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2015 Fiscal Year Annual Research Report

超並列自律システムとしての生命体:その本質の追究

Research Project

Project/Area Number 15H02121
Research InstitutionDoshisha University

Principal Investigator

吉川 研一  同志社大学, 生命医科学部, 教授 (80110823)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松田 修  京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (00271164)
福田 青郎  立命館大学, 生命科学部, 任期制講師 (30421283)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2020-03-31
Keywords生命現象の物理 / 時空間秩序 / 非線形科学 / 非平衡物理 / 自律運動 / 実空間モデル / 数理モデル / 形態形成
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、生命体を非平衡開放系での自律的システムと捉え、生命現象の基盤を物理の視点で解き明かすことを目指す。生命現象の中でも、 1)非平衡ゆらぎが引き起こすマクロな自律運動 (nmからcmスケールへの逆カスケード)、2)DNA(一次元塩基配列)から形態形成(時空間4次元)への物理学、の2つの未解明の問題を中核的な課題として捉え、数理モデルと実空間モデルの研究を有機的・効果的に組み合わせる中で、生命現象の本質に迫ることを目指している。具体的な成果として、フラーレンのトルエン溶液を用いて、溶媒を蒸発させると、自発的にマイクロスケールのラセンや同心状のパターンが生成することを見出し、そのメカニズムについて、溶液の接触角のピン止め効果を取り入れた偏微分方程式を導入して定量的な説明をすることに成功している。また、酵素反応のダイナミックスについて、反応系への入力に時間的な周期性が有る場合には、反応自体にon/off性が現れることを理論的に明らかにしている。このような現象については、今後実際の実験系で検証をすすめていることを予定している。生物の動的な形態形成モデルとして、歯根の自律的な生成について、細胞が上皮と実質部分で細胞分裂することによって、自発的に表れる力学的不安定性が、buding 構造の形成に関して中心的な役割を担うといった理論的なモデルを構築し、実際の実験系での観察結果と良く対応していることを明らかにすることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

1)非平衡ゆらぎが引き起こすマクロな自律運動 (nmからcmスケールへの逆カスケード)、2)DNA(一次元塩基配列)から形態形成(時空間4次元)への物理学、の2つの未解明の問題を中核的な課題として研究が順調に進展してきている。フラーレン溶液からの、マイクロスケールのらせんや同心円構造の自発的生成については、J. Chem. Phys.に掲載済みである。酵素反応系に対する周期的入力による、出力のon/off性については、Choasに発表済みである。また、歯根の自発的生成についての理論モデルについては、J. Theoretical Biol.に掲載した。

Strategy for Future Research Activity

医科学領域や生命学分野の研究者との共同研究を重視し、理論や再構成系で得られた知見を実際の生体系で検証するなかで、新しい生命観を創出すると共に、臨床医学や生命科学分野への応用展開も位置づける。
1)非平衡ゆらぎが引き起こすマクロな自律運動:プラスチックなどの固形のマイクロ物体を用いて、一定電場やレーザー照射などにより、往復や回転運動などの規則的な自律運動を行う実験系の構築を目指したい。
2)DNA(一次元塩基配列)から形態形成(時空間4次元)への物理学: 高次構造転移に伴い、遺伝子活性がどのように変化するのかといった実験系の確立を目指す。また、分子・細胞・細胞集団という階層間の相互作用を取り入れた、階層包括的な実空間モデルの創出も目指したい。

  • Research Products

    (16 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results) (of which Overseas: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] Institute of Physical Chemistry/Polish Academy of Sciences/Warsaw(Poland)

    • Country Name
      Poland
    • Counterpart Institution
      Institute of Physical Chemistry/Polish Academy of Sciences/Warsaw
  • [Int'l Joint Research] Shaoxing University/Shaoxing(China)

    • Country Name
      China
    • Counterpart Institution
      Shaoxing University/Shaoxing
  • [Journal Article] Chiral Selection in Wrapping, Crossover, and Braiding of DNA Mediated by Asymmetric Bend-Writhe Elasticity2015

    • Author(s)
      Tomohiro Yanao, Sosuke Sano and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      AIMS Biophysics

      Volume: 2(4) Pages: 666/694

    • DOI

      10.3934/biophy.2015.4.666

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Discrimination of time-dependent inflow properties with a cooperative dynamical system2015

    • Author(s)
      Hiroshi Ueno, Tatsuaki Tsuruyama, Bogdan Nowakowski, Jerzy Górecki and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Chaos

      Volume: 25 Pages: 103115

    • DOI

      10.1063/1.4931799

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Protective Effect of Ascorbic Acid against Double-strand Breaks in Giant DNA: Marked Differences among the Damage Induced by Photo-irradiation, Gamma-rays and Ultrasound2015

    • Author(s)
      Yue Ma, Naoki Ogawa, Yuko Yoshikawa, Toshiaki Mori, Tadayuki Imanaka, Yoshiaki Watanabe and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 638 Pages: 205/209

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2015.08.054

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Self-organized Target and Spiral Patterns through the "Coffee Ring" Effect2015

    • Author(s)
      Yongjun Chen, Kosuke Suzuki and Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 143 Pages: 084702

    • DOI

      10.1063/1.4929341

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Tooth germ invagination from cell-cell interaction: Working hypothesis on the mechanical instability2015

    • Author(s)
      Tooth germ invagination from cell-cell interaction: Working hypothesis on the mechanical instability
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 382 Pages: 284/291

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2015.07.006

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 混雑環境が作り出す高次機能:細胞の賢さを学ぶ2016

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      日本化学会第96回春季年会
    • Place of Presentation
      同志社大学
    • Year and Date
      2016-03-26
    • Invited
  • [Presentation] 優しく細胞を抑制する新技術2016

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      関西再生医療コンソーシアム勉強会
    • Place of Presentation
      大阪合同庁舎(大阪市中央区)
    • Year and Date
      2016-03-11
    • Invited
  • [Presentation] Physics of Life2016

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      Kyoto Winter School 2016, From Materials to Life: Multidisciplinary Challenges
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2016-02-15
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Extending Physics through the Exotic Events in Life: Simple Theory and Real-World Modeling2015

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      YITP International Workshop: Biological & Medical Science based on Physics:
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2015-11-05
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Physical Aspects of Hierarchical Dynamics in Life: Real-World Modeling and Simple Theory2015

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      iCeMS International Symposium 'Hierarchical Dynamics in Doft Materials and Biological Matter'
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2015-09-23
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Exotic Effects of Cell-Sized Confinement2015

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      Interantional Symposium 'Hierarchical Structures and Dynamics at Soft Interface'
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2015-05-14
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 同志社大学生命医科学部生命物理学研究室ホームページ

    • URL

      http://dmpl.doshisha.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] レーザーを用いて細胞を配列する方法及び装置2015

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2015/075659
    • Filing Date
      2015-09-09
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 固形物体を運動させる方法及び装置、及び、送液ポンプ2015

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2015/61985
    • Filing Date
      2015-04-20
    • Overseas

URL: 

Published: 2017-01-06  

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