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2016 Fiscal Year Annual Research Report

マイクロRNAの量的・質的変動を解析するシステムの構築

Research Project

Project/Area Number 15H03830
Research InstitutionTokyo University of Pharmacy and Life Science

Principal Investigator

梅村 知也  東京薬科大学, 生命科学部, 教授 (10312901)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 谷 英典  国立研究開発法人産業技術総合研究所, その他部局等, 研究員 (10635329)
手嶋 紀雄  愛知工業大学, 工学部, 教授 (30292501)
青木 元秀  東京薬科大学, 生命科学部, 助教 (30418917)
リム リーワ  岐阜大学, 工学部, 准教授 (80377689)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywordsクロマトグラフィー / モノリスカラム / マイクロリアクター / 機能性RNA
Outline of Annual Research Achievements

ncRNAの動態を定量的に評価する分析法の確立を目指し、H28年度は以下の研究を中心に取り組んだ。
1) Ce (Ⅳ) 固定化モノリス型マイクロリアクターによるリン酸エステル結合の切断(加水分解能の評価)及びトルラ酵母由来のtotal RNAの断片化.
モノリス担体表層に様々な希土類金属イオンを固定化したマイクロリアクターを試作し、その加水分解能を調査した。p-ニトロフェニルリン酸 (pNPP) を用いてリン酸エステル結合の切断能を評価したところ、Ce (Ⅳ) を固定化したマイクロリアクターでは、反応時間1分で90%以上のpNPPがp-ニトロフェノール(pNP)に分解されることを確認した。続いて、トルラ酵母由来のtotal RNAの断片化を試みたところ、1分程度でほぼヌクレオチドにまで切断され、さらに5分反応させるとヌクレオシドにまで切断が進行することを確認した。なお、核酸塩基由来のピークは観測されなかったことからN-グリコシド結合の切断は起きないことも分かった。さらに、反応時間やセリウムの活性を制御することで、オリゴヌクレオチドまでの切断に留めるといったリボヌクレアーゼ様の選択的な切断の可能性も見出せた。
2) ncRNAをバイオマーカーとして用いる化学物質暴露影響調査に関する基礎研究.
未分化のヒトiPS細胞をフィーダーレスにて培養した後、神経幹細胞へと分化させる技術を習得した。この幹細胞にシクロヘキシミドや過酸化水素、塩化亜鉛、塩化水銀を暴露し、mRNAやncRNAの発現量の変化を定量PCRによって調査した結果、複数種類のncRNAが顕著に増加することを確認した。また、そうしたncRNAのなかには、隣接する遺伝子の発現量に深く関与しているものがあることを見出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

近年、注目を集めている長鎖(200 nt以上)のncRNAにまで研究対象を拡げるべく、断片化技術の開発を進め、セリウム(IV)触媒を利用したマイクロリアクターに関して興味深いデータを収集しつつある。また、分担研究者の谷らが中心となって、ncRNAをバイオマーカーとして用いる化学物質暴露影響調査に関する研究を進めるなど、当初の計画以上に進展している部分もあり、全体として順調に進んでいると判断される。

Strategy for Future Research Activity

本研究は、化学物質の安全性評価や疾病の早期診断等の実用的な応用を出口として見据えており、要素技術の開発に留まることなく、最終年度はさらにライフサイエンスへの応用を意識して研究を展開していく。特に、本研究では代謝分解を受けやすい短寿命のncRNAに注目し、その発現量や分解速度の違いを基にして、各種疾病に特徴的なncRNAの探索を試みる。

  • Research Products

    (17 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Rapid monitoring of RNA degradation activity in vivo for mammalian cells2017

    • Author(s)
      Tani, H., Sato, H., Torimura, M.
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng.

      Volume: 123 Pages: 523-527

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2016.11.010

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-wide gene expression analysis of mouse embryonic stem cells exposed to p-dichlorobenzene2016

    • Author(s)
      Tani, H., Takeshita, J., Aoki, H., Abe, R., Toyoda, A., Endo, Y., Miyamoto, S., Gamo, M., Torimura, M.
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng.

      Volume: 122 Pages: e1991

    • DOI

      org/10.1016/j.jbiosc.2016.02.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitation of Cytochrome b559, b6, and f, and the Core Component of Photosystem I P700 in Cyanobacterial Cells2016

    • Author(s)
      Aoki, M., Sato, N., Tsuzuki, M.
    • Journal Title

      Bio-protocol

      Volume: 6 Pages: -

    • DOI

      org/10.21769/BioProtoc.1991

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Electrochemical Determination of Synephrine by Hydrophilic Interaction Liquid Chromatography Using a Zwitterionic Monolith Column2016

    • Author(s)
      Sakai, Y., Kotani, A., Umemura, T., Mori, Y., Kusu, F., Yamamoto, K., Hakamata, H.
    • Journal Title

      Electroanalysis

      Volume: 28 Pages: 1947-1951

    • DOI

      10.1002/elan.201600150

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 化学物質の生体影響評価技術開発のためのノンコーディングRNAの機能解明2017

    • Author(s)
      谷 英典
    • Organizer
      第16回 産総研・産技連 LS-BT合同研究発表会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2017-01-30 – 2017-01-31
  • [Presentation] Preparation and Characterization of Organic Polymer-Based Adsorbent with Phenylboronic Acid Functionality for Capturing Biological cis-Diol-Containing Compounds2016

    • Author(s)
      Aoki, M., Matsumoto, N., Bessho, K., Kumata, H., Uchida, T., Umemura, T.
    • Organizer
      the 13th Asian Conference on Analytical Sciences (ASIANALYSIS XIII)
    • Place of Presentation
      The Empress International Convention Center, Chiang Mai
    • Year and Date
      2016-12-08 – 2016-12-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ncRNAに着目した生体影響評価技術の開発2016

    • Author(s)
      奥田 彩也夏, 中村 薫, 梅村 知也, 青木 元秀, 谷 英典
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2016-11-30 – 2016-12-02
  • [Presentation] 細胞内RNA分解速度を指標とした環境化学物質の有害性評価手法の開発2016

    • Author(s)
      谷 英典
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2016-11-30 – 2016-12-02
  • [Presentation] モノリス型マイクロリアクターを用いたRNA断片化の制御2016

    • Author(s)
      和田 尭之, 青木 元秀, 熊田 英峰, 内田 達也, 梅村 知也
    • Organizer
      日本分析化学会第65年会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2016-09-14 – 2016-09-16
  • [Presentation] グリッドネブライザーを用いたStandard Dilution Analysis/ICP-OES法の検討2016

    • Author(s)
      松下 莉那, 井戸 航洋, 藤井 紳一郎, 宮下 振一, 保倉 明子, 梅村 知也, 稲垣 和三
    • Organizer
      日本分析化学会第65年会
    • Place of Presentation
      北海道大学
    • Year and Date
      2016-09-14 – 2016-09-16
  • [Presentation] Ribonuclease A Immobilized Monolithic Microreactor for Rapid Flow-Through Digestion of RNA2016

    • Author(s)
      Wada, T., Aoki, M., Kumata, H., Uchida, T., Umemura, T.
    • Organizer
      RSC Tokyo International Conference 2016
    • Place of Presentation
      Makuhari Messe
    • Year and Date
      2016-09-08 – 2016-09-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dual-Channel Type Concentric Grid Nebulizer for Inductively Coupled Plasma Optical Emission Spectrometry2016

    • Author(s)
      Matsushita, R., Fujii, S., Miyashita, S., Ido, K., Umemura, T., Inagaki, K.
    • Organizer
      RSC Tokyo International Conference 2016
    • Place of Presentation
      Makuhari Messe
    • Year and Date
      2016-09-08 – 2016-09-09
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] モノリス型キャピラリーデバイスを利用した核酸の精密分離分析技術の開発2016

    • Author(s)
      梅村 知也
    • Organizer
      第76回分析化学討論会 ~分析化学の未来を展望する~(ノンコーディングRNAの最先端分析手法にせまる)
    • Place of Presentation
      岐阜大学
    • Year and Date
      2016-05-28 – 2016-05-29
    • Invited
  • [Presentation] 大規模ノンコーディングRNA解析を可能とする次世代シーケンサの活用2016

    • Author(s)
      谷 英典
    • Organizer
      第76回分析化学討論会 ~分析化学の未来を展望する~(ノンコーディングRNAの最先端分析手法にせまる)
    • Place of Presentation
      岐阜大学
    • Year and Date
      2016-05-28 – 2016-05-29
    • Invited
  • [Book] クリスチャン分析化学 原書7版 II. 機器分析編2017

    • Author(s)
      梅村知也(分担)
    • Total Pages
      第21章
    • Publisher
      丸善
  • [Book] クリスチャン分析化学 原書7版 II. 機器分析編2017

    • Author(s)
      手嶋紀雄(分担)
    • Total Pages
      第23章
    • Publisher
      丸善
  • [Remarks] http://www.ls.toyaku.ac.jp/~bioanalchem/

URL: 

Published: 2018-01-16  

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