2017 Fiscal Year Annual Research Report
The hidden world of jumbo phages
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15H04477
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
山田 隆 広島大学, 先端物質科学研究科, 名誉教授 (40230461)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川崎 健 広島大学, 先端物質科学研究科, 助教 (00510299)
藤江 誠 広島大学, 先端物質科学研究科, 准教授 (20274110)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 青枯病 / Ralstonia solanacearum / ジャンボファージ / ゲノム解読 / バイオコントロール |
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| Outline of Annual Research Achievements |
当初の計画に従い、４種のファージについて各々の特徴づけを進め、系統学的相互関係がほぼ明らかになった。（１）ゲノム解読については、RSL2（AP014693）,RSL3( AP017925), RSL4(AP017924)を完了し、RSL5について、ランダムプライマーを用いて逆転写後イルミナシークエンサー解析を行った。117kb断片の塩基配列決定により、RSL5がRSL1(AB366653)に非常に近いことが判明した（配列相同性＞95%）。ゲノム修飾に起因し最終解読は困難であるが実際のサイズは250kbp前後と予想される。PFGEによる約400kbpもの巨大ゲノムサイズは、未知のゲノム修飾に起因すると思われる。（２）プロテオミクス：RSL2、RSL3、RSL4については粒子プロテオミクスを完了し、データベース登録をした（２報論文発表）。（３）感染特性：4種のファージに共通した特徴は長い感染サイクル(4-6h)と比較的小さいバーストサイズ(30-60pfu/cell)である。このサイクルは宿主菌集団とファージの持続的共存を意味し、病原菌のバイオコントロールにおいては有利な特性となる。（４）トマトを用いた青枯病菌防除効果：ファージ処理は何れも長期にわたり高い予防効果を発揮した。特にRSL4とRSL5の効果は安定していた。（５）系統解析： RSL2とRSF1のクラスターはRSL3とRSL4のクラスターとともに緑膿菌ファージphiKZと同一クレードを形成した。RSL1（RSL5）は最大のゲノムを有するファージGに近く、まったく独立した位置づけとなった。さらにXanthomonasファージXacN1(385kbp)のゲノム解読を行い、最新のデータベースを用いた系統解析を行なった。その結果、新たな350kbp以上のゲノムを有する超大型ファージの系統が明らかとなった。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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