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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Living Matter as a Super Parallel Autonomous System

Research Project

Project/Area Number 15H02121
Research InstitutionDoshisha University

Principal Investigator

吉川 研一  同志社大学, 研究開発推進機構, 客員教授(嘱託研究員) (80110823)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松田 修  京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (00271164)
福田 青郎  関西学院大学, 理工学部, 講師 (30421283)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2020-03-31
Keywords生命現象の物理 / 時空間秩序 / 非線形科学 / 非平衡科学 / 自律運動 / 実空間モデル / 数理モデル / 形態形成
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、生命体を非平衡開放系での自律的システムと捉え、生命現象の基盤を物理の視点で解き明かすことを目指す。生命現象の中でも、 1)非平衡ゆらぎが引き起こすマクロな自律運動 (nmからcmスケールへの逆カスケード)、2)DNA(一次元塩基配列)から形態形成(時空間4次元)への物理学、の2つの未解明の問題を中核的な課題として捉え、数理モデルと実空間モデルの研究を有機的・効果的に組み合わせる中で、生命現象の本質に迫ることを目指している。自律運動系の研究成果として、光照射によるミクロな流体ポンプ機能の発現系の構築が挙げられる。これは、臨界点近傍の均質な溶液にレーザを照射すると、相分離が起こりこれにより液体中に圧力勾配が生じる現象に注目して、容器の形状に非対称性を導入すると定常的な一方向流が生じること明らかにした研究である。これに加えて、金属シートに定常的なレーザ照射を行うと、シートが規則的な往復運動を引き起こすことなども明らかにしている。2)の研究課題についても、順調に研究が進展している。細胞に普遍的に存在しているポリアミンに注目して、ゲノムDNAへの作用を、一分子計測により研究をおこなった。その結果、ポリアミンが遺伝子発現を活性化させる効果が、あるが、その濃度が増大すると、発現の完璧な阻害がおこるといった、ポリアミンの作用の二面性を明らかにした。さらにこの2面性は、ポリアミンによるDNAの高次構造転移で説明できることを解明したいる。また、沸点に近い高温条件下で生育している好熱菌に特異的に存在してる分岐型ポリアミンがゲノムDNAの高次構造を特異的に変化させていることなども明らかにして、論文として報告している。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

1)非平衡ゆらぎが引き起こすマクロな自律運動 (nmからcmスケールへの逆カスケード)、2)DNA(一次元塩基配列)から形態形成(時空間4次元)への物理学、この二つの主要な研究課題について、順調に研究が進展し、国際誌への発表も着実に行ってきている。本年度は、それに加えて、ミクロ流路を用いたゲノムDNAの引き延ばしによる全長計測の自動化手法の報告や、固形物体の集合体に機械的振動を与えると、進行波(travelling wave)が発生し、これまで溶液中の反応で知られていた現象が、固形物体でも起こることを見出すなど、当初は予想されないような新規性の高い研究成果が得らている。

Strategy for Future Research Activity

1)非平衡ゆらぎが引き起こすマクロな自律運動 (nmからcmスケールへの逆カスケード)、2)DNA(一次元塩基配列)から形態形成(時空間4次元)への物理学、これらの研究は当初の予想を超える成果が得られてきている。さらには、細胞の集団の3次元自己組織化なども含めて、一層の研究の飛躍を目指したい。

  • Research Products

    (36 results)

All 2020 2019 2018 2017 2015 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (24 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Peer Reviewed: 21 results,  Open Access: 16 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] New York City University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      New York City University
  • [Int'l Joint Research] Poland Academy of Science(ポーランド)

    • Country Name
      POLAND
    • Counterpart Institution
      Poland Academy of Science
  • [Int'l Joint Research] Universidad de Sevilla(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      Universidad de Sevilla
  • [Journal Article] Nonspecific characteristics of macromolecules create specific effects in living cells2020

    • Author(s)
      Tsumoto Kanta, Sakuta Hiroki, Takiguchi Kingo, Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 12 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00673-w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Low-efficiency of gene expression with a long diamine is attributable to the effect on DNA zipping2020

    • Author(s)
      Tanaka Hiroko、Shew Chwen-Yang、Yoshikawa Yuko、Kenmotsu Takahiro、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 745 Pages: 137253~137253

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2020.137253

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 相転移ダイナミクスと生命現象2020

    • Author(s)
      吉川研一
    • Journal Title

      「有機・無機材料の相転移ダイナミクス」, CSJカレントレビュー

      Volume: 35 Pages: 157~162

  • [Journal Article] Specific effects of antitumor active norspermidine on the structure and function of DNA2019

    • Author(s)
      Nishio Takashi、Yoshikawa Yuko、Shew Chwen-Yang、Umezawa Naoki、Higuchi Tsunehiko、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41598-019-50943-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Self-Synchronous Swinging Motion of a Pair of Autonomous Droplets2019

    • Author(s)
      Sato Shiho、Sakuta Hiroki、Sadakane Koichiro、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 4 Pages: 12766~12770

    • DOI

      10.1021/acsomega.9b01533

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 組織切片の張力伸展応答:がんの病理診断手法の創出2019

    • Author(s)
      Okoso Natsumi, Kenmotsu Takahiro, Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      BIO ENGINEERING

      Volume: 36 Pages: 60~67

    • Open Access
  • [Journal Article] Construction of 3D Cellular Composites with Stem Cells Derived from Adipose Tissue and Endothelial Cells by Use of Optical Tweezers in a Natural Polymer Solution2019

    • Author(s)
      Yamazaki Takehiro、Kishimoto Toshifumi、Leszczynski Pawel、Sadakane Koichiro、Kenmotsu Takahiro、Watanabe Hirofumi、Kazama Tomohiko、Matsumoto Taro、Yoshikawa Kenichi、Taniguchi Hiroaki
    • Journal Title

      Materials

      Volume: 12 Pages: 1759~1759

    • DOI

      10.3390/ma12111759

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Aqueous/Aqueous Micro Phase Separation: Construction of an Artificial Model of Cellular Assembly2019

    • Author(s)
      Sakuta Hiroki、Fujimoto Tadashi、Yamana Yusuke、Hoda Yusuke、Tsumoto Kanta、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Frontiers in Chemistry

      Volume: 7 Pages: 44~44

    • DOI

      10.3389/fchem.2019.00044

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Helical micromotor operating under stationary DC electrostatic field2019

    • Author(s)
      Yamamoto Daigo、Kosugi Kento、Hiramatsu Kazuya、Zhang Wenyu、Shioi Akihisa、Kamata Kaori、Iyoda Tomokazu、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 150 Pages: 014901~014901

    • DOI

      10.1063/1.5055830

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Different Effects of Cisplatin and Transplatin on the Higher-Order Structure of DNA and Gene Expression2019

    • Author(s)
      Kishimoto Toshifumi、Yoshikawa Yuko、Yoshikawa Kenichi、Komeda Seiji
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 21 Pages: 34~34

    • DOI

      10.3390/ijms21010034

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Repulsive/attractive interaction among compact DNA molecules as judged through laser trapping: difference between linear- and branched-chain polyamines2018

    • Author(s)
      Yusuke Kashiwagi, Takashi Nishio, Masatoshi Ichikawa, Chwen-Yang Shew, Naoki Umezawa, Tsunehiko Higuchi, Koichiro Sadakane, Yuko Yoshikawa & Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Colloid and Polymer Science

      Volume: 297 Pages: 397~407

    • DOI

      10.1007/s00396-018-4435-3

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] いのちの不思議:K+およびNa+に関する話題を中心に2018

    • Author(s)
      吉川研一
    • Journal Title

      C & I Commun

      Volume: 43(3) Pages: 54-55

  • [Journal Article] Manipulating Living Cells to Construct Stable 3D Cellular Assembly Without Artificial Scaffold2018

    • Author(s)
      Yamazaki Takehiro、Taniguchi Hiroaki、Tsuji Shoto、Sato Shiho、Kenmotsu Takahiro、Yoshikawa Kenichi、Sadakane Koichiro
    • Journal Title

      Journal of Visualized Experiments

      Volume: 140 Pages: 1759~1759

    • DOI

      10.3791/57815

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Stretching of single DNA molecules caused by accelerating flow on a microchip2018

    • Author(s)
      Hirano Ken、Iwaki Takafumi、Ishido Tomomi、Yoshikawa Yuko、Naruse Keiji、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 149 Pages: 165101~165101

    • DOI

      10.1063/1.5040564

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Optical Fluid Pump: Generation of Directional Flow via Microphase Segregation/Homogenization2018

    • Author(s)
      Sakuta Hiroki、Seo Shunsuke、Kimura Shuto、Hoerning Marcel、Sadakane Koichiro、Kenmotsu Takahiro、Tanaka Motomu、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 9 Pages: 5792~5796

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b01876

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Branched‐Chain Polyamine Found in Hyperthermophiles Induces Unique Temperature‐Dependent Structural Changes in Genome‐Size DNA2018

    • Author(s)
      Nishio Takashi、Yoshikawa Yuko、Fukuda Wakao、Umezawa Naoki、Higuchi Tsunehiko、Fujiwara Shinsuke、Imanaka Tadayuki、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      ChemPhysChem

      Volume: 19 Pages: 2299~2304

    • DOI

      10.1002/cphc.201800396

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Decorating a single giant DNA with gold nanoparticles2018

    • Author(s)
      Carnerero Jose M.、Masuoka Shinsuke、Baba Hikari、Yoshikawa Yuko、Prado-Gotor Rafael、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 8 Pages: 26571~26579

    • DOI

      10.1039/c8ra05088k

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cracking pattern of tissue slices induced by external extension provides useful diagnostic information2018

    • Author(s)
      Danno Keisuke、Nakamura Takuto、Okoso Natsumi、Nakamura Naohiko、Iguchi Kohta、Iwadate Yoshiaki、Kenmotsu Takahiro、Ikegawa Masaya、Uemoto Shinji、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 12167-12173

    • DOI

      10.1038/s41598-018-30662-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Specific Spatial Localization of Actin and DNA in a Water/Water Microdroplet: Self-Emergence of a Cell-Like Structure2018

    • Author(s)
      Nakatani Naoki、Sakuta Hiroki、Hayashi Masahito、Tanaka Shunsuke、Takiguchi Kingo、Tsumoto Kanta、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 19 Pages: 1370~1374

    • DOI

      10.1002/cbic.201800066

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA二重鎖切断に対するアスコルビン酸の保護作用:混雑条件下での一分子計測による定量的評価2018

    • Author(s)
      臼井萌絵、馬越、吉川祐子、吉川研一
    • Journal Title

      Vitamins

      Volume: 92 Pages: 257~262

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Double-strand breaks in genome-sized DNA caused by mechanical stress under mixing: Quantitative evaluation through single-molecule observation2018

    • Author(s)
      Kikuchi Hayato、Nose Keiji、Yoshikawa Yuko、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 701 Pages: 81~85

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.04.042

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Opposite effect of polyamines on In vitro gene expression: Enhancement at low concentrations but inhibition at high concentrations2018

    • Author(s)
      Kanemura Ai, Yoshikawa Yuko, Fukuda Wakao, Tsumoto Kanta, Kenmotsu Takahiro, Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 13 Pages: : e0193595

    • DOI

      10.1371/journal. pone.0193595

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Emergence of Pendular and Rotary Motions of a Centimeter-Sized Metallic Sheet under Stationary Photoirradiation2018

    • Author(s)
      Harada Yugo、Koyoshi Keisuke、Sakuta Hiroki、Sadakane Koichiro、Kenmotsu Takahiro、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry C

      Volume: 122 Pages: 2747~2752

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.7b11123

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cooperative standing-horizontal-standing reentrant transition for numerous solid particles under external vibration2018

    • Author(s)
      Takatori Satoshi、Baba Hikari、Ichino Takatoshi、Shew Chwen-Yang、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 437~448

    • DOI

      10.1038/s41598-017-18728-6

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Self-emergence of primitive cell and cellular mini-organoids under crowding environment2019

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Invited
  • [Presentation] 反応拡散系での時間及び空間の離散効果2019

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      非線形ソフトマター研究会
    • Invited
  • [Presentation] 数理物理が切り拓く医学の新展開:時空間秩序から臨床診断まで2019

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      KUIAS-Heidelberg-RIKEN iTHEMS joint WS
    • Invited
  • [Presentation] Constructing Stable 3D Cell-Assembly without any Artificial Scaffold2018

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      Kick-Off Symposium: Center for Integrative Medicine and Physics (iCeMS-CiMPhy)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] How does liquid-crystalline ordering create biological functions?2018

    • Author(s)
      Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      27th International Liquid Crystal Conference (ILCC2018)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 同志社大学生命物理科学研究室

    • URL

      http://dmpl.doshisha.ac.jp

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 身体のゆらぎの定量的測定方法2018

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      P2019-205597A
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 病態診断支援システム、病態診断データ生成システム、および病態診断支援方法2017

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      WO2018/021240
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 上皮間葉転換阻害剤及び癌転移治療剤2015

    • Inventor(s)
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Holder
      吉川研一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      6530206

URL: 

Published: 2021-01-27  

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