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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Development of DNA nanostructure based molecular system DNA nanostructure system for cell function control

Research Project

Project/Area Number 15H03837
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

遠藤 政幸  京都大学, 理学研究科, 特定准教授 (70335389)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
KeywordsDNAナノテクノロジー / DNAナノ構造体 / 細胞機能制御 / 薬物輸送 / 人工受容体 / リポソーム / ゲノム編集
Outline of Annual Research Achievements

本年度は、外部刺激に応答する分子デリバリーシステムを開発するため、内部空間を持つ3次元DNAオリガミ構造体を用いて、細胞表面との相互作用や細胞内部への導入と細胞内で構造変換できる系の構築を行った。多面体構造体に開閉機能を導入することで、細胞内へ導入し、構造体の変換の誘導や酵素機能発現、さらに細胞機能を制御する系の構築を試みた。
DNAオリガミ法を用いて作成した八面体構造に光照射によって開閉できる光応答性DNA鎖を導入した。UV光の照射によって3次元構造体が開くように設計した。構造体の開閉はAFMによって確認し、蛍光消光によって照射時間に依存した構造変換が確認された。3次元構造体内部には遺伝子発現の制御用にCas9を導入し、光照射によって3次元構造を開くことで活性を発現できることを確認した。
次に、作成した構造体をヒト培養細胞とインキュベートすることで、細胞内に導入されることを共焦点蛍光顕微鏡観察によって確認した。さらに、構造体の導入の確認された細胞にUV光照射を行うことによって、閉じた状態で消光されていた蛍光が増加することが確認された。このことから、光照射によって外部から細胞内に導入した構造体の構造変換を誘導できることが明らかとなった。さらに、細胞ごとにレーザー光照射をすることで、細胞特異的に構造体を開くことに成功した。これによって新たな分子デリバリーシステムのキャリアーとして使用できることが示唆された。一方で、球状、棒状など様々な3次元構造体を使った細胞導入を行い、形状に依存した導入を試みた。その結果、形状による大きな違いは見られなかった。以上のように、これらの開発した3次元DNA構造体を使用した分子デリバリーシステムを開発し、細胞内での構造変換など機能を発現させることに成功した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (29 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 3 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Kent State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Kent State University
  • [Int'l Joint Research] Technical University Munchen(Germany)

    • Country Name
      Germany
    • Counterpart Institution
      Technical University Munchen
  • [Int'l Joint Research] University of Bordeaux(France)

    • Country Name
      France
    • Counterpart Institution
      University of Bordeaux
  • [Int'l Joint Research] University of Leeds(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Leeds
  • [Journal Article] Complexing DNA origami frameworks through sequential self-assembly based on directed docking2018

    • Author(s)
      Y. Suzuki, H. Sugiyama, M. Endo
    • Journal Title

      Angewandte Chemie, International Edition

      Volume: 57 Pages: in press

    • DOI

      10.1002/anie.201801983

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA Origami Scaffolds as Templates for Functional Tetrameric Kir3 K+ Channels2018

    • Author(s)
      T. Kurokawa, S. Kiyonaka, E. Nakata, M. Endo, S. Koyama, E. Mori, N. H. Tran, H. Dinh, Y. Suzuki, K. Hidaka, M. Kawata, C. Sato, H. Sugiyama, T. Morii, Y. Mori
    • Journal Title

      Angewandte Chemie, International Edition

      Volume: 57 Pages: 2586-2591

    • DOI

      10.1002/anie.201709982

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct Single-Molecule Observation of Mode and Geometry of RecA-Mediated Homology Search2018

    • Author(s)
      A. Lee, M. Endo, J. Hobbs, C. Walti
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 12 Pages: 272-278

    • DOI

      10.1021/acsnano.7b06208

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Triggering nucleic acid nanostructure assembly by conditional kissing interactions2018

    • Author(s)
      L. Azema, S. Bonnet-Salomon, M. Endo, Y. Takeuchi, G. Durand, T. Emura, K. Hidaka, E. Dausse, H. Sugiyama, J.-J. Toulme
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 46 Pages: 1052-1058

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1267

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] DNAから作るナノスケールの構造体―そのデザインと作成―2018

    • Author(s)
      遠藤 政幸
    • Journal Title

      化学と教育

      Volume: 66 Pages: 88-91

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single-Molecule Observation of The Photoregulated Conformational Dynamics of DNA Origami Nanoscissors2017

    • Author(s)
      E. M. Willner, Y. Kamada, Y. Suzuki, T. Emura, K. Hidaka, H. Dietz, H. Sugiyama, M. Endo
    • Journal Title

      Angewandte Chemie, International Edition

      Volume: 56 Pages: 15324-15328

    • DOI

      10.1002/anie.201708722

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Holliday junction resolvases mediate chloroplast nucleoid segregation2017

    • Author(s)
      Y. Kobayashi, O. Misumi, M. Odahara, K. Ishibashi, M. Hirono, K. Hidaka, M. Endo, H. Sugiyama, H. Iwasaki, T. Kuroiwa, T. Shikanai, Y. Nishimura
    • Journal Title

      Science

      Volume: 356 Pages: 631-634

    • DOI

      10.1126/science.aan0038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Confined Space Facilitates G-quadruplex Formation2017

    • Author(s)
      P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao
    • Journal Title

      Nature Nanotechnology

      Volume: 12 Pages: 582-588

    • DOI

      10.1038/nnano.2017.29

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Protein-driven RNA nanostructured devices that function in vitro and control mammalian cell fate2017

    • Author(s)
      T.Shibata, Y. Fujita, H. Ohno, Y. Suzuki, K. Hayashi, K. R. Komatsu, S. Kawasaki, K. Hidaka, S. Yonehara, H. Sugiyama, M. Endo, H. Saito
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 8 Pages: 540

    • DOI

      10.1038/s41467-017-00459-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Photoregulated DNA-Based Rotary System And Direct Observation of Its Rotational Movement2017

    • Author(s)
      Y. Yang, R. Tashiro, Y. Suzuki, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • Journal Title

      Chemistry - A European Journal

      Volume: 23 Pages: 3979-3985

    • DOI

      10.1002/chem.201605616

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-Resolution Imaging of a Single Gliding Protofilament of Tubulins by HS-AFM2017

    • Author(s)
      J. J. Keya, D. Inoue, Y. Suzuki, T. Kozai, N. Kodera, T. Uchihashi, A. Md. R. Kabir, M. Endo, K.Sada, A. Kakugo
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 6166

    • DOI

      10.1038/s41598-017-06249-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Programmable formation of catalytic RNA triangles and squares by assembling modular RNA enzymes2017

    • Author(s)
      H. Oi, D. Fujita, Y. Suzuki, H. Sugiyama, M. Endo, S. Matsumura, Y. Ikawa
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 161 Pages: 451-462

    • DOI

      10.1093/jb/mvw093

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 自己集合性3次元DNA結晶のAFMによる結晶表面観察2018

    • Author(s)
      浴 晴彦, 杉山 弘, 遠藤 政幸
    • Organizer
      日本化学会第98春季年会(2018)
  • [Presentation] 狭小空間での分子の振る舞い2018

    • Author(s)
      遠藤 政幸
    • Organizer
      第1回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] DNAオリガミを使った1分子の観察2018

    • Author(s)
      遠藤 政幸
    • Organizer
      静岡ライフサイエンスシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] High-speed AFM imaging of synthetic nanomachines and nanostructures2018

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      The SPIRITS International Symposium 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Observation of biophysical property of G-quadruplex in a confined nanospace2017

    • Author(s)
      M. Endo, P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, H. Mao
    • Organizer
      The 44th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct observation of photoresponsive DNA nanodevice and its self-assembly2017

    • Author(s)
      Y. Kamada, E. Willner, Y. Suzuki, T. Emura, K. Hidaka, H. Dietz, H. Sugiyama, M. Endo
    • Organizer
      The 44th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Biophysical property of G-quadruplex caged in a confined DNA nanospace2017

    • Author(s)
      M. Endo, P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, H. Mao
    • Organizer
      The 23rd International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 制限された空間でのグアニン四重鎖の物性2017

    • Author(s)
      遠藤 政幸, Prakash Shrestha, Sagun Jonchhe, 江村 智子, 日高 久美, 杉山 弘, Hanbin Mao
    • Organizer
      第11回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 光応答性を持つDNA分子デバイスの構築とその自己集積化2017

    • Author(s)
      鎌田 佑, Elena Willner, 鈴木 勇輝, 江村 智子, 日高 久美, Hendrik Dietz, 杉山 弘, 遠藤 政幸
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会 第12回年会
  • [Presentation] High-speed AFM imaging of synthetic nanomachines and nanostructures2017

    • Author(s)
      Masayuki Endo
    • Organizer
      Unconventional Computation and Natural Computation 2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Observation of single biomolecule properties in a DNA nanospace2017

    • Author(s)
      M. Endo, P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, H. Mao
    • Organizer
      14th Conference on the Foundations of Nanoscience 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 分子マシンの科学2017

    • Author(s)
      日本化学会
    • Total Pages
      200
    • Publisher
      化学同人
    • ISBN
      9784759813869
  • [Remarks] DNA Nanotechnology Group, Kyoto University

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/top_page_j.html

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-08-26  

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