2017 Fiscal Year Annual Research Report
Linkage map construction based on LD and its application to polyploid species
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15H04441
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| Research Institution | Kazusa DNA Research Institute |
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Principal Investigator |
磯部 祥子 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究部, 室長 (20343973)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中谷 明弘 大阪大学, 医学系研究科, 特任教授(常勤) (60301149)
田中 勝 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 九州沖縄農業研究センター, グループ長 (60391455)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 高次倍数性 / 連鎖地図 / ゲノム配列 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
(1)解析集団の作成とDNA抽出：サツマイモ品種「徐薯18号」を柱頭親、野生種「K123-11」を花粉親とした交配を実施し、110個体の種子を得た。そのうち２個体が不発芽だったため、合計108個体の集団を得た。
(2)遺伝子型解析と従来法による連鎖地図作成：「K123-11」と「徐薯18号」のF1集団について、RAD-Seq解析を実施し二倍体野生種（Ipomoea trifida）のゲノム配列を参照配列として合計156,991のSNPsを得た。フィルタリングを実施し、全検体合計でReference:Altanativeリード比が1:5もしくは5:1に分離するSNPsのみを用いて従来法で連鎖地図作成を試みた。また、２倍体野生種ゲノム配列上でSNPs位置を特定したところ15染色体上に合計21,108のSNPsを座上することができた。得られたSNPsのうち17,713 SNPsを用いて共同研究を実施している岡山大学で塊根の皮色に関するGWAS解析を実施したところ、着色に関わるゲノム領域を推定できた。
(3)解析法の開発：マーカー間の連鎖不平衡の程度に基づいた連鎖地図（連鎖不平衡ブロックの階層構造）作成用のソフトウェアの開発を進め、カイ二乗値に基づく全マーカー間の連鎖不平衡を評価する指標を算出し、その結果に基づいてマーカー間の遺伝学的な位置関係（LDブロック）の階層構造を再構築するプログラムを作成した。作成したプログラムにより、複数のクラスタリング手法でイチゴのSSRマーカー遺伝子型を用いて連鎖群の同定を試みた。マーカーが座上するサブゲノムの区別にはWard法によるクラスタリングが最も適していると考えられたが、Minor allele frequencyの処理にさらなる検討が必要だと考えられた。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Presentation] A high-density SNP linkage map toward whole genome sequencing in autohexaploid sweetpotato2017
Author(s)
Shirasawa K, Tanaka M, Takahata Y, Ma D, Cao Q, Liu Q, Zhai H, Kwak S, Jeong J, Yoon U, Lee H, Hirakawa H, Isobe S
Organizer
PAG Asia
Int'l Joint Research / Invited
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