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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Development of flooding-tolerant soybean using omics-integration simulation based technology

Research Project

Project/Area Number 15H04445
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

小松 節子  筑波大学, 生命環境系, 研究員 (90355751)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 坂田 克己  前橋工科大学, 工学部, 教授 (90545419)
Project Period (FY) 2015-04-01 – 2018-03-31
Keywordsオミクス / シミュレイション / ダイズ / 湿害
Outline of Annual Research Achievements

我が国の自給率向上を考える時、ダイズの94%を輸入に頼るのではなく、水田転換畑を活用して増産を図ることが必須である。しかし、ダイズは出芽期の梅雨による湿害に起因する収量低下が問題となって、生産拡大が進んでいない。そこで、出芽期の冠水抵抗性および除水後の回復過程をオミクス技術で解明し、シミュレイション法で絞り込んだ遺伝子について分子生物学的に検証する。
1.ダイズ出芽期の耐湿性を制御する遺伝子の同定と耐湿性を付与する技術の開発
前年度に得られたオミクス(プロテオミクス、トランスクリプトミクス、メタボロミクス)データを統合し、代謝マップに系統づけた。その結果、糖代謝からクエン酸回路が耐湿性を示すための中心を担っており、回復過程においても、少なくとも、同様なシステムが関与していることが明らかになった。酵素活性の結果を合わせることにより、ヘキソキナーゼとホスフォフルクトキナーゼによる制御が重要であることを示唆した。
2.ダイズ出芽期のオミクスネットワーク解析と耐湿性遺伝子群の抽出技術の開発
前年度に構築した冠水時のダイズのタンパク質群を用いたシミュレイターを利用して、冠水抵抗性突然変異ダイズやアブシジン酸を添加して冠水抵抗性を付加した場合に適用できるかどうか解析した。結果として、利用可能であり、グリセールアルデヒド三リン酸脱水素酵素(GAPDH)、アコニターゼ、二オキソグルタレート脱水素酵素等が鍵タンパク質であった。さらに、転写レベルでの変動を調査し、GAPDHの重要性を示唆した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2018 2017

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 12 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Organ-Specific Proteomic Analysis of Early Vegetative Stage Soybean2018

    • Author(s)
      Khan Mudassar Nawaz、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Protein Pept. Lett.

      Volume: 24 Pages: 897-908

    • DOI

      10.2174/0929866524666161111110627

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Subcellular Proteomics: Application to Elucidation of Flooding-Response Mechanisms in Soybean2018

    • Author(s)
      Komatsu Setsuko、Hashiguchi Akiko
    • Journal Title

      Proteomes

      Volume: 6 Pages: 13~13

    • DOI

      10.3390/proteomes6010013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proteomic approaches to uncover the flooding and drought stress response mechanisms in soybean2018

    • Author(s)
      Wang Xin、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      J. Proteomics

      Volume: 172 Pages: 201~215

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2017.11.006

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phosphoproteomics: Protein Phosphorylation in Regulation of Seed Germination and Plant Growth2018

    • Author(s)
      Yin Xiaojian、Wang Xin、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Curr. Protein Pept. Sci

      Volume: 19 Pages: 401~412

    • DOI

      10.2174/1389203718666170209151048

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Metabolic profiles of flooding-tolerant mechanism in early-stage soybean responding to initial stress2017

    • Author(s)
      Wang Xin、Zhu Wei、Hashiguchi Akiko、Nishimura Minoru、Tian Jingkui、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Plant Molecular Biology

      Volume: 94 Pages: 669~685

    • DOI

      10.1007/s11103-017-0635-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proteomic Analysis of Calcium Effects on Soybean Root Tip under Flooding and Drought Stresses2017

    • Author(s)
      Wang Xin、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol.

      Volume: 58 Pages: 1405~1420

    • DOI

      10.1093/pcp/pcx078

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Integration of gel-based and gel-free proteomic data for functional analysis of proteins through Soybean Proteome Database2017

    • Author(s)
      Komatsu Setsuko、Wang Xin、Yin Xiaojian、Nanjo Yohei、Ohyanagi Hajime、Sakata Katsumi
    • Journal Title

      J. Proteomics

      Volume: 163 Pages: 52~66

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2017.05.009

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Organ-specific proteomics of soybean seedlings under flooding and drought stresses2017

    • Author(s)
      Wang Xin、Khodadadi Ehsaneh、Fakheri Baratali、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      J. Proteomics

      Volume: 162 Pages: 62~72

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2017.04.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Proteomic analysis of soybean seedling leaf under waterlogging stress in a time-dependent manner2017

    • Author(s)
      Kazemi Oskuei Bita、Yin Xiaojian、Hashiguchi Akiko、Bandehagh Ali、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

      Volume: 1865 Pages: 1167~1177

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2017.06.022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comprehensive analysis of response and tolerant mechanisms in early-stage soybean at initial-flooding stress2017

    • Author(s)
      Yin Xiaojian、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      J. Proteomics

      Volume: 169 Pages: 225~232

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2017.01.014

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transcriptomic analysis reveals the flooding tolerant mechanism in flooding tolerant line and abscisic acid treated soybean2017

    • Author(s)
      Yin Xiaojian、Hiraga Susumu、Hajika Makita、Nishimura Minoru、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Plant Mol. Biol.

      Volume: 93 Pages: 479~496

    • DOI

      10.1007/s11103-016-0576-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Isolation, Purity Assessment, and Proteomic Analysis of Nuclei2017

    • Author(s)
      Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Methods Mol. Biol.

      Volume: 1696 Pages: 81~90

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-7411-5_5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Improvement of Soybean Products Through the Response Mechanism Analysis Using Proteomic Technique2017

    • Author(s)
      Wang Xin、Komatsu Setsuko
    • Journal Title

      Adv. Food Nutr. Res.

      Volume: 82 Pages: 117~148

    • DOI

      10.1016/bs.afnr.2016.12.006

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Soybean Proteomics to Reveal the Flooding-Tolerant Mechanism2018

    • Author(s)
      Setsuko Komatsu, Katsumi Sakata
    • Organizer
      植物動物ゲノム会議XXNI, サンデイゴ(米国)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Characterization of Stress Responsive Mechanisms in Soybean under Abiotic Stresses using Quantitative Proteomic Approach2017

    • Author(s)
      Setsuko Komatsu
    • Organizer
      国際プロテオミクス2017年大会, クアラルンプール(マレーシア)
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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