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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Research on Mathematical Methods and Development of Libraries for Combined and Hierarchical Autotuning

Research Project

Project/Area Number 15H02708
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

須田 礼仁  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 教授 (40251392)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 藤井 昭宏  工学院大学, 情報学部(情報工学部), 准教授 (10383986)
美添 一樹  国立研究開発法人理化学研究所, 革新知能統合研究センター, ユニットリーダー (80449115)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords自動チューニング / 高性能計算 / ベイズ統計 / D-spline / 行列計算 / 探索
Outline of Annual Research Achievements

平成29年度には以下の研究を実施した。第1に、前年までの研究で明らかとなった課題である複合的・階層的自動チューニングを統括する連携コアについて検討した。また、階層メモリを考慮したコード最適化を対象として、チームメンバが開発している自動チューニング言語ppOpen-ATに階層的なコード最適化機能を付加する場合の機能検討と性能評価を行った。
第2に、複合的・階層的自動チューニングのための数理手法として、線形モデルと相関モデルが共存できる数理ライブラリのインタフェースを確定し、初期実装を行った。また反復法が収束しないなど失敗を伴う自動チューニングに対し、成功確率パラメタを導入して複合自動チューニングとして定式化し、数理手法を開発した。またD-splineを補間関数として使うパラメタ選択手法に対しても、性能変動の影響を考慮する手法の研究を行った。
第3に、並列数値計算等における複合的・階層的自動チューニングの研究を行った。上述の階層メモリを考慮したコード最適化をppOpen-ATで行ったほか、Xeon Phi上での三角行列積の11種の実装からの最適化、ならびにマルチグリッドソルバにおける性能変動をともなう自動チューニングに対して研究代表者が開発したATMathCoreLibを適用し、自動チューニングを実現させた。また、ブロック赤黒順序付けにより並列化した MILU(0) 前処理について有名なMAGMAライブラリを上回る性能を達成した。また、時空間マルチグリッド法における複数パラメタの特性の基礎評価を行った。また機械学習、探索、数値シミュレーションを結合したマテリアルサイエンスへの応用、頻出パターンマイニングにおける大規模深さ優先探索の適用により、遺伝子関連解析 GWASへの応用などを実現した。このほか分数階微分方程式の解法、ポアソンディスクサンプリングの高速手法の研究を行った。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Remarks

上記以外の論文:Y. Yamamoto: An elementary derivation of the projection method for nonlinear eigenvalue problems based on complex contour integration, in ISBN 978-3-319-62426-6, Springer, pp. 251-266, 2017.

  • Research Products

    (25 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 11 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 国立台湾大学/国立成功大学(台湾)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      国立台湾大学/国立成功大学
  • [Journal Article] Solution of a Nonlinear Eigenvalue Problem Using Signed Singular Values2018

    • Author(s)
      Ooi Kouhei、Mizuno Yoshinori、Sogabe Tomohiro、Yamamoto Yusaku、Zhang Shao-Liang
    • Journal Title

      East Asian Journal on Applied Mathematics

      Volume: 7 Pages: 799~809

    • DOI

      DOI: 10.4208/eajam.181016.300517c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] MP-LAMP: Parallel Detection of Statistically Significant Multi-Loci Markers on Cloud Platforms2018

    • Author(s)
      Kazuki Yoshizoe, Aika Terada, and Koji Tsuda
    • Journal Title

      Bioinformatics

      Volume: bty219 Pages: bty219

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/bty219

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] On the optimality and sharpness of Laguerre's lower bound on the smallest eigenvalue of a symmetric positive definite matrix2017

    • Author(s)
      Yusaku Yamamoto
    • Journal Title

      Applications of Mathematics

      Volume: 62 Pages: 319-331

    • DOI

      DOI: 10.21136/AM.2017.0022-17

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The danger of combining block red?black ordering with modified incomplete factorizations and its remedy by perturbation or relaxation2017

    • Author(s)
      Shioya Akemi、Yamamoto Yusaku
    • Journal Title

      Japan Journal of Industrial and Applied Mathematics

      Volume: 35 Pages: 195~216

    • DOI

      DOI:10.1007/s13160-017-0277-5

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Online Autotuning of Parameters of GA-BiCG2018

    • Author(s)
      Kentaro Yamamoto, Yushi Qiu, Masaharu Matsumoto, Reiji Suda
    • Organizer
      2018 Conference on Advanced Topics and Auto Tuning in High-Performance Scientific Computing
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A case study on modeling the performance of dense matrix computation: Tridiagonalization in the EigenExa eigensolver on the K computer2018

    • Author(s)
      Takeshi Fukaya, Toshiyuki Imamura and Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      iWAPT2018 (accepted)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Acceleration of sparse linear solvers using RDMA communication on PRIMEHPC FX supercomputer2018

    • Author(s)
      Akihiro Fujii, Teruo Tanaka, Takahiro Katagiri
    • Organizer
      2018 Conference on Advanced Topics and Auto Tuning in High-Performance Scientific Computing (ATAT in HPSC 2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 空間並列度および時間並列度の割り当て方に対する考察2018

    • Author(s)
      依田 凌, 藤井昭宏, 田中 輝雄,中島 研吾
    • Organizer
      情報処理学会ハイパフォーマンスコンピューティング研究会
  • [Presentation] Consideration on the Optimal Balance Between Space Parallelism and Time Parallelism2018

    • Author(s)
      Ryo Yoda, Akihiro Fujii, Teruo Tanaka, Kengo Nakajima
    • Organizer
      SIAM Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, poster
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Low Cost Multiple One-dimensional d-Spline Parameter Search for Multiple Performance Parameter Estimation2018

    • Author(s)
      Teruo Tanaka, Masayoshi Mochizuki, Akihiro Fujii, Takahiro Katagiri
    • Organizer
      2018 Conference on Advanced Topics and Auto Tuning in High-Performance Scientific Computing (ATAT in HPSC 2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Embedded-DSL-like code generation and optimization of Bayesian estimation routines with user-defined source-to-source code transformation framework Xevolver2017

    • Author(s)
      Reiji Suda
    • Organizer
      International Workshop on Legacy HPC Application Migration (LHAM'17) / CANDAR'17
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複合的自動チューニングのための数理ライブラリの構築2017

    • Author(s)
      須田礼仁
    • Organizer
      第22回計算工学講演会
  • [Presentation] 遺伝的アルゴリズムに基づく疎行列解法のパラメタに関するオンライン自動チューニング2017

    • Author(s)
      山本堅太郎、松本正晴、須田礼仁
    • Organizer
      情報処理学会 第159回 HPC 研究会
  • [Presentation] Fast Maximal Poisson-Disk Sampling by Randomized Tiling2017

    • Author(s)
      Tong Wang and Reiji Suda
    • Organizer
      High Performance Graphics 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Roundoff error analysis of the CholeskyQR2 and related algorithms2017

    • Author(s)
      Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      PARNUM2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ブロック赤-黒順序付けされた摂動/緩和MILU(0) 前処理法のGPUとマルチコアCPUにおける性能評価2017

    • Author(s)
      塩谷明美,山本有作
    • Organizer
      情報処理学会 SWoPP 2017
  • [Presentation] On using the Cholesky QR method in the full-blocked one-sided Jacobi algorithm2017

    • Author(s)
      Shuhei Kudo and Yusaku Yamamoto
    • Organizer
      PPAM2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 自動チューニング言語ppOpen-ATの機能とオープンCAEへの展開2017

    • Author(s)
      片桐孝洋
    • Organizer
      オープンCAEシンポジウム2017
  • [Presentation] ポストムーア時代における有限差分法コードの自動チューニング技法の一考察2017

    • Author(s)
      片桐孝洋、大島聡史、松本正晴
    • Organizer
      第22回計算工学講演会
  • [Presentation] データ同化処理への時空間ブロッキング手法の適用と自動チューニング適用の一考察2017

    • Author(s)
      片桐 孝洋、池田 朋哉、藤川 隼人
    • Organizer
      日本応用数理学会 2017年度年会
  • [Presentation] D-Spline Performance Tuning Method Flexibly Responsive to Execution Time Perturbation2017

    • Author(s)
      Guuing Fan, Masayoshi Mochizuki, Akihiro Fujii, Teruo Tanaka
    • Organizer
      12th International Conference on Parallel Processing and Applied Mathematics (PPAM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複数性能パラメタによる自動チューニングにおける性能パラメタ間相関関係の影響2017

    • Author(s)
      望月大義, 范谷瑛, 藤井昭宏, 田中 輝雄
    • Organizer
      日本応用数理学会2017年度年会
  • [Presentation] Fast Multidimensional Performance Parameter Estimation with Multiple One-dimensional d-Spline Parameter Search2017

    • Author(s)
      Masayoshi Mochizuki, Akihiro Fujii, Teruo Tanaka, Takahiro Katagiri
    • Organizer
      The Twelfth International Workshop on Automatic Performance Tuning (iWAPT2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Funded Workshop] 2018 Conference on Advanced Topics and Auto Tuning in High-Performance Scientific Computing (ATAT in HPSC 2018)2018

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-08-25  

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