2016 Fiscal Year Annual Research Report
階層ベイズによる高多様性領域HLAゲノムシークエンス解析法の開発
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15H02775
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
井元 清哉 東京大学, 医科学研究所, 教授 (10345027)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水野 晋一 九州大学, 先端医療イノベーションセンター, 特任准教授 (40569430)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 階層ベイズモデル / HLA / シークエンスデータ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成２８年度は、平成２７年度に開発した全ゲノムシークエンスデータからのHLA遺伝子型決定手法 ALPHARD を更にチューニングを重ねると共に、以下の研究を推進した。
（１） 国際がんゲノムコンソーシアム PanCancer プロジェクト PCAWG に Immunogenomics チームとして参画し、開発した ALPHARD を用い、提供された約２８００のがん細胞と正常細胞のサンプルからHLA遺伝子型（A, B, C に加え class II の５遺伝子座）、MICA、MICB の遺伝子型を決定し、PCAWG の他のプロジェクトメンバーに提供した。この研究成果は、論文としてまとめている最中である。
（２）各がん組織に生じている体細胞変異のリストからアミノ酸置換を伴う変異ペプチドを生成し、決定したHLA遺伝子型に基づき、HLA分子と変異ペプチドとの結合予測を行うデータ解析パイプラインをスーパーコンピュータShirokane3上に構築した。このパイプラインを用いて、前述した PanCancer 約２８００のがん抗原（neoantigen）を網羅的に同定し、がん種毎にその特徴をまとめた。
（３）T細胞レパトアを PanCancer の約１４００、TCGAで公開されている約１００００サンプルのRNAシークエンスデータから解析を行った。特にV遺伝子に注目し、がん腫毎にその多様性（diversity）の違い、T細胞受容体の発現量の違いをまとめ、（２）のがん抗原との関係、HLA遺伝子の発現との関係など他のがん免疫に関わる分子との関連について詳細な関連解析を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全年度に立案した予定通り、開発した ALPHARD を PanCancer や TCGA の大規模データに適用し網羅的ながん免疫プロファイルを得ることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
HLA遺伝子型、がん抗原、T細胞レパトアなどからなるがん免疫プロファイルのがん種毎の詳細な解析を行う。
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[Journal Article] Identification of an immunogenic neo-epitope encoded by mouse sarcoma using CXCR3 ligand mRNAs as sensors2017
Author(s)
Fujii K, Miyahara Y, Harada N, Muraoka D, Komura M, Yamaguchi R, Yagita H, Nakamura J, Sugino S, Okumura S, Imoto S, Miyano S, Shiku H
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Journal Title
OncoImmunology
Volume: 印刷中
Pages: 印刷中
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Characterization of T-cell Receptor Repertoire in Inflamed Tissues of Patients with Crohn's Disease Through Deep Sequencing2016
Author(s)
Chapman CG, Yamaguchi R, Tamura K, Weidner J, Imoto S, Kwon J, Fang H, Yew PY, Marino SR, Miyano S, Nakamura Y, Kiyotani K.
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Journal Title
Inflamm Bowel Dis.
Volume: 22
Pages: 1275-1285
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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