインし、real-time PCR(TaqMan)を行い、神経芽腫患児57例(MYCN増幅例14例、非増幅例43例)でMYCN/NAGK比を算出した。
「結果と考察」血清MYCN/NAGK比は増幅例(median=194.1)では非増幅例(median=0.85)に比べ有意に高く(p<0.005,Welch's t-test)、Receiver-operating characteristic curveのarea under curveは0.998(95%CI:0.97-1.00)と識別能力の高さが示唆された。Specificity=100%を前提に、血清MYCN/NAGKのcutoff値を2.74に設定した場合、sensitivity=92.9%,positive prediction value=100%,negative prediction value=97.7%であった。
平成16年度以降、症例数を増やし臨床応用の可能性を検討する。また、1p LOH、および17q gainの検出も検討する。