2015 Fiscal Year Annual Research Report
LD係数を利用した連鎖地図作成法の開発と高次倍数性種への応用
| Project/Area Number |
15H04441
|
|---|
| Research Institution | Kazusa DNA Research Institute |
|---|
Principal Investigator |
磯部 祥子 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究部, 室長 (20343973)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中谷 明弘 大阪大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (60301149)
田中 勝 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, その他部局等, 研究員 (60391455)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| Keywords | 育種学 / 遺伝学 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
①解析集団の作成とDNA抽出：サツマイモS1集団の採種を実施した。「徐薯18号」を増殖し、自殖系統個体を234個体作出してDNAを抽出した。また、H29年度に予定している「徐薯18号」を片親としたF1集団作成に向け、サツマイモ遺伝資源の中から「徐薯18号」と和合性を示す系統の選定を行い、「徐薯18号」と「ジェイレッド」「ハイスターチ」「クイックスイート」「K123-11」との交配を計画を先行して開始した。
②遺伝子型解析と従来法による連鎖地図作成：トマトF2集団94個体（大規模データ）およびイチゴS1集団188個体（異質高次倍数性）の遺伝子型解析と従来法による連鎖地図の作成を実施した。トマトのF2集団の遺伝子型解析ではRAD-seq解析により両親間で得られた155,952候補遺伝子から1,257SNPsによる連鎖地図を作成した。また、イチゴではAxiomSNPアレイ8,524SNPsによる連鎖地図を作成した。さらにRAD-seqによるサツマイモ「徐薯18号」自殖集団の解析を開始した。
③解析法の開発：マーカ間の連鎖不平衡の程度に基づいた連鎖地図作成用のソフトウェア（階層的クラスタリング）の開発に着手し、実際のデータ処理に適用して改善を行った。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
集団作成については計画どおり「徐薯18号」の自殖個体を得るとともに、計画に前倒ししてＦ1集団の交配を開始した。
連鎖地図作成については予定どおりトマトとイチゴのSNP連鎖地図を作成するとともに「徐薯18号」自殖集団のRAD-seqデータ取得にも着手した。
解析法の開発についても順調に進んでいる。
|
| Strategy for Future Research Activity |
研究は計画に沿って進んでおり、次年意向も度も当初の計画に従って研究を行う。すなわち、
①解析集団の作成とDNA抽出では前年度選定した「徐薯18号」の交配親を用いて生逆交雑をさらにすすめ、個体の育成を図る。
②遺伝子型解析と従来法による連鎖地図作成では、SSRおよびRAD-seq配列を用いてサツマイモの連鎖地図作成を進める。
③解析法の開発：では①と②の結果出揃ってきた実データを用いてプログラム開発を進める。
|
Research Products
(4 results)
