• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2016 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis and modulation of protein immunogenicity using short Solubility Controlling Peptide tags (SCP tag)

Research Project

Project/Area Number 15H04359
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10312240)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywords生物物理 / 組換えタンパク質 / バイオテクノロジー / 免疫原性 / タンパク質断片 / デング / 溶解性制御タグ
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、研究代表者が開発したSCPタグ(ペプチド系溶解性制御タグ)を用いて、抗原タンパク質の凝集又は会合が、その免疫原性に与える影響とその分子機構を物理化学的な視点から系統的に解析することを目的とした。SCPタグは、対象タンパク質の末端に付加することで、溶媒条件を変えずにタンパク質の溶解性のみを制御するための3~5残基の短い配列である。
本研究は、溶解性制御タグの免疫原性への効果が普遍的であることを示すため、2種類のタンパク質を用いた。1つ目は、研究代表者もタンパク質の折り畳み研究で用いた牛膵臓トリプシン阻害タンパク質(以下、BPTI;分子量=6.5kDa)を用いた。2つ目のモデルには、アジアの広い地域で公衆衛生上の大きな問題となっているデング熱の病原体であるデングウイルス由来の糖エンベロープタンパク質第3ドメイン (以下、ED3; 分子量=12kDa)を用いた。ED3は、ウイルスと宿主細胞の膜融合に必須な部位と抗体認識部位の両者を有するため、ウイルス感染において極めて重要なタンパク質である。
平成28年度の研究では、SCPタグを両モデルタンパク質の末端に付加することで会合度が制御可能であることを示した。取り分け、タンパク質の会合度を動的光散乱(DLS)及び静的光散乱(SLS)を用いて測定し、会合度の温度、タンパク質濃度及びSCPタグ配列種の依存性を求めた。さらに、各条件下でのタンパク質の二次構造含を、円二色性偏光分光法(CD)を用いて測定した。以上によって、平成29年に実施する免疫応答実験条件下でのタンパク質の状態を明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

平成28年7月までに免疫応答実験による抗原性の検証を行い、平成28年度中に会合状態及び物性の最適化、SCPタグの細胞毒性評価を行った上で、最適SCP配列を固定・再設計し最適化する予定であった。しかし、免疫応答実験による抗原性の検証を行うにあたり、当初の予想に反し、実験に使用するマウス飼育施設内の空調設備が故障したため実験に必要な温度管理ができず、検証を行うには不十分であることが判明したことから、当施設の移設を行う必要が生じたため、3か月ほど当初の計画より遅れいている。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度には、マウスを用いた免疫応答実験を本格的に開始し、SCPタグ付加による抗原性の変化とSCPタグによる会合状態の変化を詳細に比較する。特に、多種類のSCPタグを用いた実験を実施することで、免疫学における謎の一つである凝集性(又は平成27年度の実験で明らかにした会合状態)と抗原性の関係が明らかになると期待される。

  • Research Products

    (23 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] チッタゴン大学(バングラデシュ)

    • Country Name
      BANGLADESH
    • Counterpart Institution
      チッタゴン大学
  • [Int'l Joint Research] モンペリエ大学・構造生化学研究センター(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      モンペリエ大学・構造生化学研究センター
  • [Journal Article] Crystal structures of highly simplified BPTIs provide insights into hydration-driven increase of unfolding enthalpy2017

    • Author(s)
      Islam Mohammad Monirul、Yohda Masafumi、Kidokoro Shun-ichi、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 41205~41205

    • DOI

      10.1038/srep41205

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Fast H-DROP: A thirty times accelerated version of H-DROP for interactive SVM-based prediction of helical domain linkers2017

    • Author(s)
      Richa Tambi、Ide Soichiro、Suzuki Ryosuke、Ebina Teppei、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Journal of Computer-Aided Molecular Design

      Volume: 31(2) Pages: 237~244

    • DOI

      10.1007/s10822-016-9999-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Amorphous protein aggregation monitored using fluorescence self-quenching2016

    • Author(s)
      Jozawa Hiroki、Kabir Md. Golam、Zako Tamotsu、Maeda Mizuo、Chiba Kazuhiro、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 590(20) Pages: 3501~3509

    • DOI

      10.1002/1873-3468.12439

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unusual Reversible Oligomerization of Unfolded Dengue Envelope Protein Domain 3 at High Temperatures and Its Abolition by a Point Mutation2016

    • Author(s)
      Saotome Tomonori、Nakamura Shigeyoshi、Islam Mohammad M.、Nakazawa Akiko、Dellarole Mariano、Arisaka Fumio、Kidokoro Shun-ichi、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 55(32) Pages: 4469~4475

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00431

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A novel screening system based on VanX-mediated autolysis-Application toGaussialuciferase2016

    • Author(s)
      Wu Nan、Kamioka Tetsuya、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biotechnology and Bioengineering

      Volume: 113(7) Pages: 1413~1420

    • DOI

      10.1002/bit.25910

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Short peptide tags in academic research and biotechnological applications of proteins2017

    • Author(s)
      Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      National Conference on Natural Science and Technology at Asian University for Women
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Control and characterization of soluble amorphous protein oligomers using short solubility controlling peptide tags2017

    • Author(s)
      Md. Golam kabir, Mohammad M. Islam, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第6回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] SEP tags enhance the solubility and yield of recombinant TEV protease without altering its activity2017

    • Author(s)
      Nautiyal Kalpana, Nafsoon Rahman, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第6回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 高温条件下で変性したDEN4 ED3の可逆的なオリゴマー形成の残基置換による阻害2017

    • Author(s)
      早乙女友規、中村成芳、モハマド イスラム、 中澤晶子、マリアノ デラロール、有坂文雄、城所俊一、黒田裕
    • Organizer
      第6回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 複数変異導入デングウィルス由来ED3に対するモデリングと熱安定性評価2017

    • Author(s)
      萩原くるみ、沼本修孝、伊藤暢聡、黒田裕
    • Organizer
      第6回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 短いペプチドタグを付加したD3ED3の会合状態の評価2017

    • Author(s)
      三浦史帆、上岡哲矢、黒田裕
    • Organizer
      第6回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] ブラウン動力学シミュレーションを用いた蛋白質の溶解性の予測2017

    • Author(s)
      リムザン万凜、Kalpana Nautiyal, 黒田裕
    • Organizer
      第6回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 蛋白質工学を用いた会合と溶解性の最新の研究2016

    • Author(s)
      黒田 裕
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ペプチド溶解性の全原子分子動力学シミュレーション及びその実験的検証2016

    • Author(s)
      黒田 裕
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Control and biophysical characterization of soluble protein oligomers using short peptide tags2016

    • Author(s)
      Md. Golam Kabir, Mohammad M. Islam, Tomonori Saotome, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Unusual reversible oligomerization of unfolded Dengue envelope protein domain 3 at high temperature and its abolition by a point mutation2016

    • Author(s)
      Tomonori Saotome, Shigeyoshi Nakamura, Mohammad M. Islam, Akiko Nakazawa, Mariano Dellarole, Fumio Arisaka, Shun-ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Analysis and control of protein crystallization using short peptide tags without affecting structure, thermal stability and function2016

    • Author(s)
      Mohammad M. Islam, Shigeyoshi Nakamura, Keiichi Noguchi, Masafumi Yohda, Sun-Ichi Kidokoro, Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Large scale all-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide aggregation propensity in line with experimental observations2016

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda
    • Organizer
      PEGS-Europe 2016
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] タンパク質の溶解性の物理化学的解析及びその制御2016

    • Author(s)
      黒田 裕
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Enhancing Solubility of Antibody Fragments via Solubility Enhancing Peptides (SEP) Tags2016

    • Author(s)
      Kalpana Nautiyal、Hiromitsu Sakurai、Satoshi Kosuda、Soichiro Ide、Yoko Ogawa、Yoshihisa Hagihara、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 高温条件下で変性したDEN4 ED3 の可逆的なオリゴマー形成の一残基置換による阻害2016

    • Author(s)
      早乙女友規、中村成芳、イスラム モハマド、中澤明子、城所俊一、黒田裕
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会

URL: 

Published: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi