• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2015 Fiscal Year Annual Research Report

オミクス統合シミュレィションを基軸にしたダイズ出芽期に耐湿性を付与する技術の開発

Research Project

Project/Area Number 15H04445
Research InstitutionNational Agriculture and Food Research Organization

Principal Investigator

小松 節子  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 次世代作物開発研究センター 基盤研究領域, ユニット長 (90355751)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 坂田 克己  前橋工科大学, 工学部, 教授 (90545419)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywordsオミクス / シミュレイション / ダイズ / 湿害
Outline of Annual Research Achievements

1.ダイズ出芽期の耐湿性を制御する遺伝子の同定と耐湿性を付与する技術の開発
ダイズ冠水抵抗時および回復時におけるオミクス解析:冠水抵抗性γ線照射突然変異体およびアブシジン酸処理法を用いて、冠水下および冠水除去時の転写制御機構、および細胞質における代謝調節機構を解明した。(1)冠水時にアブシジン酸処理を行うことにより生存率の向上を図ることができるので、冠水処理時にアブシジン酸添加あるいは無添加時および水除去後の回復時に試料を経時的採取した。さらに冠水抵抗性γ線照射突然変異ダイズは冠水下に生育を抑制し水除去時に生存率を向上することができるので、戻し交雑した突然変異体と野生型を用いて、冠水時および水除去後の回復時に試料を経時的に採取した。(2)得られた材料に対して、タンパク質を抽出しゲルフリープロテオミクス解析を行うことにより、転写制御機構および細胞質における代謝調節機構を包括的に解明した。さらに、RNAを抽出しmRNA-seq法にて変動する遺伝子群を包括的に解析し、タンパク質レベルでの変動と比較検討した。
2.ダイズ出芽期のオミクスネットワーク解析と耐湿性遺伝子群の抽出技術の開発
ダイズ湿害オミクス統合シミュレィタの開発および利用:ダイズ出芽期の冠水時および冠水解除時におけるタンパク質、遺伝子、代謝産物の変動について、情報解析研究を実施した。試作したダイズ湿害オミクス統合シミュレイタ装置を用いて、冠水時および冠水解除時におけるシミュレイション解析を実施し、耐湿性遺伝子群の候補を抽出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通りに、「ダイズ出芽期の耐湿性を制御する遺伝子の同定と耐湿性を付与する技術の開発」および「ダイズ出芽期のオミクスネットワーク解析と耐湿性遺伝子群の抽出技術の開発」は進展しており、本内容に関しては、論文も採択されている。

Strategy for Future Research Activity

当初の計画通りに、「ダイズ出芽期の耐湿性を制御する遺伝子の同定と耐湿性を付与する技術の開発」および「ダイズ出芽期のオミクスネットワーク解析と耐湿性遺伝子群の抽出技術の開発」ともに推進する。推進上、特に問題は無い。

  • Research Products

    (16 results)

All 2016 2015

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Gel-free/label-free proteomic analysis of root tip of soybean over time under flooding and drought stresses.2016

    • Author(s)
      Wang X, Oh M, Sakata K, Komatsu S.
    • Journal Title

      J Proteomics

      Volume: 130 Pages: 42-55

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2015.09.007

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Proteomic analysis of flooded soybean root2015

    • Author(s)
      Mustafa G, Sakata K, Komatsu S.
    • Journal Title

      J Proteomics

      Volume: 128 Pages: 280-297

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2015.08.010

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Proteomic technique to identify the abiotic stress tolerant mechanism in crop2016

    • Author(s)
      Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      The Korean Human Proteome Organization, 16th Annual International Proteomics Conference
    • Place of Presentation
      Daejeon, Korea
    • Year and Date
      2016-03-28 – 2016-03-29
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Temporal analysis of flooded soybean root exposed to silver nanoparticles using proteomic technique.2015

    • Author(s)
      Ghazala MUSTAFA, Katsumi SAKATA, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Organ specific analysis of post-flooding recovery in soybean using proteomic and enzymatic technique.2015

    • Author(s)
      Mudassar Nawaz KHAN, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Nuclear proteomics of soybean root tip during initial stages of flooding stress.2015

    • Author(s)
      Xiaojian YIN, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Endoplasmic reticulum proteomics of soybean root tip under flooding and drought stresses.2015

    • Author(s)
      Xin WANG, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Proteomic and morphological analyses of post-flooding recovery in soybean root exposed to aluminum oxide nanoparticles.2015

    • Author(s)
      Farhat YASMEEN, Naveed Iqbal RAJA, Ghazala MUSTAFA, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド、神戸
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Proteomic techniques and management of flooding tolerance in soybean.2015

    • Author(s)
      Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      7th International Symposium on Frontiers in Agricultural Proteome Research
    • Place of Presentation
      Chungcheongbuk, Korea
    • Year and Date
      2015-09-23 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Functional analysis of post-flooding recovery in soybean using proteomic technique.2015

    • Author(s)
      Mudassar Nawaz KHAN, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      7th International Symposium on Frontiers in Agricultural Proteome Research
    • Place of Presentation
      Chungcheongbuk, Korea
    • Year and Date
      2015-09-23 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Proteomic Analysis of flooded soybean root exposed to aluminum oxide nanoparticles.2015

    • Author(s)
      Ghazala MUSTAFA, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      7th International Symposium on Frontiers in Agricultural Proteome Research
    • Place of Presentation
      Chungcheongbuk, Korea
    • Year and Date
      2015-09-23 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization of stress-response mechanism in soybean roots under flooding and drought stresses using proteomic technique.2015

    • Author(s)
      MyeongWon OH, Xin WANG, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      7th International Symposium on Frontiers in Agricultural Proteome Research
    • Place of Presentation
      Chungcheongbuk, Korea
    • Year and Date
      2015-09-23 – 2015-09-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Temporal organ-specific analysis of soybean under flooding and drought stresses using quantitative proteomic technique.2015

    • Author(s)
      Xin WANG, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2015年会
    • Place of Presentation
      森都心プラザ, 熊本
    • Year and Date
      2015-07-23 – 2015-07-24
  • [Presentation] Quantitative proteomics of nuclear phosphoproteins in the root tip of soybean during the initial stages of flooding stress.2015

    • Author(s)
      Xiaojian YIN, Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      日本プロテオーム学会2015年会
    • Place of Presentation
      森都心プラザ, 熊本
    • Year and Date
      2015-07-23 – 2015-07-24
  • [Presentation] Proteomic technique for identifying flooding-tolerant mechanism in soybean.2015

    • Author(s)
      Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      Plant Abiotic Stress Tolerant III
    • Place of Presentation
      Vienna, Austria
    • Year and Date
      2015-06-29 – 2015-07-01
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Characterization of flooding tolerance mechanisms in soybean using proteomic techniques.2015

    • Author(s)
      Setsuko KOMATSU
    • Organizer
      Plant Biotechnology: Green For Good III
    • Place of Presentation
      Olomouc, Czech Republic
    • Year and Date
      2015-06-15 – 2015-06-18
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2017-01-06  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi