2017 Fiscal Year Annual Research Report
Identification and characterization of interactions between genomic regions using the locus-specific chromatin immunoprecipitation technology
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15H04329
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
藤井 穂高 大阪大学, 微生物病研究所, 招へい教授 (30302665)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤田 敏次 大阪大学, 微生物病研究所, 招へい准教授 (10550030)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | クロマチン / エピジェネティクス / ゲノム領域間相互作用 / ゲノム生化学 / 次世代シークエンス法 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1. βグロビン遺伝子座5'HS5領域と相互作用するゲノム領域の同定とその意義の解析
βグロビン遺伝子座5’HS5領域と相互作用するゲノム領域の網羅的同定に成功し、その成果をGenes to Cells誌に発表した。特に、相互作用しているゲノム領域近傍の遺伝子発現が、NaB処理により亢進することを見出した。加えて、こうした現象の分子機構の解析を行った。
2. インターフェロン誘導性遺伝子群の核内における動的制御機構の解析
3xFLAGタグを付与したS. aureus由来のdCas9 (Sa-dCas9-3xFLAG) の発現プラスミドを作製し、Sa-dCas9-3xFLAGを利用したenChIPの効率が、Sp-dCas9と同等であることを示した。また、AMタグを付与したSp-dCas9を発現するレンチウイルスプラスミドを作製し、これらの系を用いて高い収率でenChIP解析が可能であることを示した。この成果をBMC Research Notes誌に発表した。
3. 関連研究
上記の研究成果を一部利用して (i) ニワトリのB細胞株におけるPax5遺伝子発現調節機構の解析を行い、Pax5遺伝子が存在している染色体とは別の染色体にあるエンハンサーを同定した。その成果をDNA Research誌に発表した。(ii) 3xFLAG-dCas9を発現するトランスジェニックマウス系統を作製し、マウス初代細胞におけるenChIP法実施を可能にした。その成果をGenes to Cells誌に発表した。(iii) スウェーデンのグループと共同で、酸素濃度によるEPAS1遺伝子の発現制御機構の解析を行い、その成果をBiochemical and Biophysical Research Communications誌に発表した。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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