2017 Fiscal Year Annual Research Report
Elucidation of evolution toward land plants based on genome sequene of every charophycean order
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15H04413
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
土金 勇樹 日本女子大学, 理学部, 助教 (20434152)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | Mesostigma / コレオケーテ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Mesostigma viride NIES-475株について、PacificBiosciences社 Sequelによるシーケンシングを2 cell分行い、6.6 Gbp (Subread N50 14kb)及び7.0 Gbp (Subread N50 15 kb) 計13.6 Gbpの配列情報を取得した。
Chlorokybus sp. NIES-160株は寒天表面培養がなされていて液体培養では育たないため、藻体と培地の分離が困難であったが、寒天培地上にセロハンを敷いた上で培養することにより、藻体を培地と分離して回収出来ることが確認出来た。
Chlorokybus sp. NIES-160株, Coleochaete scutata UTEX-2567株, アオミドロ３株についてゲノムDNAを抽出し、Illuminaシステム向けPCRフリーペアエンドライブラリーを調整し、Illumina社HiSEQ Xによりサーベイシーケンシングを行い、Clorokybus sp. NIES-160について15.9 Gbp、Coleochaete scutata UTEX-2567について17.5 Gbp, アオミドロ３株についてそれぞれ35.6, 18.2, 30.2 Gbp の配列を得た。
シャジクモ藻綱藻類新規株を求めて印旛沼を中心とする淡水から採集した。59株のクローン化を行い、18S rRNA遺伝子のシーケンス解析と形態観察から接合藻類のミカヅキモ属と同定したミカヅキモ属と同定した10株の確立・維持に至った。また、印旛沼から採取した円盤状藻類の培養に成功し、18S rRNA遺伝子のシーケンスからコレオケーテであると確認した。しかし、別の小型単細胞藻が混在しており、単藻培養に至っていない。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
リケッチャーの混在が予想以上に問題を難しくした。
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| Strategy for Future Research Activity |
Mesostigma virideの配列について解析し、まず、Sequelによるシーケンスによってde novo assembleを行う。得られたcontigについて、IlluminaデータおよびMinIonデータによりscaffoldingする。この段階でscaffold長が不十分な場合は10X Genomics chromiumによる解析を加えることを検討する。
Chlorokybus, Coleochaete, アオミドロ３株のデータについてk-mer分析を行い実質的なゲノムサイズを推定する。ゲノムサイズに応じてSequelまたは10X Genomicsでゲノム解読を進める。
コレオケーテの単藻化をさらに試みるとともに、生殖器官誘導条件を探索する。
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