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2015 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis and modulation of protein immunogenicity using short Solubility Controlling Peptide tags (SCP tag)

Research Project

Project/Area Number 15H04359
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (10312240)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords生物物理 / 蛋白質 / バイオテクノロジー / 免疫学 / 生体分子
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、抗原蛋白質の溶解性が免疫応答に及ぼす影響を物理化学的な視点から解析することを目的とする。そのため、研究代表者が開発した、ペプチド系溶解性制御タグ(蛋白質の末端に付加することで、溶媒条件を変えずに蛋白質の溶解性のみを制御できる5残基ほどの短い配列;SCPタグ)を用いて、抗原蛋白質の溶解性を制御し、溶解性の変化が免疫応答に及ぼす影響、及びその分子機構を詳細に解析し、さらに抗原性を制御するためのタグ配列の改良法・設計法を開発する。
本計画では、抗原蛋白質のモデルとして2種類の蛋白質を用いた。まずは、蛋白質の折り畳み研究に長年用いられてきた牛膵臓トリプシン阻害蛋白質(BPTI;分子量=6.5kDa)を用いた。先行研究でBPTI変異体の構造及び物性の解析を進めてきたため、扱いが特に容易なモデル蛋白質である。2つ目のモデルには、アジア地域で公衆衛生上の問題となっているデング熱の病原体であるデングウイルス由来の糖エンベロープ蛋白質第3ドメイン (ED3; 分子量=12kDa)を用いた。ED3は、ウイルスと宿主細胞の膜融合に必須な部位と抗体認識部位の両者を有するため、ウイルス感染において極めて重要な役割を果たす蛋白質であり、先行研究で結晶構造を決定したことなどから、本研究のモデル蛋白質に選択した。
現在までに、イソロイシンなどの疎水性アミノ酸から成るSCPタグを付加すると、モデル蛋白質の溶解性が低下し凝集してしまうが、一部が可溶性画分に留まって大きな会合体を形成することを発見した。また、蛋白質の可溶な会合体の生化学的な安定性を、限定分解法を用いて調べた。その結果、大きな会合体を形成する変異体ほどプロテアーゼ分解に対する安定性が高いことが明らかになった。また、マウスを用いた免疫応答実験の予備実験を実施して、SCPタグを付加することでモデル蛋白質の免疫原性が変化することを確認した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初の想定に反して、免疫応答の実験に用いるマウスの飼育施設の移設工事を行う必要が生じたため、一時実験が遅れていたが、免疫応答実験を昨年10月に開始し、現在は実験を順調に進められる見通しである。結果的に、当初計画で予定していたすべての実験を2017年度末までに実施できると考える。

Strategy for Future Research Activity

次年度には、マウスを用いた免疫応答実験を本格的に開始し、SCPタグ付加による抗原性の変化とSCPタグによる会合状態の変化を詳細に比較する。特に、多種類のSCPタグを用いた実験を実施することで、免疫学における謎の一つである凝集性(又は今年度の実験で明らかにした会合状態)と抗原性の関係が明らかになると期待される。

  • Research Products

    (17 results)

All 2016 2015

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Modeling and experimental assessment of a buried Leu-Ile mutation in Dengue envelope protein domain III2016

    • Author(s)
      Kulkarni R Manjiri, Numoto Nobutaka, Ito Nobutoshi, Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical research Communications

      Volume: 471(1) Pages: 163-168

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.01.159.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] All-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide solubility in line with experimental observations2016

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda, Atsushi Suenaga, Yuji Sato, Satoshi Kosuda, Makoto Taiji
    • Journal Title

      Scientific Reports 6

      Volume: 6 Pages: 19479

    • DOI

      10.1038/srep19479

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structural and biophysical analysis of sero-specific immune responses using epitope grafted Dengue ED3 mutants.2015

    • Author(s)
      Kulkarni R Manjiri, Islam M Mohammad, Numoto Nobutaka, Elahi Montasir, Mahib R Mamunur, Ito Nobutoshi, Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta - Proteins and Proteomics

      Volume: 1854(10 Pt A) Pages: 1438-1443

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2015.07.004.

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Analysis and Control of Protein Crystallization Using Short Peptide Tags That Change Solubility without Affecting Structure, Thermal Stability, and Function2015

    • Author(s)
      Mohammad M Islam, Shigeyoshi Nakamura, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
    • Journal Title

      Crystal Growth & Design

      Volume: 15(6) Pages: 2703-2711

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.5b00010

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Bacterial expression and re-engineering of Gaussia princeps luciferase and its use as a reporter protein2015

    • Author(s)
      Wu Nan, Rathnayaka Tharangani, Yutaka Kuroda
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta - Proteins and Proteomics

      Volume: 1854(10 Pt A) Pages: 1392-1399

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2015.05.008.

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 光セルフクエンチを用いたアモルファス凝集形成機構の解析2015

    • Author(s)
      如澤浩樹, 座古保, 前田瑞夫, 千葉一裕, 黒田裕
    • Journal Title

      月刊「バイオインダストリー」

      Volume: 9月号 Pages: 36-41

  • [Presentation] Plant-PrAS: a database of physicochemical and structural properties and the comparative analysis in plant proteomes2016

    • Author(s)
      Atsushi Kurotani, Alexander Tokmakov, Yutaka Kuroda, Kazuo Shinozaki, Tetsuya Sakurai
    • Organizer
      第57回植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      岩手大学上田キャンパス(岩手県盛岡市)
    • Year and Date
      2016-03-18 – 2016-03-20
  • [Presentation] ペプチド溶解性の分子動力学シミュレーション2016

    • Author(s)
      黒田裕
    • Organizer
      第5回日本生物物理学会関東支部会
    • Place of Presentation
      (財)桐生地域地場産業振興センター(群馬県桐生市)
    • Year and Date
      2016-03-10 – 2016-03-11
  • [Presentation] 分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質・ペプチドの溶解性解析2016

    • Author(s)
      黒田裕
    • Organizer
      大阪大学 蛋白質研究所セミナー:構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
    • Place of Presentation
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-01 – 2016-03-02
    • Invited
  • [Presentation] Modeling and experimental assessment of buried Leu-Ile mutation in DEN4 ED32016

    • Author(s)
      Kulkarni Ravindra Manjiri, Nobutaka Numoto, Nobutoshi Ito, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      大阪大学 蛋白質研究所セミナー:構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
    • Place of Presentation
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-01 – 2016-03-02
  • [Presentation] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2016

    • Author(s)
      河村直樹, 鈴木涼祐, 黒田裕
    • Organizer
      大阪大学 蛋白質研究所セミナー:構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
    • Place of Presentation
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-01 – 2016-03-02
  • [Presentation] 機械学習法SVMを用いたヘリカルリンカー予測機H-DROP2016

    • Author(s)
      井出宗一郎, Tambi Richa, 鈴木涼祐, 蝦名鉄平, 黒田裕
    • Organizer
      大阪大学 蛋白質研究所セミナー:構造を基盤とする蛋白質科学における未解決問題
    • Place of Presentation
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都目黒区)
    • Year and Date
      2016-03-01 – 2016-03-02
  • [Presentation] 多数ペプチドから成る系の全原子分子動力学シミュレーションによるペプチド溶解性2015

    • Author(s)
      黒田裕, 佐藤雄士, 末永敦, 泰地真弘人
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Accelerated H-DROP: An SVM based Helical Domain linker pRedictor trained with OPtimized features2015

    • Author(s)
      Tambi Richa, Ide Soichiro, Suzuki Ryosuke, Ebina Teppei, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
    • Invited
  • [Presentation] Control of protein aggregation and oligomerization using short SEP (Solubility Enhancing Peptide) tags2015

    • Author(s)
      Kabir Md. Golam, Islam Mohammmad Monirul, 黒田 裕
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] 全原子 MD シミュレーションによるアラニンスキャニング変異を導入したアミロイド形成ペプチドの凝集解析2015

    • Author(s)
      小須田慧司, 末永敦, 森本元太郎, 泰地真弘人, 黒田裕
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢大学角間キャンパス(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Peptides solubility estimated by all-atom molecular dynamics simulation of multipeptide systems concur with experimental values2015

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda
    • Organizer
      IUPAC 45th World Chemistry Congress
    • Place of Presentation
      釜山(韓国)
    • Year and Date
      2015-08-07 – 2015-08-15
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2020-03-17  

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