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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Differences in genome structure between humans and apes: test for hypothesis concerning recombination frequency

Research Project

Project/Area Number 15H04427
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

古賀 章彦  京都大学, 霊長類研究所, 教授 (80192574)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田辺 秀之  総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 准教授 (50261178)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords類人猿 / 霊長類 / ヘテロクロマチン / 反復配列 / 染色体 / 進化 / 多様性
Outline of Annual Research Achievements

ヒトとチンパンジーの共通祖先の時点で、巨大なヘテロクロマチンのブロックが染色体端部にあり、両者が分岐した後で、ヒトのほうの系統でこれは消失した。この消失の進化的意義を追求することが、本研究課題の目的である。そのために、ヒトではこれが消失することで染色体間の組換え頻度が相対的に上がり、染色体間の多様性が上昇したとの仮説を立てた。
この仮説を検証するために、チンパンジーの培養細胞からブロックを人為的に取り除き、また、ヒトの培養細胞にブロックを導入し、それぞれで組換え頻度を測定して影響を調べるという計画を立てた。これに加えて、研究期間の2年目に、同様の対比を見せる新世界ザル2種(マーモセットおよびヨザル)でも比較を行うことにした。また、研究期間の3年目に、チンパンジーでの減数分裂の実態を直接観察するという手法を、加えた。どちらの追加も、有力な手法がアイデアとして浮かんだこと、および、そのための材料が入手できたことが、理由である。
この3つの方法で、研究課題を進めた。第1の方法では、3年目までに、ブロックの除去で組換え頻度が約2.4倍に上昇するという結果が、大まかに得られていた。そして4年目に実施した精密な測定で、この数値のレベルであることを確認した。第2の方法では、ブロックの規模が短期間に変動することを示し、ヒトでの短期間での消失を支持するデータを得た。第3の方法では、チンパンジーの減数分裂で、ブロックの存在のために染色分体の分離が遅れることの、直接的な証拠を得た。
以上の結果から、当初予定していた組換え頻度への影響に加え、分子レベルでの実態、および、他の同様な例まで示すことができ、仮説の検証となった。学術誌への論文の投稿が完了しており、審査中の状態である。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Firenze(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      University of Firenze
  • [Int'l Joint Research] Kasetsart University(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      Kasetsart University
  • [Journal Article] Evolutionary origin of OwlRep, a megasatellite DNA associated with adaptation of owl monkeys to nocturnal lifestyle2018

    • Author(s)
      Nishihara H, Stanyon R, Kusumi J, Hirai H, *Koga A
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 10 Pages: 157~165

    • DOI

      10.1093/gbe/evx281

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Fusion of piggyBac-like transposons and herpesviruses occurs frequently in teleosts2018

    • Author(s)
      Inoue Y, Kumagai M, Zhang X, Saga T, Wang D, Koga A, *Takeda H
    • Journal Title

      Zoological Letters

      Volume: 4 Pages: 6

    • DOI

      doi.org/10.1186/s40851-018-0089-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Adaptation of owl monkeys to nocturnal lifestyle driven by rapid expansion of simple repeat sequence to form megasatellite DNA2018

    • Author(s)
      Koga A, Nishihara H, Stanyon R, Hirai H
    • Organizer
      Society for Molecular Biology and Evolution 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 夜猿はサテライトDNAを巧みに利用し短期間で夜間視力を高めた2018

    • Author(s)
      古賀章彦、田辺秀之、Roscoe Stanyon、西原秀典、平井啓久
    • Organizer
      日本遺伝学会第90回大会
    • Invited
  • [Presentation] Recruitment and co-option of megasatellite DNAs coordinately facilitated adaptation of owl monkeys to nocturnal lifestyle2018

    • Author(s)
      Koga A
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Dynamic role changes among three megasatellite DNAs associated with adaptation of owl monkeys to nocturnal lifestyle2018

    • Author(s)
      Koga A
    • Organizer
      2018 International Joint Conference on Genetics and Medicine
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2019-12-27  

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